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- PDB-6u28: Crystal structure of 1918 NS1-ED W187A in complex with the p85-be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u28
タイトルCrystal structure of 1918 NS1-ED W187A in complex with the p85-beta-iSH2 domain of human PI3K
要素
  • Non-structural protein 1
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
キーワードVIRAL PROTEIN / 1918 influenza A virus / NS1 / PI3K
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / regulation of actin filament polymerization / IRS-mediated signalling / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / regulation of stress fiber assembly / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle ...symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / regulation of actin filament polymerization / IRS-mediated signalling / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / regulation of stress fiber assembly / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / Nephrin family interactions / Signaling by LTK in cancer / Signaling by LTK / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / PI3K/AKT activation / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOU GTPase cycle / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RHOA GTPase cycle / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / negative regulation of MAPK cascade / regulation of protein localization to plasma membrane / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / GPVI-mediated activation cascade / Tie2 Signaling / RAC1 GTPase cycle / phosphotyrosine residue binding / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / positive regulation of cell adhesion / B cell differentiation / response to endoplasmic reticulum stress / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / Regulation of signaling by CBL / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by SCF-KIT / receptor tyrosine kinase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / protein transport / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / protein phosphatase binding / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / Extra-nuclear estrogen signaling / regulation of autophagy / immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / protein heterodimerization activity / focal adhesion / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Cho, J.H. / Zhao, B. / Savage, N. / Li, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM127723 01A1 米国
National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)1020344 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Molecular recognition of a host protein by NS1 of pandemic and seasonal influenza A viruses.
著者: Cho, J.H. / Zhao, B. / Shi, J. / Savage, N. / Shen, Q. / Byrnes, J. / Yang, L. / Hwang, W. / Li, P.
履歴
登録2019年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
C: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
B: Non-structural protein 1
D: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4634
ポリマ－72,4634
非ポリマー00
水00
1
A: Non-structural protein 1
C: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2312
ポリマ－36,2312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural protein 1
D: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2312
ポリマ－36,2312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.190, 92.390, 66.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 16337.927 Da / 分子数: 2 / 断片: effector domain / 変異: W187A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: NS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99AU3
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit beta / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit beta / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-beta


分子量: 19893.389 Da / 分子数: 2 / 変異: C501S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00459

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1 / 詳細: tris 20 mM, trehalose 0.7 M, sodium chloride 80 mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→64.61 Å / Num. obs: 15268 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 67.87 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 53699 / Scaling rejects: 104
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.95-3.133.50.938864624550.5980.5871.111.3100
8.85-64.613.30.12519305920.9450.080.1491399.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OX7

6ox7


解像度: 2.95→34.145 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 701 4.61 %
Rwork0.2225 --
obs0.2233 15214 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.18 Å2 / Biso mean: 74.0454 Å2 / Biso min: 36.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→34.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4219 0 0 0 4219
残基数----519
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.9503-3.17790.30881370.31782892
3.1779-3.49740.29381450.27192858
3.4974-4.00290.27341280.22742902
4.0029-5.04060.21781550.19352909
5.0406-34.1450.20431360.20092952
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06180.1745-0.20830.7006-0.5910.5445-0.1707-0.7407-0.50460.4328-0.2556-0.0339-0.15950.6275-0.00190.64710.0705-0.02520.49650.05540.492124.56621.453715.0104
20.8492-0.4979-0.2961.0735-0.4770.7928-0.3212-0.02540.85360.31050.2720.2149-0.6211-0.2075-0.00230.62330.1245-0.06240.4311-0.04450.538818.607339.70569.6145
31.0192-0.15690.30870.3874-0.51420.7974-0.22510.1046-0.0390.0442-0.05970.00280.02220.7075-0.00020.44980.0722-0.02770.44130.00110.486927.071325.27838.4362
40.99760.7463-0.53492.1398-0.07241.1173-0.2974-0.10340.2478-0.00360.1829-0.2273-0.3040.3648-0.00010.5128-0.0003-0.0090.4301-0.04560.527826.233232.36356.3605
5-0.01650.0186-0.00940.06410.0412-0.0108-0.2685-0.1378-0.66920.77710.44570.5709-0.20070.17440.00061.3519-0.2385-0.11261.6916-0.05671.037536.680739.45427.9024
60.2764-0.6001-0.39550.98210.03520.9992-0.2407-0.6031-0.34870.36780.46830.38820.2237-0.09390.01160.79360.15190.03170.6533-0.02330.568826.2772.064223.1158
70.52640.51430.09620.7949-0.40080.49720.2189-0.1292-0.42820.3199-0.02910.5529-0.11430.182601.09880.3432-0.03510.8049-0.11150.70641.7016-17.49526.1572
80.80160.66090.49291.3988-0.81072.0302-0.10990.06350.20250.56270.0553-0.0805-0.1225-0.33910.00030.51880.0930.01370.4738-0.04910.451614.23418.85915.7217
90.33210.4226-0.3350.9267-0.15040.50850.30220.9472-0.4476-0.4842-0.062-0.6236-0.02290.16660.00050.41580.04350.03750.6038-0.09410.562615.48977.3079-10.5836
101.9223-1.07510.43880.598-0.28660.1169-0.01380.2015-0.401-0.00110.05770.9314-0.0626-0.27450.00020.5528-0.03020.05620.6318-0.02930.7035-3.66415.2714-5.3868
110.3559-0.2125-0.22580.11520.11060.15420.12980.2049-0.4476-0.01820.1156-0.2630.38790.077800.42350.11950.0140.5765-0.04560.500412.0711.63-5.9498
120.8564-0.3367-0.79481.0833-0.01210.8480.0158-0.05940.09940.3643-0.25350.04350.61410.1309-00.54950.05110.0120.5218-0.00670.4379.02214.4392-5.4754
130.9829-0.36510.84410.8938-0.3171.0003-0.0424-0.2343-0.41120.44740.02480.21360.339-0.36220.00010.4608-0.0123-0.00710.40570.03470.44024.74672.02880.9384
140.1572-0.0627-0.00280.0538-0.11140.3393-0.14110.2383-1.12590.34290.5983-1.0211.2858-0.20080.01170.78970.04430.05060.48290.00690.795216.111-4.0163-1.4274
151.3955-0.0175-0.36510.02990.13531.01280.1730.36870.4614-0.07950.0405-0.20310.05630.04020.00020.58310.0117-0.01210.63610.00130.517340.97015.8633-20.5082
160.8956-0.3142-1.21520.59760.72871.1665-0.03430.2024-0.0192-0.18440.2246-0.10510.02420.21110.00160.44-0.00150.02930.5814-0.05690.472235.295810.4162-16.982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 86 through 99 )A86 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 126 )A100 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 151 )A127 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 152 through 201 )A152 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 202 through 212 )A202 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 433 through 489 )C433 - 489
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 490 through 561 )C490 - 561
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 562 through 597 )C562 - 597
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 86 through 99 )B86 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 100 through 126 )B100 - 126
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 127 through 137 )B127 - 137
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 138 through 162 )B138 - 162
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 163 through 195 )B163 - 195
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 196 through 204 )B196 - 204
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 433 through 525 )D433 - 525
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 526 through 597 )D526 - 597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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