PDB-6ozp: Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ozp

タイトル

Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 180 min soak in 10 mM Mn2+

要素

DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*A)-3')
Endonuclease V
RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')

キーワード

HYDROLASE/RNA / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination / HYDROLASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / cytoplasmic stress granule / single-stranded RNA binding / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Samara, N.L. / Yang, W.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase.
著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W.

履歴

登録	2019年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ozp.cif.gz	259.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ozp.ent.gz	203.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ozp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ozp_validation.pdf.gz	5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ozp_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	6ozp_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	6ozp_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: Endonuclease V

B: Endonuclease V

c: DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*A)-3')

C: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')

d: DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*A)-3')

D: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

70.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.031, 73.006, 155.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド / RNA鎖 , 3種, 6分子 ABcdCD

#1: タンパク質	Endonuclease V 分子量: 27207.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Endov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8C9A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(CPGPGPUPAPAPCPCPC)-D(PI)-R(PA)-3') 分子量: 3474.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPAPUPGPCPAPUPGPCPAPUPU)-3') 分子量: 3774.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 344分子

#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20-25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月17日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→38.94 Å / Num. obs: 56317 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 26.67 Å² / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 56317
反射シェル	解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 2410 / % possible all: 58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→36.483 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	2848	5.07 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.1763	56185	94.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→36.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3776	672	103	320	4871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4768
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	6570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.87	2815
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	772
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9604-1.9942	0.2949	60	0.2806	1394	X-RAY DIFFRACTION	49
1.9942-2.0305	0.4183	104	0.3144	2302	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0305-2.0695	0.3283	130	0.2965	2384	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0695-2.1118	0.3038	143	0.2807	2499	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1118-2.1577	0.2636	140	0.241	2542	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1577-2.2079	0.2491	143	0.2187	2630	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2079-2.2631	0.245	148	0.2141	2650	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2631-2.3243	0.2366	131	0.2035	2742	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3243-2.3927	0.2463	163	0.1905	2741	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3927-2.4699	0.2328	159	0.1885	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4699-2.5581	0.2095	135	0.1788	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5581-2.6605	0.2349	185	0.1692	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6605-2.7816	0.2081	155	0.1665	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7816-2.9281	0.1953	138	0.1809	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9281-3.1115	0.1893	123	0.1754	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1115-3.3516	0.1892	144	0.168	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3516-3.6886	0.1537	143	0.1499	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6886-4.2217	0.1578	173	0.136	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2217-5.3162	0.1561	144	0.1284	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3162-36.489	0.1987	187	0.1764	3012	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9347	4.093	-3.1527	5.3245	-2.9996	3.3871	-0.1108	-0.211	-0.3953	0.0017	-0.1542	-0.4919	0.0817	0.1197	0.2812	0.1547	0.0352	-0.0033	0.1312	-0.0679	0.1478	36.3191	1.194	45.3732
2	2.6297	0.016	-0.8863	2.179	-0.0488	2.0904	-0.0582	0.098	0.2365	-0.1129	0.0568	0.0568	-0.2286	-0.212	-0.0137	0.2051	0.0195	-0.0232	0.1967	0.0051	0.1951	26.7536	7.1876	40.3091
3	1.9238	-0.6053	0.6282	3.3957	-0.3255	3.7943	0.0314	0.1972	-0.13	-0.5009	0.0116	0.0028	0.4365	-0.0098	-0.0387	0.3089	-0.0233	0.0145	0.1408	0.0045	0.1954	30.222	-11.4853	34.2019
4	7.3513	0.0624	-0.6076	7.6497	-3.2329	7.6058	-0.1129	0.3159	0.6887	-0.8786	0.3714	0.2786	-0.1663	-0.3353	-0.283	0.3178	0.0043	-0.0795	0.2849	0.0234	0.2882	16.618	8.1527	31.1517
5	6.8614	-4.6527	-2.6362	6.6328	3.5007	4.6303	-0.075	0.1971	-0.1546	0.1281	-0.2432	0.5525	-0.0516	-0.4561	0.3237	0.2597	-0.0219	-0.0425	0.198	0.0631	0.2105	-0.2806	2.6145	-10.9745
6	3.2921	-0.5322	-0.2529	1.9924	0.1489	3.2387	-0.0954	-0.1471	0.3105	0.2453	0.0479	-0.0092	-0.346	0.0839	0.006	0.2941	0.0059	-0.0543	0.175	-0.0026	0.2073	9.3276	7.5393	-4.8362
7	3.6491	-0.2143	-0.4185	4.0519	-0.6278	4.6134	-0.0181	-0.4656	-0.5323	0.7363	0.1111	0.3653	0.7173	-0.3566	-0.047	0.4616	-0.0696	0.0456	0.2666	0.048	0.3019	3.1798	-10.8783	1.1238
8	5.0844	0.5655	0.8591	6.3812	1.3699	5.2156	-0.005	0.1144	0.3419	0.7387	-0.0382	0.0031	-0.2766	0.3485	-0.0621	0.382	-0.0124	-0.1129	0.276	0.0204	0.2102	19.236	7.4206	4.9314
9	4.8164	1.1166	2.4784	5.0852	-2.462	3.2862	-0.2849	1.1868	-0.3346	-1.5531	0.4474	-1.8864	0.5238	1.7855	0.0314	0.368	-0.044	0.2186	0.6513	-0.1108	0.5673	38.9548	0.8802	27.4814
10	0.749	0.4068	0.2387	3.2133	0.1155	4.767	-0.1338	0.0311	0.1312	-0.1134	0.0091	0.5215	-0.3096	-0.3365	0.1118	0.3035	0.031	-0.0746	0.3434	0.0213	0.3125	15.0681	0.0435	17.4544
11	1.3756	-2.6759	1.3009	5.222	-2.5157	1.2298	-0.3945	-1.2707	0.1438	1.72	0.0917	2.2607	0.356	-2.2619	-0.0369	0.5624	0.0236	0.2288	1.0507	-0.1026	0.749	-4.5166	2.5646	7.1837
12	1.4656	-0.9826	-0.3924	3.8349	0.3231	4.6829	0.1976	-0.1189	0.058	-0.2633	-0.1076	-0.1415	-0.3205	0.245	-0.0689	0.2886	-0.0389	-0.0397	0.315	0.0045	0.231	19.112	-0.088	18.3793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 233 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 234 through 252 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 47 through 154 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 155 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 234 through 251 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 8 through 11 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 12 through 23 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 8 through 11 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 12 through 23 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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