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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ncp | |||||||||
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Title | Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody ACS202 | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / HIV / envelope glycoprotein / fusion peptide | |||||||||
Function / homology | ![]() Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yuan, M. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Conformational Plasticity in the HIV-1 Fusion Peptide Facilitates Recognition by Broadly Neutralizing Antibodies. Authors: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / ...Authors: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson / ![]() ![]() Abstract: The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as ...The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as a site of vulnerability. We delineate X-ray and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of bnAb ACS202, from an HIV-infected elite neutralizer, with an FP and with a soluble Env trimer (AMC011 SOSIP.v4.2) derived from the same patient. We show that ACS202 CDRH3 forms a "β strand" interaction with the exposed hydrophobic FP and recognizes a continuous region of gp120, including a conserved N-linked glycan at N88. A cryo-EM structure of another previously identified bnAb VRC34.01 with AMC011 SOSIP.v4.2 shows that it also penetrates through glycans to target the FP. We further demonstrate that the FP can twist and present different conformations for recognition by bnAbs, which enables approach to Env from diverse angles. The variable recognition of FP by bnAbs thus provides insights for vaccine design. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 356 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 292.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 0433C ![]() 0434C ![]() 6nc2C ![]() 6nc3C ![]() 4zykS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
-Protein/peptide , 2 types, 2 molecules EF
#3: Protein/peptide | Mass: 846.025 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) / References: UniProt: P04578*PLUS |
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#4: Protein/peptide | Mass: 708.749 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Antibody , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Antibody | Mass: 25295.486 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23470.197 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 3 types, 64 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GLY / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.7 / Details: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine, pH8.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 23, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.76→58.31 Å / Num. obs: 30474 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 59.14 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 5.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.76→2.81 Å / Redundancy: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 1555 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.47 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ZYK Resolution: 2.76→58.3 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.39 Å2 / Biso mean: 64.8227 Å2 / Biso min: 20.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.76→58.3 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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