[日本語] English
万見
- PDB-6nlr: Crystal structure of the putative histidinol phosphatase hisK fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nlr
タイトルCrystal structure of the putative histidinol phosphatase hisK from Listeria monocytogenes with trinuclear metals determined by PIXE revealing sulphate ion in active site. Based on PIXE analysis and original date from 3DCP
要素Histidinol-phosphatase
キーワードHYDROLASE / HISTIDINOL PHOSPHATASE / HISK / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / NESG / LMR14 / PIXE / TRINUCLEAR / SULPHATE
機能・相同性Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / : / : / : / :
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes serotype 4b str. H7858 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Snell, E.H. / Garman, E.F. / Lowe, E.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: High-Throughput PIXE as an Essential Quantitative Assay for Accurate Metalloprotein Structural Analysis: Development and Application.
著者: Grime, G.W. / Zeldin, O.B. / Snell, M.E. / Lowe, E.D. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Snell, E.H. / Garman, E.F.
履歴
登録2019年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 6NLR REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3DCP, DETERMINED BY S.M. ...THIS ENTRY 6NLR REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3DCP, DETERMINED BY S.M.VOROBIEV,M.SU,J.SEETHARAMAN,L.ZHAO,L.MAO,E.L.FOOTE,R.XIAO,R.NAIR,M.C.BARAN,T.B.ACTON,B.ROST,G.T.MONTELIONE,J.F.HUNT,L.TONG,NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidinol-phosphatase
B: Histidinol-phosphatase
C: Histidinol-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,42017
ポリマ－98,5433
非ポリマー87714
水9,530529
1
A: Histidinol-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1125
ポリマ－32,8481
非ポリマー2654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histidinol-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1546
ポリマ－32,8481
非ポリマー3075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histidinol-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1536
ポリマ－32,8481
非ポリマー3065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.278, 191.278, 48.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA1 - 2721 - 272
21TYRTYRBB1 - 2721 - 272
12CYSCYSAA1 - 2731 - 273
22CYSCYSCC1 - 2731 - 273
13TYRTYRBB1 - 2721 - 272
23TYRTYRCC1 - 2721 - 272

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histidinol-phosphatase


分子量: 32847.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b str. H7858 (バクテリア)
遺伝子: hisk, DYZ35_00104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + MAGIC / 参照: UniProt: A0A3A6YEN9, histidinol-phosphatase

-
非ポリマー , 6種, 543分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3DCP.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 15% PEG 8000, 0.17 M SODIUM ACETATE, 0.01 M L-CYSTEINE, 0.1 M MES PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月21日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID, FOCUSING MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.6 Å / Num. obs: 114574 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 12134 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0241精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→41.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 7.658 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18583 2868 4.9 %RANDOM
Rwork0.15488 ---
obs0.15638 55392 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.05 Å2-0 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→41.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6620 0 26 529 7175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0176042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.6499187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3411.57814091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8515825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87523.767377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93151098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1441524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9831.9753303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9791.9733302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7142.9484127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7152.9494128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5852.3443513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4832.3333499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9633.3675042
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.48524.5837755
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.42324.4357716
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A91820.07
12B91820.07
21A92000.07
22C92000.07
31B93100.06
32C93100.06
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 199 -
Rwork0.208 3896 -
obs--95.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.025-0.2082-0.22291.61940.50361.18420.01660.0428-0.0518-0.03450.017-0.07290.0581-0.038-0.03370.0342-0.0334-0.00170.04940.01510.0309-60.30668.6941.142
22.35610.49-1.19381.0922-0.18541.59010.11240.12920.1173-0.04550.0199-0.0222-0.1842-0.0357-0.13240.07060.03340.03820.06080.01410.0831-31.39121.39341.096
31.08860.4632-0.011.50250.48351.93430.062-0.00340.01390.03460.039-0.0464-0.04090.1026-0.10110.0337-0.01160.02640.0231-0.00060.0374-66.22331.41357.278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 277
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 274

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る