PDB-6p1f: apo PmoF2 PCuAC domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p1f

タイトル

apo PmoF2 PCuAC domain

要素

Copper chaperone PCu(A)C

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / copper binding protein / chaperone

機能・相同性

Copper chaperone PCuAC / Copper chaperone PCuAC superfamily / Copper chaperone PCu(A)C / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / metal ion binding / Copper chaperone PCu(A)C

機能・相同性情報

生物種

Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.654 Å

データ登録者

Fisher, O.S. / Sendzik, M.R. / Rosenzweig, A.C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: PCuAC domains from methane-oxidizing bacteria use a histidine brace to bind copper.
著者: Fisher, O.S. / Sendzik, M.R. / Ross, M.O. / Lawton, T.J. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C.

履歴

登録	2019年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p1f.cif.gz	42.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p1f.ent.gz	26.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p16C 6p17C 6p1eSC 6p1gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ud7-1 1iy3-d 1xau-d 1hfx-d 6c1x-d 3sbw-2 5v92-2 3obl-1 2mea-2 4yf2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Copper chaperone PCu(A)C

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.613, 51.613, 105.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-289- HOH
2	1	A-302- HOH

#1: タンパク質	Copper chaperone PCu(A)C / PmoF2 分子量: 14410.491 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-159 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_04640 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2CWX5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.727 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.377 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.377 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→29.064 Å / Num. obs: 17758 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.79 % / B_iso Wilson estimate: 20.09 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 1.084 / Net I/σ(I): 14.99 / Num. measured all: 220720

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.7	6.686	0.744	3.51	16093	2422	2407	0.806	0.809	99.4
1.7-1.74	6.731	0.624	4.33	15684	2330	2330	0.871	0.677	100
1.74-1.79	6.692	0.466	5.64	15165	2266	2266	0.925	0.507	100
1.79-1.85	6.743	0.362	7.07	14977	2221	2221	0.959	0.393	100
1.85-1.91	6.71	0.285	8.27	14547	2168	2168	0.975	0.309	100
1.91-1.98	6.535	0.212	10.12	13574	2077	2077	0.982	0.231	100
1.98-2.05	5.799	0.167	11.34	11564	1994	1994	0.984	0.183	100
2.05-2.14	7.117	0.14	14.39	13886	1951	1951	0.991	0.151	100
2.14-2.23	7.186	0.122	16.26	13129	1827	1827	0.993	0.131	100
2.23-2.34	7.182	0.113	17.44	12827	1786	1786	0.993	0.122	100
2.34-2.47	7.148	0.101	18.47	11995	1678	1678	0.994	0.109	100
2.47-2.62	7.107	0.09	20.25	11229	1580	1580	0.995	0.097	100
2.62-2.8	7.041	0.081	22.09	10470	1487	1487	0.996	0.087	100
2.8-3.02	6.804	0.067	25.14	9519	1399	1399	0.997	0.073	100
3.02-3.31	6.433	0.062	26.37	8183	1272	1272	0.996	0.067	100
3.31-3.7	5.553	0.055	26.5	6430	1159	1158	0.997	0.061	99.9
3.7-4.27	7.388	0.051	32.35	7536	1020	1020	0.998	0.055	100
4.27-5.23	7.355	0.051	32.72	6355	864	864	0.997	0.054	100
5.23-7.4	7.55	0.045	32.57	5066	671	671	0.998	0.048	100
7.4-29.064	7.077	0.048	32.39	2491	358	352	0.997	0.053	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6P1E

6p1e

解像度: 1.654→29.064 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	1775	10 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.183	17744	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.2 Å² / B_iso mean: 24.76 Å² / B_iso min: 13.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.654→29.064 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	966	0	0	106	1072
B_iso mean	-	-	-	36.56	-
残基数	-	-	-	-	125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.365	1348
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	152
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	175
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.336	363

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6541-1.6988	0.2739	133	0.2276	1192	1325	99
1.6988-1.7488	0.2334	132	0.2054	1193	1325	100
1.7488-1.8053	0.2656	134	0.1817	1200	1334	100
1.8053-1.8698	0.2181	133	0.1825	1204	1337	100
1.8698-1.9446	0.2251	133	0.1778	1196	1329	100
1.9446-2.0331	0.2168	136	0.1695	1222	1358	100
2.0331-2.1403	0.2086	136	0.1653	1222	1358	100
2.1403-2.2743	0.1985	133	0.1671	1203	1336	100
2.2743-2.4498	0.2091	138	0.1877	1236	1374	100
2.4498-2.6962	0.2206	136	0.2008	1231	1367	100
2.6962-3.086	0.2598	138	0.2009	1241	1379	100
3.086-3.8865	0.2019	142	0.1603	1272	1414	100
3.8865-29.0687	0.1722	151	0.1773	1357	1508	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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