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- PDB-5by9: The crystal structure of polyglycilated 14-3-3 protein from Giard... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5by9
タイトルThe crystal structure of polyglycilated 14-3-3 protein from Giardia intestinalis
要素14-3-3 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / HOMODIMER / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 14-3-3 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4 Å
データ登録者Fiorillo, A. / Ilari, A. / Lalle, M.
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2015
タイトル: Molecular Dynamics Simulations and Structural Analysis of Giardia duodenalis 14-3-3 Protein-Protein Interactions.
著者: Cau, Y. / Fiorillo, A. / Mori, M. / Ilari, A. / Botta, M. / Lalle, M.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein
B: 14-3-3 protein
C: 14-3-3 protein
D: 14-3-3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,6984
ポリマ－115,6984
非ポリマー00
水00
1
A: 14-3-3 protein
B: 14-3-3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8492
ポリマ－57,8492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: 14-3-3 protein
D: 14-3-3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8492
ポリマ－57,8492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.207, 100.207, 140.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILEAA13 - 3313 - 33
21METMETILEILEBB13 - 3313 - 33
31METMETILEILECC13 - 3313 - 33
41METMETILEILEDD13 - 3313 - 33
12LYSLYSTRPTRPAA43 - 6343 - 63
22LYSLYSTRPTRPBB43 - 6343 - 63
32LYSLYSTRPTRPCC43 - 6343 - 63
42LYSLYSTRPTRPDD43 - 6343 - 63
13GLUGLULEULEUAA85 - 21085 - 210
23GLUGLULEULEUBB85 - 21085 - 210
33GLUGLULEULEUCC85 - 21085 - 210
43GLUGLULEULEUDD85 - 21085 - 210

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.494334, 0.851943, 0.172704), (0.847898, -0.516353, 0.120202), (0.191581, 0.087015, -0.977612)36.264721, -61.835339, -3.06385
3given(-0.534868, -0.843262, -0.053162), (-0.839269, 0.537503, -0.081963), (0.097691, 0.000778, -0.995217)46.19001, -30.62031, -2.10379
4given(-0.97568, 0.05961, -0.210938), (-0.041831, -0.995262, -0.087771), (-0.215171, -0.076813, 0.973551)31.357201, -6.37805, 1.89492

-
要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein / Putative 14-3-3 domain protein


分子量: 28924.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
遺伝子: DHA2_6430, GSB_6430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2QBT8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: LiCl 1M, hepes pH 7, PEG6K 10%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.571
11K, H, -L20.429
反射解像度: 4→40 Å / Num. obs: 12386 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Χ2: 1.252 / Net I/av σ(I): 5.133 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 23764
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
4-4.141.90.40611301.21384.4
4.14-4.311.90.43812151.27991.8
4.31-4.51.90.33212121.51291
4.5-4.741.90.29312741.40394.5
4.74-5.041.90.22612651.2994.7
5.04-5.431.90.26212791.31294.3
5.43-5.971.90.28812681.19795.4
5.97-6.8320.16912501.18593.8
6.83-8.591.90.06612850.89595.2
8.59-401.90.03512081.25590.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 4→36.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 28.235 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 613 5 %RANDOM
Rwork0.2325 ---
obs0.2326 11755 92.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120 Å2 / Biso mean: 117.648 Å2 / Biso min: 99.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-46.99 Å20 Å20 Å2
2--46.99 Å20 Å2
3----93.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4→36.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7633 0 0 0 7633
残基数----937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0441.97210453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1175933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.31424.169403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.44151459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0091568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.52511.7623744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92617.6424673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.411.7714019
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1370 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.30.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.320.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.350.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.350.5
1AMEDIUM THERMAL3.172
2BMEDIUM THERMAL2.042
3CMEDIUM THERMAL2.472
4DMEDIUM THERMAL2.042
LS精密化 シェル解像度: 4→4.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 38 -
Rwork0.267 774 -
all-812 -
obs--84.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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