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- PDB-6oo0: Crystal structure of bovine Fab NC-Cow1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oo0
タイトルCrystal structure of bovine Fab NC-Cow1
要素
  • NC-Cow1 heavy chain
  • NC-Cow1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 broadly neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105826 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117675 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI084817 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural basis of broad HIV neutralization by a vaccine-induced cow antibody.
著者: Robyn L Stanfield / Zachary T Berndsen / Ruiqi Huang / Devin Sok / Gabrielle Warner / Jonathan L Torres / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Vaughn V Smider /
要旨: Potent broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV have been very challenging to elicit by vaccination in wild-type animals. Here, by x-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and site- ...Potent broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV have been very challenging to elicit by vaccination in wild-type animals. Here, by x-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and site-directed mutagenesis, we structurally and functionally elucidate the mode of binding of a potent bnAb (NC-Cow1) elicited in cows by immunization with the HIV envelope (Env) trimer BG505 SOSIP.664. The exceptionally long (60 residues) third complementarity-determining region of the heavy chain (CDR H3) of NC-Cow1 forms a mini domain (knob) on an extended stalk that navigates through the dense glycan shield on Env to target a small footprint on the gp120 CD4 receptor binding site with no contact of the other CDRs to the rest of the Env trimer. These findings illustrate, in molecular detail, how an unusual vaccine-induced cow bnAb to HIV Env can neutralize with high potency and breadth.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: NC-Cow1 light chain
H: NC-Cow1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3465
ポリマ－51,9912
非ポリマー3553
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.060, 69.560, 95.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 NC-Cow1 light chain


分子量: 22633.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 NC-Cow1 heavy chain


分子量: 29357.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 40% methylpentanediol, 5% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.9 Å / Num. obs: 30513 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.162 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2243 / CC1/2: 0.303 / Rpim(I) all: 0.693 / Rrim(I) all: 1.46 / Rsym value: 1.28 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ILT

5ilt


解像度: 2.1→28.865 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 1543 5.06 %
Rwork0.2019 --
obs0.2037 30507 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 24 66 3697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5835092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7972251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.16780.3531250.31722648X-RAY DIFFRACTION100
2.1678-2.24520.33941490.29872605X-RAY DIFFRACTION100
2.2452-2.33510.32761370.28712595X-RAY DIFFRACTION100
2.3351-2.44130.34831430.29062633X-RAY DIFFRACTION100
2.4413-2.56990.30431350.27832620X-RAY DIFFRACTION100
2.5699-2.73080.25931480.24242606X-RAY DIFFRACTION100
2.7308-2.94150.27641380.23332617X-RAY DIFFRACTION100
2.9415-3.23710.26281630.21442620X-RAY DIFFRACTION100
3.2371-3.70470.23141220.19122655X-RAY DIFFRACTION100
3.7047-4.66440.1851390.14952658X-RAY DIFFRACTION100
4.6644-28.86740.17331440.15122707X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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