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万見
- PDB-6ofq: ABC transporter-associated periplasmic binding protein DppA from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ofq
タイトルABC transporter-associated periplasmic binding protein DppA from Helicobacter pylori in complex with peptide STSA
要素
  • Heme-binding protein A / AI-2 binding protein A
  • SER-THR-SER-ALA
キーワードPeriplasmic peptide binding protein / DppA / type II / periplasmic binding protein
機能・相同性Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / Heme-binding protein A / AI-2 binding protein A
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori SS1 (ピロリ菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Rahman, M.M. / Machuca, M.A. / Khan, M.F. / Barlow, C.K. / Schittenhelm, R.B. / Roujeinikova, A.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of Unexpected Specificity of ABC Transporter-Associated Substrate-Binding Protein DppA from Helicobacter pylori.
著者: Rahman, M.M. / Machuca, M.A. / Khan, M.F. / Barlow, C.K. / Schittenhelm, R.B. / Roujeinikova, A.
履歴
登録2019年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme-binding protein A / AI-2 binding protein A
B: SER-THR-SER-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8752
ポリマ－60,8752
非ポリマー00
水15,763875
1
A: Heme-binding protein A / AI-2 binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5111
ポリマ－60,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.120, 75.770, 128.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AS per the authors the biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Heme-binding protein A / AI-2 binding protein A


分子量: 60510.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori SS1 (ピロリ菌)
遺伝子: hbpA, HPYLSS1_00287 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9ISL1
#2: タンパク質・ペプチド SER-THR-SER-ALA


分子量: 364.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 23% PEG 3350, 0.25 M tri-ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→38.92 Å / Num. obs: 95404 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 239729 / Scaling rejects: 92
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Num. measured all: 11020 / Num. unique obs: 4613 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 0.497 / Net I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F1Q

5f1q


解像度: 1.45→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.102 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1751 4656 4.9 %RANDOM
Rwork0.1469 ---
obs0.1483 90711 85.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.37 Å2 / Biso mean: 11.887 Å2 / Biso min: 2.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4146 0 0 875 5021
Biso mean---25.7 -
残基数----516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.024332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1921.965878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11639557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4175532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52924.316190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.46215759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7651516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0214881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021001
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 349 -
Rwork0.239 6650 -
all-6999 -
obs--85.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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