PDB-6oh3: X-ray crystal structure of the mouse CMP-sialic acid transporter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oh3

タイトル

X-ray crystal structure of the mouse CMP-sialic acid transporter in complex with CMP-sialic acid, by lipidic cubic phase

要素

CMP-sialic acid transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / drug/metabolite transporter / nucleotide-sugar / sialic acid / glycosylation

機能・相同性

機能・相同性情報

CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transporter activity / CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transport / Transport of nucleotide sugars / Sialic acid metabolism / N-acetylneuraminate metabolic process / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / antiporter activity / Golgi membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Ahuja, S. / Whorton, M.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural basis for mammalian nucleotide sugar transport.
著者: Ahuja, S. / Whorton, M.R.

履歴

登録	2019年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oh3.cif.gz	71.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oh3.ent.gz	51.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oh3_validation.pdf.gz	735.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oh3_full_validation.pdf.gz	737.8 KB	表示
XML形式データ	6oh3_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	6oh3_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6oh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6oh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oh2C 6oh4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lvy-2 6e8l-1 6oh4-2 4zyo-d 5csm-d 3uyt-1 2xxz-1 6oh4-1 2iy1-1 5f23-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CMP-sialic acid transporter

ヘテロ分子

36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.096, 50.123, 50.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CMP-sialic acid transporter / CMP-Sia-Tr / Solute carrier family 35 member A1 分子量: 35852.055 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc35a1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168H / 参照: UniProt: Q61420
#2: 化合物	ChemComp-NCC / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-5-N-ACETYLNEURAMINIC ACID 分子量: 614.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₁N₄O₁₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 28.05% PEG 350 MME, 40 mM Tris pH 8.0, and 40 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→48 Å / Num. obs: 8305 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / Num. unique obs: 561

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 27.572 / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.41 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27923	403	4.6 %	RANDOM
R_work	0.25627	-	-	-
obs	0.25718	8305	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	-0 Å²	-1.83 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.75→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2244	0	41	3	2288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.03	1.994	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.81	3	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.813	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.454	23.281	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.358	15	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	2.412	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.442	8.049	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.443	8.048	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.448	12.071	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.447	12.073	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.502	8.18	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.502	8.179	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.57	12.228	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.455	98.612	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.455	98.594	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.753→2.825 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	29	-
R_work	0.379	598	-
obs	-	-	99.05 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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