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Yorodumi- PDB-6xxm: Crystal Structure of Human Deoxyhypusine Synthase in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xxm | ||||||
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Title | Crystal Structure of Human Deoxyhypusine Synthase in complex with putrescine | ||||||
Components | (Deoxyhypusine synthase) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / hypusination / deoxyhypusine synthase / EIF5A / translation / hypusine / posttranslational modification / polyamines / deoxyhypusine | ||||||
Function / homology | Function and homology information deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.67 Å | ||||||
Authors | Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Biomolecules / Year: 2020 Title: Half Way to Hypusine-Structural Basis for Substrate Recognition by Human Deoxyhypusine Synthase. Authors: Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xxm.cif.gz | 422.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xxm.ent.gz | 351.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xxm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xxm_validation.pdf.gz | 935.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xxm_full_validation.pdf.gz | 940.9 KB | Display | |
Data in XML | 6xxm_validation.xml.gz | 32.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6xxm_validation.cif.gz | 48.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xxhC 6xxiC 6xxjC 6xxkC 6xxlC 1dhsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41044.500 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DHPS, DS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase | ||||||
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#2: Protein | Mass: 41076.566 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DHPS, DS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.025-0.125 mM carboxylic acid mix, 30-60% precipitant mix (MPD, PEG 3350, PEG 1000), 100 mM Tris-Bicine pH = 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.67→46.12 Å / Num. obs: 118364 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 10.066 % / Biso Wilson estimate: 33.974 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 14.28 / Num. measured all: 1191506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1DHS Resolution: 1.67→46.12 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.83
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 243.38 Å2 / Biso mean: 42.214 Å2 / Biso min: 16.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.67→46.12 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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