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- PDB-6p66: The crystal structure of the XPB complex with Bax1 from Archaeogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p66
タイトルThe crystal structure of the XPB complex with Bax1 from Archaeoglobus fulgidus at 3.0 Angstrom resolution
要素
  • DNA endonuclease Bax1
  • DNA repair protein RAD25
キーワードHYDROLASE / Helicase / nuclease / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA conformation change / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / hydrolase activity ...DNA conformation change / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / Restriction Endonuclease - #30 / : / Restriction Endonuclease / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain ...Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / Restriction Endonuclease - #30 / : / Restriction Endonuclease / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA 3'-5' translocase XPB / Endonuclease Bax1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者DuPrez, K.T. / Fan, L. / Hilario, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108893 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of the XPB-Bax1 complex as a dynamic helicase-nuclease machinery for DNA repair.
著者: DuPrez, K. / He, F. / Chen, Z. / Hilario, E. / Fan, L.
履歴
登録2019年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD25
B: DNA endonuclease Bax1
C: DNA repair protein RAD25
D: DNA endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,4957
ポリマ－217,3884
非ポリマー1063
水1,982110
1
A: DNA repair protein RAD25
B: DNA endonuclease Bax1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The mixture of XPB and Bax1 eluted at a different volume than the individual proteins., isothermal titration calorimetry, ITC experiments showed a nanomolar scale Kd value for the interaction.
  • 109 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7654
ポリマ－108,6942
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area47720 Å2
手法PISA
2
C: DNA repair protein RAD25
D: DNA endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7303
ポリマ－108,6942
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area46780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.600, 129.840, 108.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD25


分子量: 53885.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_0358 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O29889
#2: タンパク質 DNA endonuclease Bax1


分子量: 54808.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_0357 / プラスミド: pET15 / 詳細 (発現宿主): 6xHis removed / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O29890
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1:1 ratio of protein to mother liquor (0.1 M sodium acetate pH 4.8, 1.8 M sodium acetate)
PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日 / 詳細: Ni plated Invar mirror
放射モノクロメーター: Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→107.969 Å / Num. all: 52884 / Num. obs: 52884 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 182895
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.163.60.671.12738576640.4720.9080.671.498.4
3.16-3.353.60.4221.82594272950.30.5740.4222.198.5
3.35-3.593.50.2381.92430868810.1690.320.2383.698.7
3.59-3.873.50.1384.32241163840.0980.1850.1385.598.6
3.87-4.243.50.0867.32038658770.0620.1160.0867.998.8
4.24-4.743.40.06210.21826753360.0450.0840.06211.498.8
4.74-5.483.40.05810.61603047210.0420.0780.05813.498.7
5.48-6.713.20.056111276739930.0410.0760.05615.598.9
6.71-9.493.10.03514.8951430830.0240.0440.03525.698.3
9.49-39.9323.60.03416.3588516500.0220.0420.03429.894.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
MOSFLM7.2.0データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
Coot0.8.1モデル構築
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FWR

2fwr


解像度: 3→39.932 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 5288 10 %
Rwork0.2251 --
obs0.2266 52873 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 271.2 Å2 / Biso mean: 116.0327 Å2 / Biso min: 49.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→39.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13136 0 3 110 13249
Biso mean--146.09 92.45 -
残基数----1837
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.03410.38221730.34961553172698
3.0341-3.06980.38051750.34191574174998
3.0698-3.10720.37971740.34391574174898
3.1072-3.14650.36431770.32761594177198
3.1465-3.18790.35131760.34381577175398
3.1879-3.23150.33231770.31491597177498
3.2315-3.27770.32161760.31031582175898
3.2777-3.32660.33191760.29541584176098
3.3266-3.37850.33591740.29551569174398
3.3785-3.43390.31511740.28161564173898
3.4339-3.49310.31881780.28421601177999
3.4931-3.55660.27891730.26731553172699
3.5566-3.62490.26931790.26591607178698
3.6249-3.69890.29471760.25861588176498
3.6989-3.77920.2981750.24621582175798
3.7792-3.86710.28091780.24241599177799
3.8671-3.96370.24931760.24541575175199
3.9637-4.07080.27691750.22941577175298
4.0708-4.19040.23231760.22251582175898
4.1904-4.32550.21471800.19921619179999
4.3255-4.47990.21121760.20471584176099
4.4799-4.65910.19521770.19131592176999
4.6591-4.87070.18671750.18711580175598
4.8707-5.1270.21121790.20231610178999
5.127-5.44750.22741760.21421586176298
5.4475-5.86690.25951760.23561581175799
5.8669-6.45510.2451790.23871610178999
6.4551-7.38410.24041760.22171587176398
7.3841-9.28380.18511810.17221625180698
9.2838-39.93570.1861750.18621579175495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.82010.01450.38852.8291-0.83453.4431-0.0338-0.06820.08380.33080.0076-0.1120.0621-0.0076-0.03970.4749-0.19620.04870.6325-0.14810.62026.54328.941325.328
22.21410.23840.96111.4765-0.22241.8250.0614-0.6732-0.21290.79970.0094-0.2456-0.0915-0.3619-0.01531.0508-0.1585-0.10250.82240.1390.888625.309545.813925.4955
34.62270.67250.14942.6874-0.15743.70180.03560.03740.17330.2324-0.01750.2269-0.1253-0.2377-0.04390.4916-0.2031-0.0280.5934-0.01210.667321.157754.12277.038
40.7308-0.09160.26591.15971.22343.671-0.1637-0.0265-0.03590.43080.0410.0024-0.1137-0.40770.08381.0986-0.2184-0.02490.68640.02490.702633.130969.254624.1155
50.2881-1.69310.50311.2139-0.7206-0.28620.00110.3912-0.41670.19720.04040.4970.12640.4283-0.0071.664-0.056-0.18751.57270.12311.455-8.343297.192122.5346
62.10720.39581.32740.69280.7593.707-0.0360.07280.1472-0.07280.16840.0552-0.3955-0.0046-0.11080.6491-0.26630.08730.60090.05590.7111-29.510522.283512.4171
72.5971-0.5143-1.27072.11510.09242.74070.37770.34030.3099-0.42420.0469-0.0594-0.3930.0421-0.2951.1253-0.01520.08230.58520.01380.6915-51.761134.1325.9007
83.19630.9611-0.22852.28990.29593.14360.0985-0.53710.52730.1253-0.1203-0.1908-0.33030.12280.07681.1014-0.06530.03480.8013-0.23660.7542-48.987540.958540.3545
90.3560.08190.23012.4192-1.54482.45520.1407-0.04390.06670.1051-0.12970.34130.2752-0.09250.0640.78990.19090.07730.8159-0.03960.6817-64.843653.531929.3661
101.06361.11261.21911.351-0.1342.87670.2978-0.44030.26130.6071-0.33630.0447-0.6891-0.09550.03261.11070.04950.03421.1798-0.07540.8186-52.742575.962829.4823
110.52960.578-0.02650.33560.18980.5774-0.1371-0.2184-0.11240.3391-0.1057-1.2583-0.45041.04810.0981.4901-0.1525-0.12572.2309-0.05381.4805-35.113382.86134.2086
121.13710.4941-0.42312.37422.10092.37180.1285-0.2999-0.2506-0.0421-0.02210.03360.4676-0.0649-0.08611.3524-0.2092-0.07851.004-0.00911.1547-25.4034124.389914.2458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 228 )A3 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 229 through 311 )A229 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 312 through 445 )A312 - 445
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 247 )B1 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 248 through 467 )B248 - 467
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid -16 through 228 )C-16 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 229 through 338 )C229 - 338
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 339 through 443 )C339 - 443
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 245 )D1 - 245
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 246 through 338 )D246 - 338
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 339 through 398 )D339 - 398
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 399 through 467 )D399 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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