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万見
- EMDB-20221: nhTMEM16 L302A +Ca2+ in nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20221
タイトルnhTMEM16 L302A +Ca2+ in nanodiscs
マップデータFinal EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with C2 symmetry. Used for model buidling.
試料
  • 複合体: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
    • タンパク質・ペプチド: nhTMEM16
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードTMEM16 / scramblase / lipid transport / anoactamin
機能・相同性
機能・相同性情報


cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-beta plait domain in TMEM16 lipid scramblase / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma membrane channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nectria haematococca mpVI (菌類) / Nectria haematococca (strain 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Falzone M / Lee BC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM106717 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Dynamic modulation of the lipid translocation groove generates a conductive ion channel in Ca-bound nhTMEM16.
著者: George Khelashvili / Maria E Falzone / Xiaolu Cheng / Byoung-Cheol Lee / Alessio Accardi / Harel Weinstein /
要旨: Both lipid and ion translocation by Ca-regulated TMEM16 transmembrane proteins utilizes a membrane-exposed hydrophilic groove. Several conformations of the groove are observed in TMEM16 protein ...Both lipid and ion translocation by Ca-regulated TMEM16 transmembrane proteins utilizes a membrane-exposed hydrophilic groove. Several conformations of the groove are observed in TMEM16 protein structures, but how these conformations form, and what functions they support, remains unknown. From analyses of atomistic molecular dynamics simulations of Ca-bound nhTMEM16 we find that the mechanism of a conformational transition of the groove from membrane-exposed to occluded from the membrane involves the repositioning of transmembrane helix 4 (TM4) following its disengagement from a TM3/TM4 interaction interface. Residue L302 is a key element in the hydrophobic TM3/TM4 interaction patch that braces the open-groove conformation, which should be changed by an L302A mutation. The structure of the L302A mutant determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reveals a partially closed groove that could translocate ions, but not lipids. This is corroborated with functional assays showing severely impaired lipid scrambling, but robust channel activity by L302A.
履歴
登録2019年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2019年11月6日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0236
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0236
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6oy3
  • 表面レベル: 0.0236
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20221.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with C2 symmetry. Used for model buidling.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.602 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.602 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.602 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0961 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0236 / ムービー #1: 0.0236
最小 - 最大-0.13025297 - 0.17961413
平均 (標準偏差)0.000010987753 (±0.004067377)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 280.6016 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.09610156251.09610156251.0961015625
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.602280.602280.602
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1300.1800.000

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添付データ

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追加マップ: Final EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with...

ファイルemd_20221_additional_1.map
注釈Final EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with C1 symmetry. Used to analyze effects of nhTMEM16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unfiltered map from refinement of the nhTMEM16 L302A/nanodisc....

ファイルemd_20221_additional_2.map
注釈Unfiltered map from refinement of the nhTMEM16 L302A/nanodisc. Used to assist model building.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+

全体名称: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
要素
  • 複合体: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
    • タンパク質・ペプチド: nhTMEM16
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+

超分子名称: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Nectria haematococca mpVI (菌類)
分子量理論値: 166 kDa/nm

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分子 #1: nhTMEM16

分子名称: nhTMEM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nectria haematococca (strain 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI) (菌類)
株: 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI
分子量理論値: 83.15793 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSNLKDFSQP GSGQESNFGV DFVIHYKVPA AERDEAEAGF VQLIRALTTV GLATEVRHGE NESLLVFVKV ASPDLFAKQV YRARLGDWL HGVRVSAPHN DIAQALQDEP VVEAERLRLI YLMITKPHNE GGAGVTPTNA KWKHVESIFP LHSHSFNKEW I KKWSSKYT ...文字列:
MSNLKDFSQP GSGQESNFGV DFVIHYKVPA AERDEAEAGF VQLIRALTTV GLATEVRHGE NESLLVFVKV ASPDLFAKQV YRARLGDWL HGVRVSAPHN DIAQALQDEP VVEAERLRLI YLMITKPHNE GGAGVTPTNA KWKHVESIFP LHSHSFNKEW I KKWSSKYT LEQTDIDNIR DKFGESVAFY FAFLRSYFRF LVIPSAFGFG AWLLLGQFSY LYALLCGLWS VVFFEYWKKQ EV DLAVQWG VRGVSSIQQS RPEFEWEHEA EDPITGEPVK VYPPMKRVKT QLLQIPFALA CVVAAGALIV TCNSLEVFIN EVY SGPGKQ YLGFLPTIFL VIGTPTISGV LMGAAEKLNA MENYATVDAH DAALIQKQFV LNFMTSYMAL FFTAFVYIPF GHIL HPFLN FWRATAQTLT FSEKELPTRE FQINPARISN QMFYFTVTAQ IVNFATEVVV PYIKQQAFQK AKQLKSGSKV QEDHE EEAE FLQRVREECT LEEYDVSGDY REMVMQFGYV AMFSVAWPLA ACCFLVNNWV ELRSDALKIA ISSRRPIPWR TDSIGP WLT ALSFLSWLGS ITSSAIVYLC SNSKNGTQGE ASPLKAWGLL LSILFAEHFY LVVQLAVRFV LSKLDSPGLQ KERKERF QT KKRLLQENLG QDAAEEAAAP GIEHSEKITR EALEEEARQA SIRGHGTPEE MFWQRQRGMQ ETIEIGRRMI EQQLAAGK N GKKSAPAVPS EKAS

UniProtKB: Plasma membrane channel protein

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 70.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4wis

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 47243
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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