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- PDB-5ckr: Crystal Structure of MraY in complex with Muraymycin D2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ckr
タイトルCrystal Structure of MraY in complex with Muraymycin D2
要素Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / ALPHA-HELICAL / PNPT Superfamily / phospho-MurNAc-pentapeptide translocase / Membrane Protein / Bacterial cell wall / synthesis / natural product inhibitor / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division ...phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide transferase / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide transferase, conserved site / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase signature 1 / MraY family signature 1. / MraY family signature 2. / Glycosyl transferase, family 4 / Glycosyl transferase family 4
類似検索 - ドメイン・相同性
Muraymycin D2 / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lee, S.Y. / Chung, B.C. / Mashalidis, E.H. / Tanino, T. / Kim, M. / Hong, J. / Ichikawa, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM100984 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural insights into inhibition of lipid I production in bacterial cell wall synthesis.
著者: Chung, B.C. / Mashalidis, E.H. / Tanino, T. / Kim, M. / Matsuda, A. / Hong, J. / Ichikawa, S. / Lee, S.Y.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8712
ポリマ－40,9551
非ポリマー9161
水1629
1
A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
ヘテロ分子

A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7414
ポリマ－81,9092
非ポリマー1,8322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.480, 102.050, 135.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-MurNAc-pentapeptide phosphotransferase


分子量: 40954.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: mraY, aq_053 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41
参照: UniProt: O66465, phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
#2: 化合物 ChemComp-57M / Muraymycin D2 / N-({(1S)-2-{[(2S)-1-{[3-({(1S,2S)-2-[(5-amino-5-deoxy-beta-D-ribofuranosyl)oxy]-1-carboxy-2-[(2S,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo -3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]ethyl}amino)propyl]amino}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]am ino}-1-[(4S)-2-amino-3,4,5,6-tetrahydropyrimidin-4-yl]-2-oxoethyl}carbamoyl)-L-valine / (-)-ムライマイシンD2


分子量: 915.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H61N11O16
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 50 mM MgCl2, 40% PEG400, and 100 mM sodium cacodylate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→67.9 Å / Num. obs: 14178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLM0.6.1データ削減
Coot0.8-preモデル構築
iMOSFLM0.7.1データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J72

4j72


解像度: 2.95→51.025 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 702 5 %
Rwork0.247 --
obs0.2477 14053 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→51.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2565 0 64 9 2638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1393682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.763900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.17780.38141340.35482562X-RAY DIFFRACTION97
3.1778-3.49750.32451690.29732620X-RAY DIFFRACTION100
3.4975-4.00340.24331320.23372660X-RAY DIFFRACTION100
4.0034-5.04310.20651290.20712708X-RAY DIFFRACTION100
5.0431-51.03260.25431380.24032801X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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