PDB-6ocd: Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ocd

タイトル

Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4

要素

Ricin A chain
VHH antibody V6D4

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.103 Å

データ登録者

Rudolph, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Intracellular Neutralization of Ricin Toxin by Single-domain Antibodies Targeting the Active Site.
著者: Rudolph, M.J. / Czajka, T.F. / Davis, S.A. / Thi Nguyen, C.M. / Li, X.P. / Tumer, N.E. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2019年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ocd.cif.gz	321 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ocd.ent.gz	260.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ocd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6obcC 6obeC 6obgC 6obmC 6oboC 6ocaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vcm-1 4z9m-6 4x91-1 2zm7-d 6vhx-2 1k4h-d 3bpt-d 6g5x-2 4g17-d 5ckr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (15)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (15)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin A chain

B: VHH antibody V6D4

C: Ricin A chain

D: VHH antibody V6D4

ヘテロ分子

84.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ricin A chain

B: VHH antibody V6D4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ricin A chain

D: VHH antibody V6D4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.937, 78.605, 103.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Ricin A chain 分子量: 28903.562 Da / 分子数: 2 / 断片: Toxin catalytic subunit, residues 40-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	VHH antibody V6D4 分子量: 13290.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 310分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES (pH 6.0), 400 mM zinc acetate, and 11% PEG 8,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 53563 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 193078

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	3.2	1.049	2622	0.518	0.669	1.248	0.653	97.7
2.14-2.18	3.4	0.958	2682	0.495	0.602	1.135	0.678	99.7
2.18-2.22	3.5	0.941	2661	0.542	0.586	1.111	0.668	99.3
2.22-2.26	3.6	0.817	2631	0.663	0.503	0.962	0.701	100
2.26-2.31	3.6	0.713	2710	0.681	0.438	0.839	0.697	99.9
2.31-2.37	3.7	0.662	2621	0.752	0.403	0.776	0.739	100
2.37-2.42	3.6	0.619	2655	0.744	0.378	0.727	0.707	99.8
2.42-2.49	3.6	0.499	2720	0.825	0.304	0.585	0.725	100
2.49-2.56	3.7	0.416	2643	0.866	0.254	0.488	0.741	99.9
2.56-2.65	3.6	0.333	2676	0.92	0.203	0.391	0.775	99.9
2.65-2.74	3.6	0.271	2685	0.942	0.166	0.319	0.777	99.8
2.74-2.85	3.7	0.214	2650	0.963	0.13	0.25	0.829	99.9
2.85-2.98	3.7	0.163	2688	0.974	0.1	0.192	0.856	99.8
2.98-3.14	3.7	0.127	2683	0.983	0.077	0.149	0.926	99.8
3.14-3.33	3.7	0.096	2674	0.989	0.059	0.113	1.074	99.7
3.33-3.59	3.7	0.077	2694	0.991	0.047	0.09	1.266	99.8
3.59-3.95	3.7	0.065	2665	0.994	0.039	0.076	1.535	99.8
3.95-4.52	3.7	0.054	2708	0.995	0.033	0.063	1.714	100
4.52-5.7	3.6	0.045	2733	0.996	0.028	0.053	1.43	100
5.7-50	3.6	0.044	2762	0.997	0.027	0.052	1.662	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.1 Å	46.45 Å
Translation	2.1 Å	46.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.103→46.445 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	2606	4.87 %
R_work	0.1888	-	-
obs	0.1907	53533	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / B_sol: 40.936 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.64 Å² / B_iso mean: 46.35 Å² / B_iso min: 14.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.8677 Å²	-0 Å²	-8.2272 Å²
2-	-	-10.2445 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3768 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.103→46.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5867	0	26	301	6194
B_iso mean	-	-	49.73	44.42	-
残基数	-	-	-	-	749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6070
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.671	8240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	901
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1087
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.486	2197

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1027-2.141	0.3456	115	0.2822	2333	2448	86
2.141-2.1821	0.3388	129	0.266	2671	2800	100
2.1821-2.2267	0.3117	139	0.2584	2703	2842	99
2.2267-2.2751	0.3062	150	0.2429	2626	2776	100
2.2751-2.328	0.2728	143	0.2297	2729	2872	100
2.328-2.3862	0.2821	146	0.2156	2671	2817	100
2.3862-2.4507	0.2756	137	0.2286	2693	2830	100
2.4507-2.5229	0.2958	132	0.2156	2687	2819	100
2.5229-2.6043	0.269	125	0.2113	2694	2819	100
2.6043-2.6973	0.2508	121	0.1991	2717	2838	100
2.6973-2.8053	0.2456	150	0.1995	2675	2825	100
2.8053-2.933	0.2306	137	0.1933	2695	2832	100
2.933-3.0876	0.2362	126	0.1944	2694	2820	100
3.0876-3.281	0.2677	127	0.179	2728	2855	100
3.281-3.5342	0.217	131	0.1731	2701	2832	100
3.5342-3.8897	0.1765	143	0.1616	2721	2864	100
3.8897-4.4522	0.1716	152	0.1451	2718	2870	100
4.4522-5.6078	0.183	137	0.1569	2711	2848	100
5.6078-46.4566	0.2112	166	0.1928	2760	2926	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6638	1.4184	-1.1097	8.2141	0.3826	3.1836	-0.3213	0.1724	0.7703	-0.0262	0.1095	-1.7336	-0.2933	0.3043	0.1619	0.2444	-0.0421	-0.0915	0.2291	0.0051	0.427	27.722	28.8908	-5.7289
2	8.8322	0.3238	-3.0305	9.2111	2.4329	7.4663	-0.1017	0.6796	0.3987	-1.1023	-0.0075	0.5229	-0.1954	0.1605	0.1527	0.2373	-0.0157	-0.037	0.2558	0.0196	0.1658	19.7633	27.2649	-10.3043
3	3.6899	0.2714	1.7145	4.946	0.7848	2.1763	0.0833	0.2198	-0.3693	-0.2079	0.1395	-0.49	0.0793	0.1186	-0.2267	0.2031	0.022	0.0186	0.1996	0.0156	0.1804	22.8453	17.8002	-4.746
4	4.8022	-2.414	2.3495	4.3926	1.9074	7.7736	0.0066	-0.1228	0.0382	0.6995	0.0513	-0.2022	0.3193	-0.1392	-0.0415	0.2441	0.0123	-0.0472	0.1412	0.0115	0.2549	26.1227	18.2608	7.2788
5	3.9503	-3.46	-0.3069	3.904	1.4509	5.5375	-0.0021	-0.1662	-0.4425	0.7367	0.188	-0.3038	0.3978	0.2881	-0.2004	0.3594	0.0464	-0.1221	0.2136	0.0163	0.4385	30.695	15.3534	9.389
6	8.4	0.3349	-1.6359	2.4597	-1.6769	7.1231	0.0293	-0.9049	0.1559	0.7999	0.0907	0.721	-0.0225	-0.5923	-0.0322	0.3628	0.014	0.013	0.383	-0.0904	0.2304	12.0922	28.0944	12.7221
7	8.5081	1.7347	5.2831	4.3894	-1.5244	7.919	-0.2585	-0.3494	0.4009	0.8174	-0.139	-0.7359	-0.8554	0.0653	0.4122	0.4335	-0.004	-0.1375	0.2207	-0.0882	0.4381	26.9379	34.419	9.8414
8	2.942	1.5328	2.6444	4.0323	2.596	7.9605	0.0114	-0.1681	0.1638	0.5009	0.0147	-0.0284	0.0314	0.1393	0.0172	0.2905	0.0526	-0.0207	0.2323	-0.0413	0.2699	17.9635	27.9003	6.6667
9	3.5088	2.0604	-0.0796	7.8919	0.3807	4.6474	-0.1523	-0.1583	0.7974	-0.1757	0.1581	0.7158	-0.5106	-0.3267	-0.0104	0.2727	0.091	-0.077	0.2962	-0.0398	0.4103	9.9844	34.6516	-3.3384
10	3.1004	-2.2742	-0.2683	6.6233	6.2798	9.3624	0.1362	-0.3189	-0.0222	0.3771	-0.0821	0.3516	0.4948	-0.3409	0.0059	0.1672	-0.0659	0.0311	0.2689	0.0198	0.2524	5.0255	16.8395	0.015
11	6.5134	-1.448	-0.6497	6.671	3.7279	9.1776	-0.1787	-0.1211	0.5642	0.6166	0.1014	0.8926	0.8225	-0.8665	0.0349	0.2744	-0.0533	0.0188	0.5748	-0.0777	0.5328	-3.7272	18.5524	-2.8
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13	2.2974	-1.6201	2.4992	3.9189	-1.6708	6.7408	0.229	-1.1959	-0.8378	0.7026	-0.0217	0.5197	0.8048	-0.8089	-0.1939	0.7476	-0.1644	0.0436	0.7797	0.2007	0.5367	9.7728	2.3936	18.0578
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15	3.8739	-0.8218	2.1727	5.9715	-2.5183	9.319	0.0245	-0.8373	-0.0686	0.9383	-0.274	-0.4793	0.1412	-0.4882	0.1982	0.4518	-0.1512	-0.0105	0.5729	0.078	0.3888	11.3259	7.9196	16.9084
16	5.0957	-0.2329	1.2603	5.4768	-1.5073	2.3707	0.1822	-0.0482	-0.3318	-0.299	0.0432	0.8457	0.511	-0.2804	-0.1549	0.2648	-0.0705	-0.0308	0.2083	0.0397	0.255	-10.4501	37.9752	42.5168
17	0.6249	-1.1111	0.3552	4.6654	-3.2459	4.8029	-0.0084	-0.0115	-0.0358	0.2692	0.2299	0.3308	-0.2283	-0.3273	-0.2688	0.1125	-0.0115	0.005	0.2095	-0.0135	0.2365	-7.5878	48.1408	44.0172
18	5.1162	-2.6711	3.1096	6.3368	0.9112	5.3233	-0.2451	-0.1433	0.4287	0.7598	0.2783	-0.5504	-0.3895	0.0683	-0.0519	0.2706	-0.0012	0.0317	0.1826	-0.0203	0.2498	1.2534	49.2438	55.0593
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20	6.7495	-2.8302	1.1949	3.6482	-1.8692	4.2035	-0.0966	0.5946	0.1459	-0.3196	-0.2779	-0.1533	0.3105	0.5589	0.4022	0.2523	-0.0165	0.0106	0.2771	0.0245	0.214	5.1757	49.7518	25.7867
21	3.0017	1.7012	-1.7023	5.1978	2.6771	4.6469	-0.1155	0.3312	0.0329	-0.0965	-0.1626	0.1009	-0.2091	0.0952	0.2584	0.322	0.0266	-0.0694	0.2915	0.064	0.2054	-1.0108	52.1187	25.7103
22	9.4876	2.1113	3.4236	4.423	2.9927	7.2323	0.0747	0.7896	-0.1898	-0.2241	0.2802	-0.6476	-0.0319	0.8441	-0.3476	0.3873	-0.1388	-0.0866	0.4314	0.0618	0.5301	21.7327	61.8679	39.2554
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24	4.1045	1.4756	-1.6945	2.0488	2.5619	8.0201	0.1584	-0.0053	0.3774	-0.2971	0.0111	0.9641	-0.7706	-0.6118	-0.0861	0.5994	-0.1436	-0.1452	0.4079	0.0413	0.6497	13.2342	69.8712	44.6756
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26	7.3651	3.213	6.5308	4.2496	3.2684	7.5199	0.1174	0.1262	0.0901	0.5359	-0.1861	-0.3603	-0.2243	0.3325	0.0497	0.3317	-0.1445	-0.086	0.386	0.0814	0.46	15.5238	59.3214	43.0411
27	8.8144	7.2279	6.6741	5.9162	5.4759	5.0449	0.9891	0.4803	-1.321	1.4541	-0.3287	-0.5608	0.7956	0.8793	-0.8926	0.683	-0.0355	-0.3523	0.6845	0.0801	0.8644	30.5534	57.4178	53.2781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:17)	A	5 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 18:32)	A	18 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 33:75)	A	33 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 76:97)	A	76 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 98:122)	A	98 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 123:140)	A	123 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 141:160)	A	141 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 161:180)	A	161 - 180
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 181:201)	A	181 - 201
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 202:220)	A	202 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 221:238)	A	221 - 238
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 239:261)	A	239 - 261
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 3:73)	B	3 - 73
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 74:83)	B	74 - 83
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 84:120)	B	84 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 5:32)	C	5 - 32
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 33:75)	C	33 - 75
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 76:122)	C	76 - 122
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 123:201)	C	123 - 201
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 202:238)	C	202 - 238
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 239:262)	C	239 - 262
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 4:38)	D	4 - 38
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 39:48)	D	39 - 48
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 49:64)	D	49 - 64
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 65:83)	D	65 - 83
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 84:116)	D	84 - 116
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 117:125)	D	117 - 125

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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