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Yorodumi- PDB-6ox7: The complex of 1918 NS1-ED and the iSH2 domain of the human p85be... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ox7 | ||||||
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Title | The complex of 1918 NS1-ED and the iSH2 domain of the human p85beta subunit of PI3K | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / NS1 / p85-beta / PI3K / 1918 | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / IRS-mediated signalling / regulation of actin filament polymerization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RHOF GTPase cycle / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle ...symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / IRS-mediated signalling / regulation of actin filament polymerization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RHOF GTPase cycle / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / RND1 GTPase cycle / Costimulation by the CD28 family / RND2 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / RND3 GTPase cycle / negative regulation of MAPK cascade / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / T cell differentiation / RET signaling / positive regulation of cell adhesion / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of protein localization to plasma membrane / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Tie2 Signaling / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / Interleukin-7 signaling / phosphotyrosine residue binding / response to endoplasmic reticulum stress / Downstream signal transduction / B cell differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / regulation of autophagy / Regulation of signaling by CBL / Signaling by SCF-KIT / receptor tyrosine kinase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein transport / Downstream TCR signaling / insulin receptor signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / G alpha (q) signalling events / protein phosphatase binding / host cell cytoplasm / Extra-nuclear estrogen signaling / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / immune response / protein heterodimerization activity / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Shen, Q. / Zhao, B. / Li, P. / Cho, J.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Molecular recognition of a host protein by NS1 of pandemic and seasonal influenza A viruses. Authors: Cho, J.H. / Zhao, B. / Shi, J. / Savage, N. / Shen, Q. / Byrnes, J. / Yang, L. / Hwang, W. / Li, P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ox7.cif.gz | 228.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ox7.ent.gz | 183.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ox7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ox7_validation.pdf.gz | 249.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ox7_full_validation.pdf.gz | 249.8 KB | Display | |
Data in XML | 6ox7_validation.xml.gz | 931 B | Display | |
Data in CIF | 6ox7_validation.cif.gz | 5.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/6ox7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/6ox7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6u28C 3l4qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16424.043 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W187R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) Strain: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / Gene: NS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q99AU3 #2: Protein | Mass: 19893.389 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: iSH2 domain / Mutation: C501S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PIK3R2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O00459 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 20 mM sodium phosphate, 80 mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 1, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→64.83 Å / Num. obs: 19133 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 50.75 Å2 / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 70864 / Scaling rejects: 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3L4Q Resolution: 2.75→44.65 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 162.13 Å2 / Biso mean: 60.7838 Å2 / Biso min: 24.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→44.65 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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