PDB-6ozo: Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ozo

タイトル

Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 30 min soak in 10 mM Mn2+

要素

DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')
Endonuclease V

キーワード

HYDROLASE/RNA / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination / HYDROLASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / cytoplasmic stress granule / single-stranded RNA binding / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.235 Å

データ登録者

Samara, N.L. / Yang, W.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase.
著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W.

履歴

登録	2019年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ozo.cif.gz	260.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ozo.ent.gz	206.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ozo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ozo_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ozo_full_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示
XML形式データ	6ozo_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	6ozo_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ozeC 6ozfC 6ozgC 6ozhC 6oziC 6ozjC 6ozkC 6ozlC 6ozmC 6oznC 6ozpC 6ozqC 6ozrC 6ozsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cty-3 3t91-3 5fyc-d 2bco-d 6c8s-d 1los-d 4d7j-1 5mko-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endonuclease V

B: Endonuclease V

C: DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')

D: DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

71.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.577, 72.422, 155.643
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Endonuclease V 分子量: 28048.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Endov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8C9A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(CPGPGPUPAPAPCPCPC)-D(PI)-R(PAPUPAPUPGPCPAPUPGPCPAPUPU)-3') 分子量: 7293.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 206分子

#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

配列の詳細	Chains C and D are partially cleaved between residues 11 and 12. Conformation A represents the ...Chains C and D are partially cleaved between residues 11 and 12. Conformation A represents the substrate state. Conformation B represents the product state.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20-25% w/v PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月16日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 38507 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.23→2.29 Å / Num. unique obs: 1330

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.235→43.013 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	2016	5.25 %
R_work	0.1684	-	-
obs	0.1707	38411	93.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.235→43.013 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3809	926	40	191	4966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5067
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	7038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.663	2957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	744

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2347-2.2906	0.3211	109	0.2564	1688	X-RAY DIFFRACTION	62
2.2906-2.3525	0.2971	126	0.2381	2003	X-RAY DIFFRACTION	74
2.3525-2.4217	0.2561	120	0.2213	2219	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4217-2.4999	0.2782	120	0.2264	2564	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4999-2.5892	0.2513	151	0.2127	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5892-2.6929	0.2699	167	0.201	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6929-2.8154	0.2172	134	0.1942	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8154-2.9638	0.2522	167	0.1959	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9638-3.1495	0.2214	162	0.1978	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1495-3.3926	0.2268	157	0.1776	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3926-3.7338	0.1773	160	0.1539	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7338-4.2737	0.1739	145	0.1337	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2737-5.3827	0.1527	159	0.1249	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3827-43.0211	0.2236	139	0.1569	2990	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6048	5.7847	-5.094	6.9411	-6.176	5.5662	0.1215	-0.5308	-0.3657	0.1246	-0.5505	-0.4811	-0.0109	0.5582	0.3772	0.3515	0.0509	0.0251	0.2843	-0.0197	0.2931	40.8694	3.5295	43.3934
2	2.7268	0.425	-0.952	2.2522	-0.5457	1.8006	-0.021	0.1398	0.274	-0.189	0.004	0.0539	-0.0996	-0.1944	-0.0034	0.388	0.0278	-0.0206	0.2594	-0.021	0.1893	26.6609	5.9529	40.8532
3	2.3321	-0.6991	0.4555	3.1079	-0.0586	3.2131	0.0327	0.2213	-0.0238	-0.5841	-0.0802	0.1047	0.3324	-0.1171	0.0666	0.5246	-0.0157	0.0012	0.2274	0.0177	0.1909	27.7667	-7.7265	33.2266
4	7.5616	-4.5932	-4.9145	9.2487	5.8937	9.3653	0.1459	-0.2011	0.7234	-0.1823	-0.2949	1.3879	-0.7874	-1.0704	0.1661	0.3724	0.0711	-0.0287	0.4915	-0.1166	0.8313	-8.4995	13.1516	-5.2246
5	7.9321	-6.9183	-1.3789	9.4804	3.1681	3.7211	0.2344	0.6955	-0.9512	-0.0109	-0.3941	0.8643	0.7767	-0.0306	0.1547	0.5517	-0.0303	-0.0339	0.3574	0.0329	0.2978	9.2387	-8.1224	-17.6927
6	4.4438	1.1959	-1.6079	2.619	-0.5728	7.6108	-0.1856	-0.7634	0.7251	0.8018	0.2575	0.0148	-0.5776	0.4004	-0.1858	0.4521	0.0626	-0.1187	0.386	-0.0782	0.336	13.6594	9.6972	0.9365
7	5.3794	-0.7898	-1.5996	5.7915	3.3583	4.1444	-0.0846	-0.1729	0.6064	0.4888	0.1387	-0.2025	-0.0957	0.244	-0.0721	0.3654	-0.0044	-0.0792	0.2511	0.0969	0.0963	12.3867	8.2083	-2.3394
8	7.6237	-1.671	-4.8299	5.1695	1.4161	6.8115	0.1927	-0.3389	0.9729	0.2656	0.0772	0.0985	-0.7989	0.1629	-0.2243	0.3684	-0.016	-0.115	0.3074	-0.0324	0.3297	10.1081	13.0743	-7.7623
9	3.7189	-0.7374	-5.2768	2.5449	0.4677	7.6282	-0.0962	-0.0469	0.0306	0.1927	-0.0423	0.2822	0.1856	0.0537	0.1357	0.3346	-0.022	-0.046	0.2161	0.0061	0.2472	5.3844	2.9822	-8.8063
10	9.0801	2.4583	0.0486	3.2542	-4.3595	8.4004	0.2177	-0.8356	-0.001	1.4417	0.1363	1.2838	0.3752	-1.7278	-0.3489	1.0155	-0.0057	0.4792	0.7125	0.0287	0.7648	-5.2298	-5.5061	6.1757
11	6.8765	1.5055	-1.9366	3.1066	-1.2739	7.154	0.0756	-0.6886	-0.7608	1.2805	0.0914	0.5306	0.9341	-0.137	-0.1307	1.049	-0.0889	0.1677	0.3951	0.0962	0.551	1.9082	-14.386	4.0286
12	8.2716	-3.2465	4.0684	7.5305	-2.367	7.2227	0.0684	-0.1966	-0.3654	0.394	0.0885	-0.0426	0.9122	0.0882	-0.151	0.4642	-0.0037	-0.005	0.2202	0.0057	0.2118	8.6002	-7.8387	-5.0218
13	3.1105	-3.3543	-1.4398	5.888	-0.7418	3.0339	0.11	0.0092	0.3078	1.4941	-0.1748	-0.652	-0.1194	0.5358	-0.1142	0.6932	-0.009	-0.1925	0.4283	0.0137	0.3141	19.5801	6.9928	4.3514
14	0.8536	-0.5165	2.5975	3.9594	-0.4698	7.1313	-0.4838	0.371	0.4226	-0.459	0.039	0.5382	-0.6184	0.0013	0.3628	0.4515	0.0696	-0.0485	0.3067	-0.0317	0.3092	20.0399	0.4279	19.704
15	1.8286	-1.2265	4.028	3.258	-1.3416	9.054	-0.262	-0.1761	0.2187	0.1262	0.0177	-0.1067	-0.7286	-0.2617	0.2501	0.5314	-0.0756	0.0137	0.3203	0.0075	0.3054	15.0979	0.6002	15.4909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 252 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 27 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 47 through 71 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 72 through 95 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 96 through 114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 115 through 154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 155 through 166 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 167 through 206 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 207 through 233 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 234 through 251 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 9 through 23 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 9 through 23 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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