[日本語] English
万見
- PDB-6w3z: Crystal Structure of Brugia malayi Deoxyhypusine synthase (DHPS) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w3z
タイトルCrystal Structure of Brugia malayi Deoxyhypusine synthase (DHPS)
要素BMA-DHPS-1, isoform a
キーワードTRANSFERASE / Brugia malayi / Deoxyhypusine synthase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyhypusine synthase activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyhypusine Synthase / Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / BMA-DHPS-1, isoform a
類似検索 - 構成要素
生物種Brugia malayi (マレー糸状虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Santiago, A.S. / dos Reis, C.V. / Ramos, P.Z. / Klippel, H.A. / Silva, S.F. / Zanelli, C.F. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Counago, R.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)465651/2014-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/50897-0 ブラジル
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2020
タイトル: Structural features and development of an assay platform of the parasite target deoxyhypusine synthase of Brugia malayi and Leishmania major.
著者: Silva, S.F. / Klippel, A.H. / Ramos, P.Z. / Santiago, A.D.S. / Valentini, S.R. / Bengtson, M.H. / Massirer, K.B. / Bilsland, E. / Counago, R.M. / Zanelli, C.F.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BMA-DHPS-1, isoform a
B: BMA-DHPS-1, isoform a
C: BMA-DHPS-1, isoform a
D: BMA-DHPS-1, isoform a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,01113
ポリマ－164,5254
非ポリマー2,4869
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31410 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area39860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.753, 136.320, 75.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
BMA-DHPS-1, isoform a / BMA-DHPS-1 / isoform b / BMA-DHPS-1 / isoform c


分子量: 41131.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫)
遺伝子: bma-dhps-1, Bm1_16300, Bma-dhps-1, Bm14681, BM_Bm14681
プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3 / 参照: UniProt: A0A0J9XTC4
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 0.2M ammonium citrate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96858 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
詳細: Oxford Danfysik/SESO Two stage demagnification using two K-B pairs of bimorph type mirrors
放射モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.42 Å / Num. obs: 62547 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.363.40.881545846090.5650.5631.0481.199.7
10.29-29.413.10.03421296900.9960.0220.0416.794.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RQD

1rqd


解像度: 2.3→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 9.379 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.3769 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.218
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 2885 4.6 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1894 59634 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.5 Å2 / Biso mean: 34.024 Å2 / Biso min: 17.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å21.55 Å2
2---2.53 Å2-0 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10533 0 163 397 11093
Biso mean--79.65 37.34 -
残基数----1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01310934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.63614878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2331.57522256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0851377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7822.954562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.151151670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2591559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022292
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 225 -
Rwork0.297 4378 -
all-4603 -
obs--99.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る