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- PDB-6okq: Crystal structure of the SF12 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6okq
タイトルCrystal structure of the SF12 Fab
要素
  • SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain
  • SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 broadly-neutralizing antibody / Fab structure / silent face / Envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Barnes, C.O. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI100148 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50 GM082545-06 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Broad and Potent Neutralizing Antibodies Recognize the Silent Face of the HIV Envelope.
著者: Till Schoofs / Christopher O Barnes / Nina Suh-Toma / Jovana Golijanin / Philipp Schommers / Henning Gruell / Anthony P West / Franziska Bach / Yu Erica Lee / Lilian Nogueira / Ivelin S ...著者: Till Schoofs / Christopher O Barnes / Nina Suh-Toma / Jovana Golijanin / Philipp Schommers / Henning Gruell / Anthony P West / Franziska Bach / Yu Erica Lee / Lilian Nogueira / Ivelin S Georgiev / Robert T Bailer / Julie Czartoski / John R Mascola / Michael S Seaman / M Juliana McElrath / Nicole A Doria-Rose / Florian Klein / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 envelope (Env) inform vaccine design and are potential therapeutic agents. We identified SF12 and related bNAbs with up to 62% neutralization ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 envelope (Env) inform vaccine design and are potential therapeutic agents. We identified SF12 and related bNAbs with up to 62% neutralization breadth from an HIV-infected donor. SF12 recognized a glycan-dominated epitope on Env's silent face and was potent against clade AE viruses, which are poorly covered by V3-glycan bNAbs. A 3.3Å cryo-EM structure of a SF12-Env trimer complex showed additional contacts to Env protein residues by SF12 compared with VRC-PG05, the only other known donor-derived silentface antibody, explaining SF12's increased neutralization breadth, potency, and resistance to Env mutation routes. Asymmetric binding of SF12 was associated with distinct N-glycan conformations across Env protomers, demonstrating intra-Env glycan heterogeneity. Administrating SF12 to HIV-1-infected humanized mice suppressed viremia and selected for viruses lacking the N448 glycan. Effective bNAbs can therefore be raised against HIV-1 Env's silent face, suggesting their potential for HIV-1 prevention, therapy, and vaccine development.
履歴
登録2019年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain
B: SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain
C: SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain
D: SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain
E: SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain
F: SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7936
ポリマ－147,7936
非ポリマー00
水00
1
A: SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain
B: SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2642
ポリマ－49,2642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
2
C: SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain
D: SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2642
ポリマ－49,2642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
3
E: SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain
F: SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2642
ポリマ－49,2642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.018, 223.018, 288.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: 抗体 SF12 Fab Heavy Chain,SF12 Fab Heavy Chain


分子量: 26155.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 抗体 SF12 Fab Light Chain,SF12 Fab Light Chain


分子量: 23108.842 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→39.28 Å / Num. obs: 70865 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 60.4 % / Biso Wilson estimate: 81.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 56.8 % / Rmerge(I) obs: 2.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4473 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3219: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U6A

1u6a


解像度: 3.2→39.25 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 3451 4.95 %
Rwork0.273 --
obs0.275 69737 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10056 0 0 0 10056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41414049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7786162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.24380.58311390.55872549X-RAY DIFFRACTION98
3.2438-3.29020.50861180.532587X-RAY DIFFRACTION99
3.2902-3.33920.53231350.49082629X-RAY DIFFRACTION99
3.3392-3.39140.52171380.49112597X-RAY DIFFRACTION100
3.3914-3.4470.50441420.47852598X-RAY DIFFRACTION100
3.447-3.50640.48791270.44442616X-RAY DIFFRACTION99
3.5064-3.57010.48391390.43242607X-RAY DIFFRACTION99
3.5701-3.63870.41811340.382613X-RAY DIFFRACTION100
3.6387-3.71290.40381660.37392613X-RAY DIFFRACTION100
3.7129-3.79360.35871280.34722621X-RAY DIFFRACTION99
3.7936-3.88180.33981290.31592625X-RAY DIFFRACTION100
3.8818-3.97870.29381440.30682639X-RAY DIFFRACTION100
3.9787-4.08620.27831230.27632643X-RAY DIFFRACTION100
4.0862-4.20630.25851520.27172638X-RAY DIFFRACTION100
4.2063-4.34190.2521440.25192627X-RAY DIFFRACTION100
4.3419-4.49690.29691140.21982670X-RAY DIFFRACTION100
4.4969-4.67670.23241360.22232630X-RAY DIFFRACTION99
4.6767-4.88910.27541400.21872657X-RAY DIFFRACTION100
4.8891-5.14640.27631530.22762660X-RAY DIFFRACTION100
5.1464-5.4680.27881510.23372667X-RAY DIFFRACTION100
5.468-5.88890.26411330.23942703X-RAY DIFFRACTION100
5.8889-6.47910.26961360.25052694X-RAY DIFFRACTION100
6.4791-7.41120.28331230.2532737X-RAY DIFFRACTION100
7.4112-9.31670.20991460.21592772X-RAY DIFFRACTION100
9.3167-39.24760.25911610.22692894X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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