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- PDB-6oh4: X-ray crystal structure of the mouse CMP-sialic acid transporter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oh4
タイトルX-ray crystal structure of the mouse CMP-sialic acid transporter in complex with CMP, by hanging drop vapor diffusion
要素CMP-sialic acid transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / drug/metabolite transporter / nucleotide-sugar / sialic acid / glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transporter activity / CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transport / Transport of nucleotide sugars / Sialic acid metabolism / N-acetylneuraminate metabolic process / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / antiporter activity / Golgi membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleotide-sugar transporter / Nucleotide-sugar transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP-sialic acid transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Ahuja, S. / Whorton, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM130909 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural basis for mammalian nucleotide sugar transport.
著者: Ahuja, S. / Whorton, M.R.
履歴
登録2019年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP-sialic acid transporter
B: CMP-sialic acid transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6364
ポリマ－74,9902
非ポリマー6462
水00
1
A: CMP-sialic acid transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8182
ポリマ－37,4951
非ポリマー3231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CMP-sialic acid transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8182
ポリマ－37,4951
非ポリマー3231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.820, 193.960, 66.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 317 / Label seq-ID: 15 - 317

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The authors state that there are no biologically relevant macromolecular assemblies in this structure.

-
要素

#1: タンパク質 CMP-sialic acid transporter / CMP-Sia-Tr / Solute carrier family 35 member A1


分子量: 37494.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc35a1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168H / 参照: UniProt: Q61420
#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25.6-26.8% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, and 0.1 M magnesium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→49 Å / Num. obs: 11456 / % possible obs: 67.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.38→3.5 Å / Num. unique obs: 51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.38→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.761 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.691 / SU B: 53.451 / SU ML: 0.765 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.79 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32106 573 4.8 %RANDOM
Rwork0.28942 ---
obs0.29094 11456 67.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 143.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å20.84 Å2
2---1.5 Å2-0 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.38→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4460 0 42 0 4502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.024590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0111.9866271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83310243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62722.913127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64515722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.3881510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.55914.8572388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.55914.8562387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.06422.272978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.06322.2712979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.10514.9692202
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.10314.9722198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.60722.4213288
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.4925230
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.4935231
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19128 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.384→3.472 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.14 2 -
Rwork0.335 51 -
obs--3.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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