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- PDB-6oe2: X-Ray Structure of the C-terminal domain (277-440) of Putative ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oe2
タイトルX-Ray Structure of the C-terminal domain (277-440) of Putative chitobiase from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR324A. Re-refinement of 3GGL with correct metal Mn replacing Zn. New metal confirmed with PIXE analysis of original sample.
要素Chitobiase
キーワードHYDROLASE / NESG / BTR324A / Q8A9F0_BACTN / Bacteroides thetaiotaomicron / BT_0865 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Structural Genomics / PIXE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / : / : / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DUF1735 domain-containing protein / Chitobiase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Snell, E.H. / Garman, E.F. / Lowe, E.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR324A
著者: Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, R. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Janjua, H. / Xiao, R. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9283
ポリマ－18,7671
非ポリマー1612
水181
1
A: Chitobiase
ヘテロ分子

A: Chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8566
ポリマ－37,5342
非ポリマー3224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.860, 86.860, 50.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Chitobiase


分子量: 18766.789 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 280-440) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: nagJ_1, ERS852430_00185, SAMN02910322_00414 / 詳細 (発現宿主): PET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC
参照: UniProt: A0A173R4M5, UniProt: Q8A9F0*PLUS, protein O-GlcNAcase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.75 M magnesium formate, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 4644 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Num. unique obs: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0241精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F2Z

3f2z


解像度: 3→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 42.275 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.401 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23661 414 9 %RANDOM
Rwork0.17368 ---
obs0.17916 4201 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1243 0 8 1 1252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.6411725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.582718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.0695160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98923.7564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.42615208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.91156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3775.47643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3745.471642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7018.212802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7018.213803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4545.758630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4535.765631
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.928.534924
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 28 -
Rwork0.221 298 -
obs--99.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.74 Å / Origin y: -13.65 Å / Origin z: -5.493 Å
111213212223313233
T0.1696 Å2-0.0549 Å2-0.1024 Å2-0.0422 Å20.0041 Å2--0.2959 Å2
L7.8727 °2-1.6198 °24.0712 °2-2.6579 °2-1.7302 °2--6.275 °2
S-0.4087 Å °-0.1205 Å °1.2674 Å °0.404 Å °-0.1988 Å °-0.6814 Å °-0.3331 Å °0.2188 Å °0.6075 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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