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- PDB-6om1: Crystal structure of an atypical integrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6om1
タイトルCrystal structure of an atypical integrin
要素
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Integrin / TGF-beta activation
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) ...ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / placenta blood vessel development / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / hard palate development / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / cartilage development / filopodium membrane / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / Molecules associated with elastic fibres / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / positive regulation of osteoblast proliferation / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of intracellular signal transduction / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / voltage-gated calcium channel activity / specific granule membrane / coreceptor activity / phagocytic vesicle / ERK1 and ERK2 cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of cell adhesion / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cell-cell adhesion / calcium ion transmembrane transport / response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / cell migration / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protease binding / angiogenesis / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Integrin domains. Chain A, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Teneurin-like EGF domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit ...Integrin domains. Chain A, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Teneurin-like EGF domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-V / Integrin beta-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Wang, J.C. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)NIH grant AR-067288 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: General structural features that regulate integrin affinity revealed by atypical alpha V beta 8.
著者: Wang, J. / Su, Y. / Iacob, R.E. / Engen, J.R. / Springer, T.A.
履歴
登録2019年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-8
C: Integrin alpha-V
D: Integrin beta-8
E: Integrin alpha-V
F: Integrin beta-8
G: Integrin alpha-V
H: Integrin beta-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,64886
ポリマ－465,6018
非ポリマー23,04778
水7,764431
1
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,52721
ポリマ－116,4002
非ポリマー6,12719
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint62 kcal/mol
Surface area42710 Å2
手法PISA
2
C: Integrin alpha-V
D: Integrin beta-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,95921
ポリマ－116,4002
非ポリマー5,55919
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint52 kcal/mol
Surface area40740 Å2
手法PISA
3
E: Integrin alpha-V
F: Integrin beta-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,99721
ポリマ－116,4002
非ポリマー5,59719
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10970 Å2
ΔGint54 kcal/mol
Surface area40950 Å2
手法PISA
4
G: Integrin alpha-V
H: Integrin beta-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,16523
ポリマ－116,4002
非ポリマー5,76521
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint64 kcal/mol
Surface area42120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.240, 55.070, 175.070
Angle α, β, γ (deg.)90.37, 107.00, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Integrin alpha-V / Vitronectin receptor / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 65738.719 Da / 分子数: 4 / 変異: M400GC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA, VTNR / プラスミド: pcDNA3.1 / 詳細 (発現宿主): Hygromycin resistance / 細胞株 (発現宿主): HEK293s Gnt1 -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質
Integrin beta-8


分子量: 50661.445 Da / 分子数: 4 / 変異: V301C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26012

-
糖 , 8種, 37分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 472分子

#11: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#12: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#13: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.7, 12% PEG 20000 / PH範囲: 6.3 - 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→48.072 Å / Num. obs: 141394 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 5.87
反射 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 10550 / CC1/2: 0.199 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UM9

4um9


解像度: 2.66→48.072 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3.18 / 位相誤差: 39.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 1964 1.39 %
Rwork0.2477 --
obs0.2486 141394 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→48.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29839 0 318 431 30588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00330864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73641945
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.04818420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6601-2.7320.47721450.427410853X-RAY DIFFRACTION96
2.732-2.81240.41631440.406410898X-RAY DIFFRACTION96
2.8124-2.90310.33991450.376610983X-RAY DIFFRACTION96
2.9031-3.00690.38031460.349410798X-RAY DIFFRACTION96
3.0069-3.12720.36791420.327910911X-RAY DIFFRACTION96
3.1272-3.26950.36921440.31410839X-RAY DIFFRACTION95
3.2695-3.44170.32211460.295410774X-RAY DIFFRACTION94
3.4417-3.65720.33781430.279410490X-RAY DIFFRACTION92
3.6572-3.93940.28311430.253210467X-RAY DIFFRACTION92
3.9394-4.33540.24851400.221110444X-RAY DIFFRACTION92
4.3354-4.96180.23251420.190510657X-RAY DIFFRACTION93
4.9618-6.24750.23451460.20910699X-RAY DIFFRACTION94
6.2475-40.05120.24441480.213110670X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3987-0.28560.48561.9728-0.08673.11020.09970.0126-0.06130.2599-0.0107-0.06890.32130.0531-0.11340.6861-0.0699-0.24080.57-0.06560.4731-21.8895-15.35274.9324
24.3573-0.12333.01691.717-0.09824.76830.3317-0.2546-0.3571-0.31610.31050.52040.5275-1.0258-0.63521.286-0.1042-0.49511.06370.0590.8227-43.0864-26.3445-41.0364
37.1053-0.6188-0.84418.2616-0.20862.0791-0.7534-0.11240.5853-0.58570.28390.6097-0.2684-0.37510.51921.17530.064-0.26241.68530.08531.1432-65.32092.98844.6402
42.6946-1.0399-1.19883.1641-0.76531.5083-0.2088-0.85090.42871.11850.15170.0496-0.0316-0.38790.05541.081-0.0551-0.13721.1187-0.20520.5979-45.354-2.712127.3338
52.2778-0.27251.05161.8227-0.53522.68490.01780.08-0.054-0.11760.0471-0.1630.03650.0616-0.05460.8011-0.1043-0.23160.5356-0.10990.4795-0.652110.0976-34.7026
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74.36810.728-2.81085.67810.69552.1557-0.67750.4096-0.2251-0.8470.68390.21090.95210.6879-0.0331.78790.0126-0.14681.7192-0.4321.41520.5532-10.9115-70.2847
85.4567-0.6688-1.65546.33860.28962.8733-0.10360.0813-0.49240.14450.064-1.17850.61721.20810.04950.84370.1549-0.17941.0703-0.17290.868429.598-4.5783-43.3059
92.36590.35851.66072.20450.25944.65460.2487-0.56960.06720.1133-0.20470.02390.5315-0.7561-0.0190.8897-0.0747-0.32560.8309-0.17280.647231.13973.932623.7781
101.03040.43630.76821.4644-0.50192.76490.17340.9009-1.38560.03520.7694-0.81480.19441.1658-0.94011.809-0.161-0.63061.4657-0.47071.32153.8689-7.939269.5724
112.5412-1.745-0.95152.9423-0.26020.8359-0.5376-0.43650.98610.64610.4218-0.656-0.05950.1510.17021.3211-0.2804-0.40951.6738-0.45551.725569.035330.054628.9808
125.49892.078-2.69576.7174-0.34733.44330.09090.42950.7288-0.8863-0.14390.0648-0.23230.21120.04920.82460.0859-0.24190.711-0.04060.727852.031123.67714.0847
132.26080.22861.20831.70850.39581.7922-0.38940.1382-0.02740.13390.01930.1271-0.64490.307-0.17291.50640.0045-0.53430.7707-0.12320.523110.5996-10.668663.3386
141.63670.25131.52150.6331-0.1491.6559-0.7089-0.48410.34570.21410.403-0.062-0.7815-0.16460.01712.21880.2461-0.821.3008-0.20231.005737.82411.9679106.9685
151.21350.0634-0.93215.39841.01651.068-0.3545-0.3568-0.10150.93460.4748-0.10580.56110.2607-0.1271.89920.32720.12161.80710.27621.4615-5.1568-37.446997.8647
164.2790.881-1.80896.4086-2.54073.4687-0.27170.1034-0.3895-0.21480.11791.09690.0305-0.67590.14940.98590.1696-0.24740.8593-0.28441.0735-17.4294-30.10569.8659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:438 )A1 - 438
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 439:594 )A439 - 594
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 66:101 OR RESID 345:420 ) )B66 - 101
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 66:101 OR RESID 345:420 ) )B345 - 420
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 102:344 )B102 - 344
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 1:438 )C1 - 438
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 439:594 )C439 - 594
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND ( RESID 73:101 OR RESID 345:419 ) )D73 - 101
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND ( RESID 73:101 OR RESID 345:419 ) )D345 - 419
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 102:344 )D102 - 344
11X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 1:438 )E1 - 438
12X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 439:594 )E439 - 594
13X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND ( RESID 73:101 OR RESID 345:422 ) )F73 - 101
14X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND ( RESID 73:101 OR RESID 345:422 ) )F345 - 422
15X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN F AND RESID 102:344 )F102 - 344
16X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN G AND RESID 1:438 )G1 - 438
17X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN G AND RESID 439:594 )G439 - 594
18X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN H AND ( RESID 73:101 OR RESID 345:422 ) )H73 - 101
19X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN H AND ( RESID 73:101 OR RESID 345:422 ) )H345 - 422
20X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN H AND RESID 102:344 )H102 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る