PDB-4k3e: Crystal structure of bovine antibody BLV5B8 with ultralong CDR H3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k3e

タイトル

Crystal structure of bovine antibody BLV5B8 with ultralong CDR H3

要素

BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN
BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / CYSTINE KNOT / IMMUNE RECOGNITION

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ekiert, D.C. / Wang, F. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Reshaping antibody diversity.
著者: Wang, F. / Ekiert, D.C. / Ahmad, I. / Yu, W. / Zhang, Y. / Bazirgan, O. / Torkamani, A. / Raudsepp, T. / Mwangi, W. / Criscitiello, M.F. / Wilson, I.A. / Schultz, P.G. / Smider, V.V.

履歴

登録	2013年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 2.0	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k3e.cif.gz	375.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k3e.ent.gz	308.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k3e_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k3e_full_validation.pdf.gz	471 KB	表示
XML形式データ	4k3e_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	4k3e_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k3dSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e99-d 5ihu-d 6e8v-8 5tdy-d 6sne-1 6e9i-2 5kzq-d 6e8v-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

H: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

L: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

I: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

M: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

L: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

M: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.612, 53.745, 330.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN 分子量: 29146.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: IGH / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体	BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN / IGL@ protein 分子量: 22531.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: IGL, IGL@ / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q3T101
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	DUE TO THE UNUSUAL LENGTH OF THE CDR H3 LOOP, ADDITIONAL CDR H3 RESIDUES BEYOND KABAT POSITION 100Z ...DUE TO THE UNUSUAL LENGTH OF THE CDR H3 LOOP, ADDITIONAL CDR H3 RESIDUES BEYOND KABAT POSITION 100Z WERE ACCOMMODATED AT POSITIONS 101 AND 102. THESE SEQUENCES REFER TO ANTIBODY CHAINS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M di-sodium tartrate and 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49527 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.45 / % possible all: 75.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K3D

4k3d

解像度: 2.2→48.307 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2398	2525	5.13 %	RANDOM
R_work	0.2024	-	-	-
obs	0.2043	49253	96.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.307 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7003	0	10	507	7520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7331
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	9997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.916	2593
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1168
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2423	0.3135	95	0.2534	1857	X-RAY DIFFRACTION	70
2.2423-2.2881	0.28	117	0.2614	2290	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2881-2.3378	0.3127	148	0.2631	2508	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3378-2.3922	0.256	128	0.2529	2570	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3922-2.452	0.2958	149	0.2528	2570	X-RAY DIFFRACTION	98
2.452-2.5183	0.2853	153	0.2483	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5183-2.5924	0.2604	144	0.2465	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5924-2.6761	0.2948	149	0.2382	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6761-2.7717	0.299	128	0.2353	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7717-2.8827	0.2598	145	0.2298	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8827-3.0139	0.2925	152	0.226	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0139-3.1728	0.2901	147	0.2294	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1728-3.3715	0.2672	144	0.2098	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3715-3.6317	0.228	156	0.1983	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6317-3.997	0.2021	123	0.1777	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.997-4.575	0.2021	154	0.1524	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.575-5.7626	0.176	139	0.1493	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7626-48.3181	0.208	154	0.2023	2907	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0502	-0.1118	-0.0608	0.1695	0.0019	0.1352	-0.0822	0.4507	-0.1747	-0.0815	-0.2715	0.062	-0.3632	0.6467	-0.2554	0.3522	-0.22	0.1534	0.7131	0.0468	-0.3273	-8.7032	0.8566	15.4163
2	0.0102	-0.002	0.0088	0.0039	0.0064	0.0086	-0.0683	-0.0634	0.0312	0.3113	0.0364	0.1265	0.0742	0.1326	-0.0001	0.5262	0.072	0.0486	0.2559	0.035	0.2176	-33.6458	6.886	-18.5481
3	0.0085	0.0082	0.0304	0.0169	-0.0452	0.1281	-0.0379	0.0598	-0.0786	-0.2163	-0.0597	-0.0447	-0.0401	0.1085	-0.0546	0.4528	0.0053	-0.0341	0.5488	-0.0805	0.1682	-14.8866	-4.3773	9.1312
4	0.135	0.0269	-0.0387	0.0796	-0.0395	0.1046	0.0095	-0.0837	-0.1689	0.0477	0.0369	-0.0356	-0.091	0.0913	-0	0.2762	-0.0672	0.002	0.2026	0.027	0.3145	-3.9282	-21.6905	38.4941
5	0.029	0.041	0.0049	0.0378	-0.0047	0.0213	0.0198	0.1627	-0.1883	-0.0674	0.0662	0.1116	0.1576	-0.0266	-0.0001	0.5209	-0.0211	-0.1313	0.3839	-0.0643	0.3598	-26.9714	-11.8211	12.2054
6	0.466	0.1341	-0.1315	0.1646	-0.0386	0.1526	0.0407	0.1188	-0.386	-0.195	0.0288	0.1755	0.0555	0.2547	-0.0615	0.3031	-0.0642	-0.1377	0.1399	-0.1307	0.2429	-21.0855	-18.4365	24.5488
7	0.0958	-0.0173	-0.02	0.0826	0.0076	0.0223	-0.0292	-0.0801	-0.0783	0.0341	-0.073	0.2734	-0.1186	0.0713	-0.0001	0.2197	-0.046	-0.0285	0.1934	0.0342	0.3098	-18.3469	-24.5054	47.0351
8	0.0633	0.0504	0.0392	0.1472	-0.025	0.1057	-0.053	-0.3377	0.1867	0.0309	0.0688	0.1041	-0.0832	0.1816	-0.0031	0.2794	-0.0136	0.0669	0.4416	-0.037	0.2452	-12.1864	2.4938	68.1255
9	0.0176	-0.0177	-0.0008	0.0132	0.0082	0.0181	-0.0256	0.0952	-0.091	-0.1216	-0.0134	-0.0589	-0.0292	-0.0467	-0	0.3324	0.0333	0.0302	0.5085	0.0104	0.352	-8.5905	-21.7941	103.426
10	0.0644	0.0316	0.0298	0.0502	0.0313	0.0296	-0.1222	-0.1914	0.117	0.021	-0.0684	-0.0527	0.0214	0.0121	-0.0071	0.2447	-0.0178	0.0565	0.3624	0.0625	0.2041	-16.2932	-1.0916	64.6287
11	0.096	0.0624	0.0076	0.1937	0.0489	0.224	-0.0545	0.0778	0.0776	-0.0289	-0.2502	0.0917	-0.2284	0.0662	-0.0537	0.1651	-0.0568	0.012	0.2489	0.0276	0.3229	-33.7568	9.2353	43.8309
12	0.0263	0.0263	-0.0087	0.0504	0.023	0.0382	-0.0555	-0.1101	-0.1317	0.2404	-0.0287	0.186	0.1388	0.1581	0	0.3873	0.0086	0.0783	0.4504	0.1422	0.417	-25.7982	-15.2071	69.3835
13	0.0728	0.0402	-0.0242	0.4441	0.1987	0.1901	-0.0669	-0.1319	-0.0866	-0.0182	-0.004	0.1209	0.0464	0.0493	-0.1935	0.2187	-0.0341	0.0908	0.2753	0.102	0.3235	-31.3742	-9.2514	57.8517
14	0.0998	0.0123	-0.0184	0.0944	0.0715	0.0458	-0.0313	-0.0485	-0.0739	-0.125	0.0581	-0.0803	-0.0494	0.02	-0	0.2636	-0.0729	0.0143	0.2023	0.0354	0.3405	-36.2603	-4.8429	34.7183

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and ( resid 2 through 100B )	H	2 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and ( resid 100C through 101M )	H	100 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and ( resid 101N through 109 )	H	101 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and ( resid 110 through 215 )	H	110 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and ( resid 2 through 48 )	L	2 - 48
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and ( resid 49 through 150 )	L	49 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and ( resid 151 through 212 )	L	151 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'I' and ( resid 2 through 100B )	I	2 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and ( resid 100C through 101M )	I	100 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'I' and ( resid 101N through 119 )	I	101 - 119
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and ( resid 120 through 215 )	I	120 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'M' and ( resid 3 through 48 )	M	3 - 48
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'M' and ( resid 49 through 150 )	M	49 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'M' and ( resid 151 through 211 )	M	151 - 211

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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