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- PDB-6p4v: 1.65 Angstrom ternary complex of Deoxyhypusine synthase with cofa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4v
タイトル1.65 Angstrom ternary complex of Deoxyhypusine synthase with cofactor NAD and spermidine mimic inhibitor GC7
要素Deoxyhypusine synthase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Deoxyhypusine / NAD cofactor / hypusine / spermidine / GC7 / transferase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-GUANIDINIUM-7-AMINOHEPTANE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Deoxyhypusine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Klein, M.G. / Ambrus-Aikelin, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Novel Allosteric Inhibitors of Deoxyhypusine Synthase.
著者: Tanaka, Y. / Kurasawa, O. / Yokota, A. / Klein, M.G. / Ono, K. / Saito, B. / Matsumoto, S. / Okaniwa, M. / Ambrus-Aikelin, G. / Morishita, D. / Kitazawa, S. / Uchiyama, N. / Ogawa, K. / Kimura, H. / Imamura, S.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2217
ポリマ－82,4272
非ポリマー1,7945
水5,873326
1
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子

A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,44214
ポリマ－164,8544
非ポリマー3,58710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area30810 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area38710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.466, 104.466, 159.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-744-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Deoxyhypusine synthase / DHS


分子量: 41213.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GC7 / 1-GUANIDINIUM-7-AMINOHEPTANE


分子量: 174.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H22N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M TRIS (8.0) AND 65% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 120192 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 241

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0025精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RLZ.PDB

1rlz


解像度: 1.65→43.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.113 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 6006 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.162 113578 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20.72 Å20 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5119 0 120 326 5565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195409
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9777357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.757311648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5585673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99424.28243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08915885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7041534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 444 -
Rwork0.238 7957 -
obs--94.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31020.0694-0.04210.756-0.06450.9325-0.0634-0.03240.08560.1020.0874-0.022-0.25090.0759-0.0240.09980.0004-0.01840.0266-0.00760.0749-41.946721.05535.9709
20.23460.038-0.03460.7340.10860.9437-0.0801-0.0752-0.01380.21880.0947-0.0640.04290.1252-0.01450.10520.0649-0.01570.06050.00560.0549-39.6677-1.999248.881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 363
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1A601 - 771
4X-RAY DIFFRACTION2B601 - 755
5X-RAY DIFFRACTION2B28 - 363
6X-RAY DIFFRACTION2B501 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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