PDB-6ofy: Crystal Structure of Arachidonic Acid bound to V349I murine COX-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ofy

タイトル

Crystal Structure of Arachidonic Acid bound to V349I murine COX-2

要素

Prostaglandin G/H synthase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Arachidonic Acid Cyclooxygenase Prostaglandin Endoperoxide Synthase / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Malkowski, M.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Arg-513 and Leu-531 Are Key Residues Governing Time-Dependent Inhibition of Cyclooxygenase-2 by Aspirin and Celebrex.
著者: Dong, L. / Anderson, A.J. / Malkowski, M.G.

履歴

登録	2019年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ofy.cif.gz	474.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ofy.ent.gz	385.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ofy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ofy_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ofy_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6ofy_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	6ofy_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3hs5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rry-2 5cox-1 5ikv-d 1cx2-2 3hs7-d 4otj-1 4fm5-2 1ht8-d 4m10-2 5fdq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (15) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin G/H synthase 2

B: Prostaglandin G/H synthase 2

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, COX-2 is known to run as a dimer on a gel filtration column; detergent requirement for solubilization increases MW of peak fraction.

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.150, 135.100, 182.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein 分子量: 63612.586 Da / 分子数: 2 / 変異: V350I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pFastBac-1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

#1: タンパク質

Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...

分子量: 63612.586 Da / 分子数: 2 / 変異: V350I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pFastBac-1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 2種, 9分子

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 723分子

#3: 化合物	ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO 分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂CoN₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸分子量: 72.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸分子量: 304.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Polyacrylic Acid 5100 HEPES, pH 7.5 magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9777 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→42.294 Å / Num. obs: 77261 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 31.12 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.0676 / Net I/σ(I): 6.87
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.381 / Num. unique obs: 7662 / CC_1/2: 0.791 / % possible all: 99.87

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HS5 molecule A

3hs5

解像度: 2.2→42.294 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2049	3762	4.87 %
R_work	0.1615	-	-
obs	0.1636	77191	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.294 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8730	0	266	718	9714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.931	12711
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.079	7428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2278	0.3186	109	0.2441	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2278-2.2572	0.2863	160	0.2312	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2572-2.2881	0.2936	130	0.2184	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2881-2.3208	0.3158	153	0.2111	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3208-2.3554	0.2836	138	0.2097	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3554-2.3922	0.2578	150	0.1965	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3922-2.4314	0.2399	126	0.195	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4314-2.4733	0.249	129	0.1906	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4733-2.5183	0.2529	132	0.1888	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5183-2.5667	0.2352	142	0.1903	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5667-2.6191	0.2855	143	0.1849	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6191-2.6761	0.2584	169	0.1805	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6761-2.7383	0.2381	157	0.1749	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7383-2.8068	0.2673	147	0.1746	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8068-2.8826	0.2724	111	0.1683	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8826-2.9675	0.1976	151	0.1645	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9675-3.0632	0.2139	167	0.161	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0632-3.1727	0.2205	138	0.1693	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1727-3.2996	0.2133	125	0.1687	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2996-3.4497	0.1945	147	0.159	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4497-3.6315	0.1869	142	0.1427	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6315-3.8589	0.1737	135	0.1354	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8589-4.1566	0.1818	118	0.1318	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1566-4.5745	0.1617	110	0.1246	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5745-5.2354	0.1507	137	0.122	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2354-6.592	0.1482	161	0.1625	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
6.592-42.302	0.1588	135	0.1706	2801	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7122	0.6279	0.3155	0.4323	0.6998	1.6477	-0.0034	0.1055	-0.1466	-0.2208	0.2711	-0.5809	-0.075	0.6821	-0.2734	0.2638	-0.0236	0.1052	0.5443	-0.0895	0.4142	-1.2807	-37.7404	-63.9102
2	1.4697	-1.2672	-1.4102	3.2219	0.6113	2.7635	-0.467	-0.1498	-0.5184	0.3335	0.2586	-0.3412	0.7444	0.2814	0.1873	0.4295	0.1432	0.121	0.4057	-0.0475	0.6089	-14.5492	-63.9844	-65.8979
3	0.9643	0.2926	0.0481	0.837	0.5135	2.0073	-0.0948	0.2682	0.008	-0.2167	0.1116	-0.0682	-0.2356	0.1528	-0.004	0.2025	-0.0232	0.0271	0.2422	-0.0011	0.2103	-23.1151	-35.3363	-69.7858
4	2.5	0.7893	-0.0645	1.1119	0.1176	1.5854	-0.0614	0.3719	0.0746	-0.0292	0.0332	0.3018	0.1226	-0.3672	0.0381	0.1809	-0.0347	0.0242	0.3013	-0.0547	0.2674	-46.2147	-45.6883	-60.4368
5	1.1023	0.2842	-0.4808	1.1074	0.1916	1.8445	-0.12	0.1981	-0.2133	-0.0127	0.0763	-0.106	0.3751	-0.0111	0.0566	0.2072	0.0011	0.0248	0.1835	-0.0566	0.2621	-28.6542	-53.2039	-59.5906
6	4.7103	0.3151	-0.308	2.4176	-2.3444	2.2818	-0.2348	0.629	0.0085	-0.4763	0.2114	0.3866	0.3109	-0.7079	0.0444	0.331	-0.1287	-0.0106	0.6563	-0.0755	0.2906	-46.6563	-50.0663	-80.5519
7	0.9448	0.2861	-0.2572	1.0896	0.1554	1.4607	-0.1025	0.3231	-0.135	-0.2113	0.1027	-0.1214	0.0761	0.1083	0.0082	0.2515	-0.0259	0.0416	0.3091	-0.0674	0.2343	-23.4641	-45.9488	-72.2609
8	1.7897	0.8676	0.5992	1.4427	0.5842	1.5877	0.076	-0.157	-0.4851	0.2375	-0.0042	-0.3444	0.7539	0.2007	-0.0814	0.6168	0.1091	-0.0107	0.304	0.0619	0.4616	-20.159	-61.0214	-29.262
9	2.9226	0.9786	1.1909	0.6154	0.0844	0.9715	0.044	0.191	-0.5418	0.1324	0.081	-0.2974	0.406	0.277	-0.1168	0.3322	0.0948	0.0105	0.2616	-0.0364	0.3401	-18.2315	-49.3307	-36.2414
10	0.5477	0.2141	0.4223	0.6473	0.6174	1.7712	0.1101	-0.2069	-0.0639	0.2805	-0.1027	0.0391	0.4245	-0.1456	-0.0081	0.2706	-0.0227	0.0161	0.2378	0.0156	0.2305	-30.4076	-41.6372	-22.4228
11	0.9558	0.198	-0.1223	1.7859	0.167	1.8151	0.0307	-0.0733	0.1028	0.051	0.0716	-0.0351	-0.1494	0.1354	-0.0893	0.1474	-0.026	0.0124	0.1615	-0.0289	0.2108	-19.4836	-25.8915	-35.2055
12	2.9455	-0.3848	-2.6976	4.6853	-1.3896	3.2491	0.1842	-0.4396	0.3963	0.4218	0.0775	0.0335	-0.3104	0.242	-0.2505	0.3034	-0.0612	0.0268	0.3525	-0.1095	0.2641	-19.9483	-17.4789	-14.9728
13	1.0429	0.2741	-0.0572	0.9126	0.3472	1.552	0.0547	-0.2458	-0.1624	0.2692	0.0131	-0.1165	0.3669	0.1069	-0.0563	0.2875	0.0282	-0.0418	0.2406	0.0099	0.2291	-20.3355	-41.1679	-22.7747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 124 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 125 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 320 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 321 through 391 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 392 through 429 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 430 through 583 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 106 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 107 through 139 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 140 through 209 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 210 through 391 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 392 through 429 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 430 through 583 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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