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- PDB-6p1g: Copper-bound PCuAC domain from PmoF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p1g
タイトルCopper-bound PCuAC domain from PmoF2
要素Copper chaperone PCu(A)C
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / copper binding protein / chaperone
機能・相同性Copper chaperone PCuAC / Copper chaperone PCuAC superfamily / Copper chaperone PCu(A)C / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / metal ion binding / COPPER (II) ION / Copper chaperone PCu(A)C
機能・相同性情報
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Fisher, O.S. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM119191 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0016284 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: PCuAC domains from methane-oxidizing bacteria use a histidine brace to bind copper.
著者: Fisher, O.S. / Sendzik, M.R. / Ross, M.O. / Lawton, T.J. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2019年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper chaperone PCu(A)C
B: Copper chaperone PCu(A)C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5156
ポリマ－29,2582
非ポリマー2584
水1,44180
1
A: Copper chaperone PCu(A)C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7583
ポリマ－14,6291
非ポリマー1292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Copper chaperone PCu(A)C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7583
ポリマ－14,6291
非ポリマー1292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.350, 89.350, 60.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Copper chaperone PCu(A)C / PmoF2


分子量: 14628.765 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-159 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_04640 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2CWX5
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.37 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→35.848 Å / Num. obs: 33483 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.233 % / Biso Wilson estimate: 40.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.211 / Net I/σ(I): 10.55 / Num. measured all: 175231
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.15.1610.8351.8512439247724100.5740.92797.3
2.1-2.165.3430.7362.2612908242724160.6560.81499.5
2.16-2.225.2940.7042.512552238123710.6740.78199.6
2.22-2.295.3160.6142.9112105228422770.7490.68199.7
2.29-2.375.2160.4823.7711445220321940.860.53699.6
2.37-2.455.1640.3794.6411144216321580.9180.42399.8
2.45-2.545.150.2995.6910697208020770.9390.33499.9
2.54-2.655.1120.2466.7810071197519700.9650.27599.7
2.65-2.764.6340.1877.678935193419280.9730.21299.7
2.76-2.95.3150.13410.969621181018100.9910.149100
2.9-3.065.5450.11113.69698175117490.9910.12399.9
3.06-3.245.4720.08617.178925163216310.9930.09699.9
3.24-3.475.4360.07419.338398154615450.9950.08299.9
3.47-3.745.3590.06820.947765145014490.9960.07699.9
3.74-4.15.3260.05923.356998131513140.9960.06599.9
4.1-4.585.080.05225.396060119411930.9970.05999.9
4.58-5.294.4220.05324.24617106710440.9950.0697.8
5.29-6.485.6130.05127.0649568838830.9970.056100
6.48-9.175.6340.04528.2738996926920.9980.049100
9.17-35.8485.3710.04629.7219983803720.9930.05197.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6P1E

6p1e


解像度: 2.05→35.848 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 3362 10.04 %
Rwork0.1862 --
obs0.1906 33482 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.66 Å2 / Biso mean: 46.41 Å2 / Biso min: 24.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→35.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1884 0 4 80 1968
Biso mean--51.27 48.05 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8672624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.246706
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0505-2.07980.32861330.28981218135196
2.0798-2.11080.31171350.27861234136999
2.1108-2.14380.27511430.27341249139299
2.1438-2.17890.34351360.27851268140499
2.1789-2.21650.32551340.251712481382100
2.2165-2.25680.32541350.2691243137899
2.2568-2.30020.28381520.273812881440100
2.3002-2.34710.30041380.27351248138699
2.3471-2.39820.34051400.246112571397100
2.3982-2.45390.28551330.23912761409100
2.4539-2.51530.25281480.226412581406100
2.5153-2.58330.27081460.212712451391100
2.5833-2.65930.27951350.222712151350100
2.6593-2.74510.25981450.225112731418100
2.7451-2.84320.23411400.206612721412100
2.8432-2.95690.20541370.20612481385100
2.9569-3.09140.2491440.194812931437100
3.0914-3.25430.21081420.186712501392100
3.2543-3.45810.23821420.186812531395100
3.4581-3.72480.23591460.166612671413100
3.7248-4.09920.20221360.156912521388100
4.0992-4.69120.1631410.13112761417100
4.6912-5.90620.22271430.14061228137198
5.9062-35.85330.18171380.165812611399100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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