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- PDB-6p66: The crystal structure of the XPB complex with Bax1 from Archaeogl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p66 | ||||||
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Title | The crystal structure of the XPB complex with Bax1 from Archaeoglobus fulgidus at 3.0 Angstrom resolution | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / Helicase / nuclease / complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA nuclease activity / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / 3'-5' DNA helicase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | DuPrez, K.T. / Fan, L. / Hilario, E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of the XPB-Bax1 complex as a dynamic helicase-nuclease machinery for DNA repair. Authors: DuPrez, K. / He, F. / Chen, Z. / Hilario, E. / Fan, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 694.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 565.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 460.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 489.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 64 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 87.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2fwrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 53885.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: AF_0358 / Plasmid: pET28 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 54808.516 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: AF_0357 / Plasmid: pET15 / Details (production host): 6xHis removed / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1:1 ratio of protein to mother liquor (0.1 M sodium acetate pH 4.8, 1.8 M sodium acetate) PH range: 6-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2015 / Details: Ni plated Invar mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→107.969 Å / Num. all: 52884 / Num. obs: 52884 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 182895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2FWR Resolution: 3→39.932 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 271.2 Å2 / Biso mean: 116.0327 Å2 / Biso min: 49.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→39.932 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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