PDB-6p5h: Structure of MavC middle insertion domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p5h

タイトル

Structure of MavC middle insertion domain

要素

MavC

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

UbE2N / Effector / MavC

機能・相同性

Uncharacterized protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Negron Teron, K.I. / Puvar, K. / Iyer, S. / Das, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Legionella effector MavC targets the Ube2N~Ub conjugate for noncanonical ubiquitination.
著者: Puvar, K. / Iyer, S. / Fu, J. / Kenny, S. / Negron Teron, K.I. / Luo, Z.Q. / Brzovic, P.S. / Klevit, R.E. / Das, C.

履歴

登録	2019年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p5h.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p5h.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p5bC 6ulhC 6umpC 6umsC 5tscS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yk0-4 3k0x-d 4r38-4 2h28-2 6jvx-d 6rbb-4 3kyz-d 1spr-4 6hoi-2 4z2x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MavC

B: MavC

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MavC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MavC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.027, 52.027, 79.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	MavC 分子量: 12248.795 Da / 分子数: 2 / 断片: middle insertion domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 遺伝子: C3927_10720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F4I5, UniProt: Q5ZTL4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS: NaOH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978772 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978772 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→39.229 Å / Num. obs: 36418 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.53→1.585 Å / Num. unique obs: 3636 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TSC

5tsc

解像度: 1.53→39.229 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 24.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	2005	5.51 %
R_work	0.1986	-	-
obs	0.2	36384	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→39.229 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1620	0	0	361	1981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	2228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.939	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5302-1.5685	0.2526	144	0.2446	2419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5685-1.6109	0.2944	144	0.2469	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6109-1.6583	0.2966	146	0.2357	2455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6583-1.7118	0.2477	138	0.2291	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7118-1.773	0.2983	141	0.234	2476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.773-1.844	0.2639	139	0.2286	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.9279	0.3064	141	0.2247	2490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9279-2.0295	0.2539	140	0.2075	2424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0295-2.1567	0.2253	144	0.2061	2485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1567-2.3232	0.2105	138	0.1983	2447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3232-2.5569	0.2503	146	0.1992	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5569-2.9268	0.208	148	0.1996	2449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9268-3.6871	0.1843	150	0.1841	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6871-39.242	0.2002	146	0.1719	2449	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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