PDB-3t91: Structure of the Phosphatase Domain of the Cell Fate Determinant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t91

タイトル

Structure of the Phosphatase Domain of the Cell Fate Determinant SpoIIE from Bacillus subtilis

要素

Stage II sporulation protein E

キーワード

HYDROLASE / SpoIIE / phosphatase / sporulation / manganese binding / PP2C Phosphatase Domain / dephosphorylating the anti-sigma factor antagonist SpoIIAA

機能・相同性

機能・相同性情報

endospore-forming forespore / sporulation resulting in formation of a cellular spore / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the phosphatase domain of the cell fate determinant SpoIIE from Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Rawlings, A.E. / Jameson, K. / Tunaley, J. / Hart, D.J. / Barak, I. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2011年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t91.cif.gz	188.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t91.ent.gz	153.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/3t91	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t9qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ibz-d 4tx3-d 3t9q-1 6yq7-d 5by9-2 1bvp-1 6yqa-d 1lpn-2 1lpp-2 6nte-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Stage II sporulation protein E

B: Stage II sporulation protein E

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Stage II sporulation protein E

B: Stage II sporulation protein E

ヘテロ分子

A: Stage II sporulation protein E

B: Stage II sporulation protein E

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
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2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

3

A: Stage II sporulation protein E

ヘテロ分子

B: Stage II sporulation protein E

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.618, 87.618, 321.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質

Stage II sporulation protein E / Stage II sporulation protein H

分子量: 26540.422 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 590-827 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU00640, spoIIE, spoIIH / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P37475, protein-serine/threonine phosphatase

#2: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#3: 糖

ChemComp-GL0 / beta-D-gulopyranose / beta-D-gulose / D-gulose / gulose / β-D-グロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#4: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 12 - 15% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日 / 詳細: torodial focusing mirror
放射	モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→50 Å / Num. all: 23618 / Num. obs: 23618 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 79.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1129 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.64→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 23.152 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27891	1184	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22015	-	-	-
all	0.22306	21784	-	-
obs	0.22306	21784	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.776 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.52 Å²	1.26 Å²	0 Å²
2-	-	2.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3312	0	26	160	3498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.335	1.98	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.843	3	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.732	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.352	25.035	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.789	15	669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.908	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.013	5	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.449	5	899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.646	7	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.403	9	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.65	20	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.663 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	69	-
R_work	0.415	1494	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3343	0.1922	0.2334	1.1884	-0.3026	1.5683	0.019	-0.1317	-0.1644	0.017	-0.0063	0.0339	0.0631	0.0241	-0.0126	0.0051	0.0041	-0.0048	0.0629	0.0055	0.0361	-5.443	-35.077	-4.243
2	26.6735	7.4078	-2.7088	2.0591	-0.7534	0.2787	-0.3844	0.8184	-0.9691	-0.1136	0.2556	-0.2707	0.0437	-0.0934	0.1288	0.5355	0.0319	0.0679	0.5231	0.0267	0.3298	10.9	-28.087	-15.925
3	7.6076	5.6667	-3.2725	4.2282	-2.439	1.4143	0.0629	-0.3236	-0.1957	0.0294	-0.1964	-0.1233	-0.0086	0.1076	0.1335	0.5166	0.1167	0.0338	0.543	-0.0729	0.5292	-29.941	-17.283	-13.882
4	4.4652	5.7082	-1.4602	7.3255	-1.875	0.486	0.4291	-0.2895	-0.0955	0.6265	-0.4618	-0.0977	-0.204	0.0883	0.0328	0.6032	0.0215	-0.0859	0.5987	-0.0941	0.6159	-26.073	-26.939	-21.756
5	8.3652	-1.3385	4.3666	0.3832	-1.8363	9.9848	-0.2427	-0.2993	0.247	0.1381	0.0539	-0.0327	-0.7292	-0.1834	0.1889	0.2765	-0.045	0.0362	0.1387	0.0272	0.3679	-20.19	-52.537	-2.131
6	5.1042	-2.6911	1.5077	1.4386	-0.5508	4.7969	0.2467	0.0258	0.7344	-0.1748	0.0126	-0.4293	-0.0487	-0.0256	-0.2593	0.4234	-0.0393	0.0196	0.3689	-0.0244	0.4303	-5.879	-52.539	-17.629
7	2.6239	-1.8599	-5.6438	1.3378	4.0437	12.2431	0.0739	0.4469	-0.0882	0.0448	-0.3432	0.0838	0.0615	-1.0293	0.2693	0.6119	0.0116	-0.0167	0.4945	0.0137	0.5866	-13.419	-56.109	4.84
8	6.6001	-5.0174	-1.5899	5.2186	4.1719	6.6433	-0.0567	0.1972	0.5675	0.1818	0.1722	-0.3959	0.3107	0.611	-0.1154	0.3599	-0.0558	0.0022	0.2779	0.0607	0.5095	-18.667	-11.539	-4.622
9	0.7453	-0.1131	0.4709	0.7033	-0.5535	2.0355	0.0472	0.0819	0.1835	-0.1428	-0.0766	-0.0395	-0.1555	0.113	0.0295	0.103	0.0196	0.0027	0.0608	-0.0042	0.1111	-7.465	-21.775	-22.852
10	71.1347	-27.189	28.1148	36.5823	-28.3566	22.9812	0.6102	-1.527	1.6147	1.2854	-1.0589	-0.4193	-0.8102	0.433	0.4487	0.3882	0.1126	0.101	0.4417	-0.0029	0.3008	-22.597	-21.265	-3.22
11	9.3738	1.0447	9.4074	9.2715	-1.8465	10.3624	-0.2816	0.1446	-0.0836	0.3691	0.2702	-0.2013	-0.4204	0.0371	0.0114	0.2724	-0.0404	0.029	0.4092	-0.0957	0.3183	11.702	-38.672	-14.994
12	1.4519	2.629	-1.9388	4.7662	-3.5096	2.5903	0.018	-0.0686	-0.1199	0.0613	-0.1616	-0.2318	-0.0363	0.0799	0.1436	0.5015	0.0666	-0.0424	0.502	-0.0904	0.473	0.695	-45.729	-18.234
13	6.323	2.0579	3.3295	0.6884	1.0763	1.7583	0.0093	-0.0848	0.1758	0.0152	-0.1144	-0.0095	-0.0029	-0.0002	0.105	0.391	-0.0307	0.0006	0.5018	0.1878	0.4075	-6.131	-23.151	-43.01
14	2.2995	1.0645	-0.2127	0.5102	-0.1002	0.0204	0.0065	-0.0453	0.3522	-0.0715	0.0172	0.2173	0.0117	-0.0062	-0.0237	0.5904	0.0684	-0.0266	0.5241	0.0524	0.5975	-25.937	-27.671	-32.094
15	0.1105	-0.5354	0.0825	3.6252	-0.922	0.3564	0.0418	0.0758	0.038	0.3372	0.028	0.1667	-0.3101	-0.1519	-0.0699	0.5831	0.0773	0.0349	0.4814	0.0455	0.47	-14.827	-2.059	-21.354
16	0.0198	0.0985	-0.0599	0.5556	-0.3208	0.1947	-0.0104	0.0321	0.0951	0.0223	0.2785	0.4754	0.0257	-0.156	-0.268	0.4941	0.0693	0.0133	0.4203	0.02	0.5807	-23.533	-5.237	-13.9
17	0.5103	-2.5377	-2.3455	14.1815	13.1236	12.2447	0.4142	0.0271	0.1137	-1.4805	0.0599	-0.6723	-1.4047	-0.0641	-0.4741	0.5104	0.0487	-0.0611	0.3378	0.0272	0.3518	7.891	-21.002	-14.111
18	9.7438	-6.3467	-3.4923	4.1378	2.3447	11.6474	0.455	-0.4613	-0.0301	-0.3248	0.287	0.0179	-0.5967	0.3864	-0.7419	0.3703	-0.0965	0.1311	0.4017	-0.0302	0.5535	26.934	-38.164	-10.836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	590 - 600
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	610 - 628
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	636 - 654
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	663 - 669
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	679 - 715
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	724 - 806
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	588 - 589
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	601 - 609
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	629 - 635
10	X-RAY DIFFRACTION	5	A	655 - 662
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	670 - 678
12	X-RAY DIFFRACTION	7	A	716 - 723
13	X-RAY DIFFRACTION	8	A	807 - 811
14	X-RAY DIFFRACTION	9	B	591 - 601
15	X-RAY DIFFRACTION	9	B	609 - 628
16	X-RAY DIFFRACTION	9	B	636 - 653
17	X-RAY DIFFRACTION	9	B	659 - 668
18	X-RAY DIFFRACTION	9	B	679 - 745
19	X-RAY DIFFRACTION	9	B	771 - 782
20	X-RAY DIFFRACTION	9	B	797 - 805
21	X-RAY DIFFRACTION	9	B	808 - 815
22	X-RAY DIFFRACTION	10	B	589 - 590
23	X-RAY DIFFRACTION	11	B	602 - 608
24	X-RAY DIFFRACTION	12	B	629 - 635
25	X-RAY DIFFRACTION	13	B	654 - 658
26	X-RAY DIFFRACTION	14	B	669 - 678
27	X-RAY DIFFRACTION	15	B	746 - 770
28	X-RAY DIFFRACTION	16	B	783 - 796
29	X-RAY DIFFRACTION	17	B	806 - 807
30	X-RAY DIFFRACTION	18	B	816 - 819

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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