[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6od4: Human TCF4 C-terminal bHLH domain in Complex with 11-bp Oligonucl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6od4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Human TCF4 C-terminal bHLH domain in Complex with 11-bp Oligonucleotide Containing E-box Sequence | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / transcription factor / bHTH / E-Box / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-DNA complex assembly / beta-catenin-TCF7L2 complex / beta-catenin-TCF complex / TGFBR3 expression / Myogenesis / E-box binding / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of neuron differentiation / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding ...protein-DNA complex assembly / beta-catenin-TCF7L2 complex / beta-catenin-TCF complex / TGFBR3 expression / Myogenesis / E-box binding / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of neuron differentiation / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.699 Å | ||||||
Authors | Horton, J.R. / Cheng, X. / Yang, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019 Title: Structural basis for preferential binding of human TCF4 to DNA containing 5-carboxylcytosine. Authors: Yang, J. / Horton, J.R. / Li, J. / Huang, Y. / Zhang, X. / Blumenthal, R.M. / Cheng, X. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6od4.cif.gz | 128.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6od4.ent.gz | 96.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6od4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6od4_validation.pdf.gz | 457.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6od4_full_validation.pdf.gz | 458.2 KB | Display | |
Data in XML | 6od4_validation.xml.gz | 10.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6od4_validation.cif.gz | 13.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/6od4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/6od4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6od3C 6od5C 2ql2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 7401.737 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal bHLH domain (UNP residues 405-464) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TCF4, BHLHB19, ITF2, SEF2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21-Codon Plus(DE3)-RIL / References: UniProt: P15884 #2: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 31.48 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 20% PEG4000, 10% 2-propanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 16, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.699→41.82 Å / Num. obs: 26021 / % possible obs: 95.3 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.75 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2269 / CC1/2: 0.522 / Rpim(I) all: 0.418 / % possible all: 83.1 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2QL2 Resolution: 1.699→41.817 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 34.07
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.699→41.817 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|