PDB-6p2i: Acyclic imino acid reductase (Bsp5) in complex with NADPH and D-Arg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p2i

タイトル

Acyclic imino acid reductase (Bsp5) in complex with NADPH and D-Arg

要素

Glycerate dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase / biosynthetic protein / Enzyme / Complex / Imine reductase / Acyclic imine

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. 5mfcol3.1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Guo, J. / Higgins, M.A. / Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: An Asymmetric Reductase That Intercepts Acyclic Imino Acids Producedin Situby a Partner Oxidase.
著者: Guo, J. / Higgins, M.A. / Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2019年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p2i.cif.gz	277.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p2i.ent.gz	225.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6p2i_validation.pdf.gz	491.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p2i_full_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示
XML形式データ	6p2i_validation.xml.gz	2.1 KB	表示
CIF形式データ	6p2i_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tx7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lcj-1 6v8a-1 4e5k-2 3baz-1 2h1s-2 4lcj-3 5v6q-1 5v7g-1 1qp8-d 2ome-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerate dehydrogenase

B: Glycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.303, 96.760, 102.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycerate dehydrogenase / Bsp5 分子量: 35981.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. 5mfcol3.1 (バクテリア) 遺伝子: SAMN04488573_102884 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1I4FUG4
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DAR / D-ARGININE タイプ: D-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium tartrate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→70.48 Å / Num. obs: 89107 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / Num. unique obs: 4522 / CC_1/2: 0.828 / R_pim(I) all: 0.406

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
MOSFLM	データ削減
Aimless	データスケーリング
PHENIX	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TX7

5tx7

解像度: 1.63→24.19 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1938	4372	4.92 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1583	88918	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→24.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4877	0	136	633	5646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.938	7101
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.08	4942
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	827
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.6485	0.3049	128	0.2721	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6485-1.6679	0.287	167	0.2741	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6679-1.6883	0.3179	121	0.2501	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6883-1.7096	0.2575	143	0.2481	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7096-1.7321	0.2625	144	0.2431	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7321-1.7558	0.2235	150	0.2293	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7558-1.7809	0.2485	146	0.2114	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7809-1.8075	0.2399	143	0.2185	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8075-1.8357	0.2722	163	0.2132	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8357-1.8658	0.2452	152	0.2072	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8658-1.898	0.1856	146	0.1946	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
1.898-1.9325	0.2291	166	0.1742	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9325-1.9696	0.222	135	0.1658	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9696-2.0098	0.2104	146	0.1635	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0098-2.0535	0.201	161	0.1665	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0535-2.1012	0.2024	125	0.169	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1012-2.1538	0.2318	168	0.1646	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1538-2.2119	0.2016	151	0.1574	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2119-2.277	0.1939	133	0.159	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.277-2.3504	0.1822	123	0.1595	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3504-2.4344	0.2078	143	0.1563	2811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4344-2.5317	0.2001	142	0.1534	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5317-2.6468	0.1837	147	0.1531	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6468-2.7862	0.1991	141	0.1612	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7862-2.9604	0.1944	128	0.1528	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9604-3.1886	0.2103	160	0.1618	2820	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1886-3.5086	0.1975	160	0.1477	2814	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5086-4.0143	0.1641	125	0.1285	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0143-5.05	0.141	182	0.1133	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-24.1926	0.1638	133	0.143	3020	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9511	0.9154	-0.2119	1.2675	-0.4141	0.5332	0.0212	-0.1363	0.0639	0.1282	0.0426	0.3031	-0.0019	-0.1078	-0.0609	0.1973	0.0032	0.0393	0.1741	0.0076	0.2127	14.229	44.2547	31.3294
2	2.8513	0.6878	-1.708	1.1493	-1.4749	5.183	0.0696	-0.0871	0.1132	0.0029	-0.0702	-0.0163	-0.0195	0.0984	0.0142	0.1567	0.0096	-0.0098	0.0695	-0.0244	0.1737	43.9234	56.2159	29.6782
3	2.2948	0.4527	-0.0856	2.0317	0.4862	1.9298	0.075	-0.0444	0.545	0.0853	-0.0637	0.2146	-0.3628	-0.1241	0.0062	0.2133	0.0188	0.0319	0.1441	0.0026	0.2586	31.9828	64.0962	30.914
4	5.3905	2.2057	-3.0507	3.3417	-2.1726	5.8846	-0.0048	-0.1676	-0.2485	0.1658	-0.0317	-0.1039	0.2349	0.0138	0.0705	0.1999	-0.0066	-0.0104	0.1385	-0.0089	0.2248	20.9591	35.6787	34.2594
5	2.5288	0.0056	-0.2601	1.7058	0.27	2.2495	0.0767	0.3926	0.5384	-0.4903	0.17	-0.4593	-0.3985	0.3087	-0.1569	0.3187	-0.0548	0.1146	0.2424	0.0397	0.3627	72.6404	64.7493	9.8006
6	5.1764	-0.2091	-0.1622	0.9547	0.0348	0.8214	-0.0955	0.375	-0.0581	-0.0744	0.0299	0.1271	-0.0383	-0.1459	0.0694	0.1747	-0.0134	0.008	0.1777	0.0056	0.1301	38.4144	49.6496	18.3331
7	4.826	-0.1843	0.5572	5.6764	0.9357	4.3428	-0.0466	-0.1804	-0.7182	0.2586	-0.1502	-0.258	0.529	0.1891	0.2182	0.2134	0.0349	0.0088	0.1669	-0.0021	0.2788	56.1068	38.6046	20.7574
8	4.9853	0.2625	-0.6247	1.9964	1.7646	3.5044	-0.2351	0.5969	-0.5834	-0.2201	-0.0053	0.0849	0.2742	-0.0356	0.2132	0.2153	0.0013	0.0032	0.2683	-0.0809	0.2178	54.4079	40.1703	7.9726
9	1.8708	-0.0959	-0.017	2.2749	0.9188	2.377	0.0008	0.7887	-0.1709	-0.3324	-0.0176	0.2148	0.0235	-0.2524	0.0275	0.2124	-0.0143	-0.0249	0.4246	-0.045	0.1909	45.9926	49.0767	4.8381
10	2.4517	-1.8594	-1.3605	2.3934	-0.036	2.3928	0.0493	-0.0288	0.236	0.0487	-0.0219	-0.2932	-0.0948	0.2323	-0.0632	0.2155	-0.0281	-0.0122	0.1785	-0.0321	0.2794	71.5724	60.1535	21.5622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 185 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 186 through 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 280 through 307 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 98 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 99 through 151 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 152 through 185 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 186 through 211 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 212 through 279 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 280 through 307 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)