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- PDB-6oft: The crystal structure of the first half of the periplasmic protea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oft
タイトルThe crystal structure of the first half of the periplasmic protease PqqL from Escherichia coli
要素Probable zinc protease PqqL
キーワードHYDROLASE / Protease / M16 Family / Processing Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / proteolysis / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Probable zinc protease PqqL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grinter, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106077/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2019
タイトル: Protease-associated import systems are widespread in Gram-negative bacteria.
著者: Rhys Grinter / Pok Man Leung / Lakshmi C Wijeyewickrema / Dene Littler / Simone Beckham / Robert N Pike / Daniel Walker / Chris Greening / Trevor Lithgow /
要旨: Bacteria have evolved sophisticated uptake machineries in order to obtain the nutrients required for growth. Gram-negative plant pathogens of the genus Pectobacterium obtain iron from the protein ...Bacteria have evolved sophisticated uptake machineries in order to obtain the nutrients required for growth. Gram-negative plant pathogens of the genus Pectobacterium obtain iron from the protein ferredoxin, which is produced by their plant hosts. This iron-piracy is mediated by the ferredoxin uptake system (Fus), a gene cluster encoding proteins that transport ferredoxin into the bacterial cell and process it proteolytically. In this work we show that gene clusters related to the Fus are widespread in bacterial species. Through structural and biochemical characterisation of the distantly related Fus homologues YddB and PqqL from Escherichia coli, we show that these proteins are analogous to components of the Fus from Pectobacterium. The membrane protein YddB shares common structural features with the outer membrane ferredoxin transporter FusA, including a large extracellular substrate binding site. PqqL is an active protease with an analogous periplasmic localisation and iron-dependent expression to the ferredoxin processing protease FusC. Structural analysis demonstrates that PqqL and FusC share specific features that distinguish them from other members of the M16 protease family. Taken together, these data provide evidence that protease associated import systems analogous to the Fus are widespread in Gram-negative bacteria.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable zinc protease PqqL
B: Probable zinc protease PqqL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8058
ポリマ－108,3602
非ポリマー4456
水7,116395
1
A: Probable zinc protease PqqL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4385
ポリマ－54,1801
非ポリマー2584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable zinc protease PqqL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3673
ポリマ－54,1801
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.070, 84.440, 92.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Probable zinc protease PqqL


分子量: 54179.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: pqqL, yddC, b1494, JW1489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41
参照: UniProt: P31828, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細This domain of PqqL was crystallised by in situ Trypsination of the full-length protein. This was ...This domain of PqqL was crystallised by in situ Trypsination of the full-length protein. This was the sequence of the purified protein that was added to the drop (With a small quantity of Trypsin): AALPQDEKLITGQLDNGLRYMIYPHAHPKDQVNLWLQIHTGSLQEEDNELGVAHFVEHMMFNGTKTWPGNKVIETFESMGLRFGRDVNAYTSYDETVYQVSLPTTQKQNLQQVMAIFSEWSNAATFEKLEVDAERGVITEEWRAHQDAKWRTSQARRPFLLANTRNLDREPIGLMDTVATVTPAQLRQFYQRWYQPNNMTFIVVGDIDSKEALALIKDNLSKLPANKAAENRVWPTKAENHLRFNIINDKENRVNGIALYYRLPMVQVNDEQSFIEQAEWSMLVQLFNQRLQERIQSGELKTISGGTARSVKIAPDYQSLFFRVNARDDNMQDAANALMAELATIDQHGFSAEELDDVKSTRLTWLKNAVDQQAERDLRMLTSRLASSSLNNTPFLSPEETYQLSKRLWQQITVQSLAEKWQQLRKNQDAFWEQMVNNEVAAKKALSPAAILALEKEYANKKLAAYVFPGRNLSLTVDADPQAEISSKETLAENLTSLTLSNGARVILAKSAGEEQKLQIIAVSNKGDLSFPAQQKSLIALANKAVSGSGVGELSSSSLKRWSAENSVTMSSKVSGMNTLLSVSARTNNPEPGFQLINQRITHSTINDNIWASLQNAQIQALKTLDQRPAEKFAQQMYETRYADDRTKLLQENQIAQFTAADALAADRQLFSSPADITFVIVGNVAEDKLVALITRYLGSIKHSDSPLAAGKPLTRATDNASVTVKEQNEPVAQVSQWKRYDSRTPVNLPTRMALDAFNVALAKDLRVNIREQASGAYSVSSRLSVDPQAKDISHLLAFTCQPERHDELLTLANEVMVKRLAKGISEQELNEYQQNVQRSLDIQQRSVQQLANTIVNSLIQYDDPAAWTEQEQLLKQMTVENVNTAVKQYLSHPVNTYTGVLLPKLEHHHHHH The most likely cleavage point for Trypsin is ARG497, meaning the protein in the crystal consists of the first 497 amino acids, minus the first 26 amino acids as reported.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: Diamond Shaped Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M phosphate-citrate buffer, 0.2 M NaCl, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月8日 / 詳細: Yes
放射モノクロメーター: Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→21.36 Å / Num. obs: 71853 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 22.3 % / Biso Wilson estimate: 32.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.348 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 2.009 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4575 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.531 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AMJ

3amj


解像度: 2→21.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3563 4.96 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 71806 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4602 Å20 Å2-1.2585 Å2
2---8.124 Å20 Å2
3---2.6637 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→21.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7593 0 17 398 8008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097762HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0210526HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2767SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1347HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7762HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion999SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9045SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 -5.5 %
Rwork0.2353 1358 -
all0.2344 1437 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5428-0.40320.21880.441-0.10070.6060.01530.0441-0.0561-0.02630.00660.0444-0.0150.0131-0.0219-0.0152-0.02110.0167-0.0556-0.0054-0.072267.069619.402934.9638
21.93640.467-0.99890.3151-0.03020.69080.08430.15260.0262-0.0166-0.00110.0604-0.1623-0.088-0.0832-0.0290.0024-0.0107-0.04470.0401-0.168667.9852-11.081810.7341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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