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- PDB-6ofp: Structure of the C-terminal cargo binding domain of human Bicaudal D2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ofp
タイトルStructure of the C-terminal cargo binding domain of human Bicaudal D2
要素Protein bicaudal D homolog 2
キーワードMOTOR PROTEIN / Bicaudal D2 / dynein / dynein adaptor / coiled-coil / registry shift / spinal muscular atrophy / cytoskeletal motor
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule anchoring at microtubule organizing center / minus-end-directed organelle transport along microtubule / annulate lamellae / protein localization to Golgi apparatus / cytoskeletal anchor activity / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / dynein light intermediate chain binding / centrosome localization / microtubule-based movement ...microtubule anchoring at microtubule organizing center / minus-end-directed organelle transport along microtubule / annulate lamellae / protein localization to Golgi apparatus / cytoskeletal anchor activity / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / dynein light intermediate chain binding / centrosome localization / microtubule-based movement / dynein complex binding / dynactin binding / mRNA transport / nuclear pore / regulation of microtubule cytoskeleton organization / small GTPase binding / nuclear envelope / protein transport / cytoplasmic vesicle / centrosome / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bicaudal-D protein / Microtubule-associated protein Bicaudal-D
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein bicaudal D homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Noell, C.R. / Debler, E.W. / Cui, H. / Solmaz, S.R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM128119-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-103485 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
引用ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2019
タイトル: Role of Coiled-Coil Registry Shifts in the Activation of Human Bicaudal D2 for Dynein Recruitment upon Cargo Binding.
著者: Noell, C.R. / Loh, J.Y. / Debler, E.W. / Loftus, K.M. / Cui, H. / Russ, B.B. / Zhang, K. / Goyal, P. / Solmaz, S.R.
履歴
登録2019年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein bicaudal D homolog 2
B: Protein bicaudal D homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8752
ポリマ－21,8752
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Multi-angle light scattering data supporting the assembly are published in: Noell, C.R., Loftus, K.M., Cui, H., Grewer, C.T., Kizer, M., Debler, E.W., and Solmaz, S.R. (2018) ...根拠: light scattering, Multi-angle light scattering data supporting the assembly are published in: Noell, C.R., Loftus, K.M., Cui, H., Grewer, C.T., Kizer, M., Debler, E.W., and Solmaz, S.R. (2018). A quantitative model for BicD2/cargo interactions. Biochemistry 57, 6538-6550
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.694, 36.958, 78.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-111-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein bicaudal D homolog 2 / Bic-D 2


分子量: 10937.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BICD2, KIAA0699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8TD16
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.05
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.05, 26% tert-Butanol, 40 mM CaCl2, 60 mM 1,6-Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 13628 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 542 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1819精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1819位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YTD

4ytd


解像度: 2.006→37.551 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.02
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2567 1313 10.01 %Random
Rwork0.2258 ---
obs0.2288 13113 94.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.006→37.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1470 0 0 52 1522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6671973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.835589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003252
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0055-2.08580.36791170.29351061X-RAY DIFFRACTION78
2.0858-2.18070.33261370.26241236X-RAY DIFFRACTION90
2.1807-2.29570.28151490.22751306X-RAY DIFFRACTION95
2.2957-2.43950.24981470.22451326X-RAY DIFFRACTION97
2.4395-2.62780.28421490.22591333X-RAY DIFFRACTION98
2.6278-2.89210.29481500.22261361X-RAY DIFFRACTION99
2.8921-3.31040.23271530.2271365X-RAY DIFFRACTION99
3.3104-4.16990.21881560.19271404X-RAY DIFFRACTION100
4.1699-37.55760.25321550.24191408X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.9796 Å / Origin y: -6.1347 Å / Origin z: 55.2714 Å
111213212223313233
T0.282 Å20.0043 Å2-0.0155 Å2-0.2835 Å2-0.0035 Å2--0.2909 Å2
L0.0084 °20.017 °20.0248 °2-0.0218 °20.0251 °2--0.091 °2
S0.0392 Å °0.1321 Å °-0.0496 Å °-0.0029 Å °-0.0135 Å °-0.0089 Å °0.0043 Å °0.0801 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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