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- PDB-1bvp: THE CRYSTAL STRUCTURE OF BLUETONGUE VIRUS VP7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bvp
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF BLUETONGUE VIRUS VP7
要素BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRUS / VP7 / TRIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1 / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Orbivirus inner capsid protein VP7, N-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7, C-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Jelly Rolls - #170 / Virus capsid protein, alpha-helical ...Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 3 / Bluetongue Virus 10, subunit 1; domain 1 / Bluetongue Virus 10, subunit 1, domain 1 / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Orbivirus inner capsid protein VP7, N-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7, C-terminal / Orbivirus inner capsid protein VP7 / Jelly Rolls - #170 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bluetongue virus (ブルータングウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stuart, D. / Grimes, J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of bluetongue virus VP7.
著者: Grimes, J. / Basak, A.K. / Roy, P. / Stuart, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Preliminary Crystallographic Study Bluetongue Virus Capsid Protein, Vp7
著者: Basak, A.K. / Stuart, D. / Roy, P.
履歴
登録1995年2月17日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
1: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
2: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
3: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
4: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
5: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
6: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,4706
ポリマ－231,4706
非ポリマー00
水00
1
1: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
2: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
3: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7353
ポリマ－115,7353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15610 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area36620 Å2
手法PISA
2
4: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
5: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
6: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7353
ポリマ－115,7353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15590 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area36630 Å2
手法PISA
3
1: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
2: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
3: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7

4: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
5: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7
6: BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,4706
ポリマ－231,4706
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
Buried area34790 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area69660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.600, 110.200, 129.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 1 338 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 338 / 3: CIS PROLINE - PRO 3 338 / 4: CIS PROLINE - PRO 4 338 / 5: CIS PROLINE - PRO 5 338 / 6: CIS PROLINE - PRO 6 338
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.14543, 0.67629, -0.72214), (-0.63411, -0.49656, -0.59274), (-0.75945, 0.54411, 0.35662)13.75691, 121.46453, 15.26016
2given(0.14324, -0.63096, -0.76247), (0.67663, -0.49981, 0.54071), (-0.72226, -0.59336, 0.35534)86.88766, 43.31865, 76.52478
3given(-0.99998, 0.00266, -0.00651), (0.00204, 0.99556, 0.09409), (0.00673, 0.09407, -0.99554)-40.40277, -14.51652, 185.40674
4given(-0.14325, -0.67863, 0.72038), (-0.7013, -0.44399, -0.55772), (0.69832, -0.5851, -0.41232)-54.40217, 107.98046, 181.39107
5given(-0.13779, 0.63372, 0.76119), (0.60571, -0.55415, 0.57099), (0.78367, 0.53974, -0.30749)-127.61971, 35.81133, 113.78906
詳細VP7 FORMS A TRIMER IN CRYSTAL, SOLUTION, AND IN THE VIRUS. MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 1 1 .. N 349 2 1 .. N 349 0.0005 M2 1 1 .. N 349 3 1 .. N 349 0.0005 M3 1 1 .. N 349 4 1 .. N 349 0.0005 M4 1 1 .. N 349 5 1 .. N 349 0.0005 M5 1 1 .. N 349 6 1 .. N 349 0.0005

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要素

#1: タンパク質
BLUETONGUE VIRUS COAT PROTEIN VP7


分子量: 38578.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bluetongue virus (ブルータングウイルス)
属: Orbivirus / 株: (serotype 10 / American isolate) / 参照: UniProt: P69361

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
210 %(w/v)PEG35001reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 54361 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.105

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→15 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.184 -
obs0.184 54361
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16218 0 0 0 16218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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