PDB-5mhn: FXIIIa in complex with the inhibitor ZED2360

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mhn

タイトル

FXIIIa in complex with the inhibitor ZED2360

要素

Coagulation factor XIII A chain
inhibitor ZED2360

キーワード

TRANSFERASE / factor XIII / inhibition / transglutaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FXIIIa in complex with the inhibitor Mi0621
著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mhn.cif.gz	553.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mhn.ent.gz	455.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mhn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mhlC 5mhmC 4ktyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kty-1 4kty-2 5mhl-2 5mhm-2 5mhl-1 5mhm-1 5mho-2 6u2k-d 3juk-d 5iuk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (14) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIII A chain

B: Coagulation factor XIII A chain

H: inhibitor ZED2360

I: inhibitor ZED2360

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coagulation factor XIII A chain

H: inhibitor ZED2360

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Coagulation factor XIII A chain

I: inhibitor ZED2360

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.608, 80.513, 103.108
Angle α, β, γ (deg.)	87.98, 77.01, 82.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABHI

#1: タンパク質	Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain 分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T649I, Q651E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A1, F13A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	inhibitor ZED2360 分子量: 1092.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain

分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T649I, Q651E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A1, F13A
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

inhibitor ZED2360

分子量: 1092.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 207分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 170 mM ammonium sulfate, 85 mM sodium cacodylate, 25.5 % PEG8000, 15 % glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→48.12 Å / Num. obs: 60898 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 9.83
反射シェル	解像度: 2.48→2.63 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4KTY

4kty

解像度: 2.48→48.12 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.97

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	3042	5 %	Random selection
R_work	0.1796	-	-	-
obs	0.1825	60829	97.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→48.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10749	0	49	193	10991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	15069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.041	6512
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1987

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4777-2.5165	0.3691	132	0.291	2537	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5165-2.5577	0.3115	139	0.2723	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5577-2.6018	0.3457	137	0.2569	2612	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6018-2.6491	0.3129	136	0.255	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6491-2.7001	0.3056	139	0.252	2641	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7001-2.7552	0.3045	136	0.2381	2563	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7552-2.8151	0.3433	138	0.2342	2633	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8151-2.8806	0.2799	139	0.2143	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8806-2.9526	0.2862	140	0.212	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9526-3.0324	0.2941	137	0.2129	2598	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0324-3.1216	0.2636	140	0.2051	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1216-3.2224	0.2927	139	0.1987	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2224-3.3375	0.2377	139	0.1977	2649	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3375-3.4711	0.2387	137	0.1842	2607	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4711-3.629	0.2357	140	0.1658	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
3.629-3.8203	0.2248	141	0.1583	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8203-4.0595	0.2253	139	0.1538	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0595-4.3727	0.1764	141	0.1417	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3727-4.8124	0.1793	138	0.1281	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8124-5.5079	0.1913	136	0.1401	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5079-6.9361	0.2296	140	0.1702	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
6.9361-48.1331	0.1944	139	0.1653	2587	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7871	0.2767	0.903	0.904	0.2001	4.1363	0.1691	0.057	-0.0188	-0.4166	-0.0563	0.3416	0.0872	-0.1512	-0.1029	0.4818	0.0378	-0.1533	0.2865	-0.0284	0.457	31.3227	58.4751	-30.3113
2	1.0636	-0.025	0.5808	2.9926	1.8315	2.4398	-0.0577	-0.0477	0.0096	0.0628	-0.0308	-0.0102	-0.0562	-0.0346	0.1008	0.2699	0.013	0.0006	0.2772	-0.0042	0.2966	44.1647	69.5268	-3.555
3	2.086	-0.1704	0.7594	1.6396	0.2806	1.8597	-0.0296	-0.1007	0.0754	0.3719	0.0606	-0.4981	0.1365	0.2722	-0.0319	0.4515	0.0043	-0.1042	0.3017	-0.0289	0.4135	59.2658	59.4513	3.3493
4	4.0983	-1.0758	-0.4148	1.1461	0.4674	0.859	-0.2461	-0.2117	0.0683	0.1431	0.1226	-0.3565	0.0056	0.113	0.1443	0.4604	0.0185	-0.1175	0.3494	0.0178	0.5879	66.7782	35.9977	-1.1966
5	4.0019	1.1575	0.6108	5.1826	-0.3696	4.8276	-0.4857	0.3816	0.1798	-0.4337	0.5277	0.1072	-0.2775	-0.3196	-0.0762	0.4901	-0.0101	0.002	0.4082	0.0024	0.267	38.6297	15.5949	-12.2294
6	0.9578	0.238	0.6316	1.021	-0.1632	3.3524	0.1172	0.0199	0.0085	0.0949	-0.1066	0.2059	0.1076	-0.1583	-0.0086	0.3849	0.0143	-0.0159	0.2875	-0.0478	0.3768	37.5407	19.6421	19.6179
7	1.0342	-0.4311	0.3503	1.5279	0.3474	1.1381	0.0139	-0.2163	0.0847	0.6821	-0.0367	-0.2767	0.1992	-0.0177	0.0249	0.8843	-0.083	-0.1573	0.3517	0.0011	0.3918	58.8458	21.8213	50.9629
8	2.8224	-0.4051	0.4753	0.5685	0.4273	0.856	0.0424	-0.1085	-0.357	0.439	0.0561	-0.3032	-0.0264	0.0689	-0.0633	0.9475	-0.0377	-0.3346	0.3899	0.0355	0.7619	72.0508	-6.5516	48.9166
9	4.042	-0.1509	-0.2315	4.2586	-0.8223	3.4003	-0.1669	0.3441	0.0517	-0.0957	0.2022	-0.2173	0.0233	-0.2956	-0.046	0.7629	-0.0409	-0.129	0.3486	0.0052	0.3872	44.5248	-26.5936	35.2565
10	5.8257	1.5875	1.1205	2.1026	1.3554	3.042	-0.3433	0.1868	0.1938	0.497	0.3182	0.0091	-0.4006	-0.2515	0.0344	0.8602	0.011	-0.1866	0.3782	0.0678	0.4836	39.3089	-20.5639	37.3138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 15:192)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 193:318)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 319:497)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 498:628)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 629:725)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 15:189)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 190:516)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 517:629)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 630:691)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 692:725)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)