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- PDB-5ihu: Crystal structure of bovine Fab B11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihu
タイトルCrystal structure of bovine Fab B11
要素
  • bovine Fab B11 heavy chain
  • bovine Fab B11 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody fab ultralong CDRH3
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Stanfield, R. / Wilson, I.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2016
タイトル: Conservation and diversity in the ultralong third heavy-chain complementarity-determining region of bovine antibodies.
著者: Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Smider, V.V.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: bovine Fab B11 light chain
H: bovine Fab B11 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1402
ポリマ－51,1402
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.410, 71.460, 88.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 bovine Fab B11 light chain


分子量: 22548.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3T101*PLUS
#2: 抗体 bovine Fab B11 heavy chain


分子量: 28591.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5% PEG 3000 30% PEG 400 10% glycerol 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→38.9 Å / Num. obs: 28518 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K3D

4k3d


解像度: 2.06→38.89 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 2372 8.32 %
Rwork0.1941 --
obs0.1975 28505 94.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→38.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 0 55 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.854964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.991279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0603-2.10230.43041380.42571462X-RAY DIFFRACTION91
2.1023-2.14810.31251420.30751561X-RAY DIFFRACTION99
2.1481-2.1980.31931400.27311598X-RAY DIFFRACTION99
2.198-2.2530.32021150.30731366X-RAY DIFFRACTION92
2.253-2.31390.2565960.26391024X-RAY DIFFRACTION84
2.3139-2.3820.3081470.25481585X-RAY DIFFRACTION99
2.382-2.45880.32291490.24591586X-RAY DIFFRACTION98
2.4588-2.54670.35671400.26171541X-RAY DIFFRACTION96
2.5467-2.64870.29921410.2511567X-RAY DIFFRACTION97
2.6487-2.76920.24811490.23511601X-RAY DIFFRACTION99
2.7692-2.91510.27551460.22221603X-RAY DIFFRACTION99
2.9151-3.09770.27121420.21911595X-RAY DIFFRACTION99
3.0977-3.33670.22921480.20351611X-RAY DIFFRACTION99
3.3367-3.67230.2681390.18781576X-RAY DIFFRACTION97
3.6723-4.20320.21461430.16731603X-RAY DIFFRACTION97
4.2032-5.29340.15061500.13741624X-RAY DIFFRACTION99
5.2934-38.89720.21321470.16271630X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8143-0.34070.19528.71560.07665.794-0.1956-0.3566-0.55160.82210.08270.53540.3176-0.35550.10130.46520.05470.06880.56710.1040.57812.1383-38.92731.4928
23.91040.15472.52030.3741.01154.65910.2069-0.4728-0.2142-0.0654-0.139-0.25870.3269-0.6803-0.1240.3815-0.05560.0360.37010.01790.482-15.1501-40.63482.3064
33.40390.78310.50959.44470.51476.01620.1780.1036-0.22840.244-0.3361-1.04390.12640.21790.19090.2513-0.0062-0.0080.25910.0270.5509-12.4909-42.0543-4.4291
43.49050.1772.7236.084-0.57485.6829-0.0794-0.43680.08430.87460.12980.3284-0.597-0.411-0.02550.47320.09540.0730.52-0.02120.2717-0.2587-17.372826.5458
55.175-3.39662.49235.0277-3.08986.5682-0.9447-0.21631.07351.0487-0.09830.1014-1.70870.25741.05731.58580.0194-0.2330.91180.04620.994621.0648-33.300658.5048
63.89811.51722.80052.00761.73084.91720.0981-0.0822-0.09390.16560.03870.28870.5685-0.0321-0.09180.35650.08850.10340.2530.02370.3949-12.8294-28.79679.8775
77.3379-0.2298-0.45366.4790.55614.6031-0.2366-0.2443-0.51350.4039-0.06530.78470.4058-0.1520.24470.347-0.00650.04160.27270.08640.367-21.282-29.21565.337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 3 through 102 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 103 through 128 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 129 through 211 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 101 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 150 through 200 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 201 through 270 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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