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- PDB-6ocb: Crystal structure of FluA-20 Fab in complex with the head domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ocb
タイトルCrystal structure of FluA-20 Fab in complex with the head domain of H3 (A/Hong Kong/1/1968)
要素
  • Heavy chain of FluA-20 Fab
  • Hemagglutinin
  • Light chain of FluA-20 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-flu antibody / HA head domain
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wilson, I.A. / Lang, S.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI127371 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI097092 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400024C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HSN272201400008C 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)No. UL1 TR002243 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)No. HHSN27220170041I 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Site of Vulnerability on the Influenza Virus Hemagglutinin Head Domain Trimer Interface.
著者: Bangaru, S. / Lang, S. / Schotsaert, M. / Vanderven, H.A. / Zhu, X. / Kose, N. / Bombardi, R. / Finn, J.A. / Kent, S.J. / Gilchuk, P. / Gilchuk, I. / Turner, H.L. / Garcia-Sastre, A. / Li, S. ...著者: Bangaru, S. / Lang, S. / Schotsaert, M. / Vanderven, H.A. / Zhu, X. / Kose, N. / Bombardi, R. / Finn, J.A. / Kent, S.J. / Gilchuk, P. / Gilchuk, I. / Turner, H.L. / Garcia-Sastre, A. / Li, S. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2019年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32020年12月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / diffrn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn.ambient_temp
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of FluA-20 Fab
L: Light chain of FluA-20 Fab
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2754
ポリマ－79,0533
非ポリマー2211
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.554, 84.554, 271.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of FluA-20 Fab


分子量: 25154.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of FluA-20 Fab


分子量: 23508.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 30391.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / Variant: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.2 M lithium sulfate 40% (v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 59126 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2895 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.33 / Rsym value: 0.83 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FP8, 6OBZ

4fp8

6obz


解像度: 2.1→37.814 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 2963 5.01 %
Rwork0.2021 --
obs0.2039 59094 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5381 0 14 345 5740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6227660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8543361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013985
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.12450.26641395.220.2461252595
2.1245-2.16110.26071350.24632614100
2.1611-2.20040.30831420.24492623100
2.2004-2.24270.2721470.23332633100
2.2427-2.28850.28021280.23422663100
2.2885-2.33820.2521440.22412643100
2.3382-2.39260.23331340.21752648100
2.3926-2.45250.23731370.20662647100
2.4525-2.51880.28381260.20642656100
2.5188-2.59290.26171230.21332680100
2.5929-2.67650.24571880.2182604100
2.6765-2.77220.2581350.2242671100
2.7722-2.88310.30071440.21832677100
2.8831-3.01430.29831390.22462692100
3.0143-3.17310.27391560.21222658100
3.1731-3.37180.22111350.20782727100
3.3718-3.6320.22751450.19662680100
3.632-3.99710.22051340.18322735100
3.9971-4.57460.18281320.1638272799
4.5746-5.76030.20071400.169275298
5.7603-37.8140.23831600.2123287697
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.2244 Å / Origin y: 11.8877 Å / Origin z: 17.6889 Å
111213212223313233
T0.2685 Å20.0108 Å20.0209 Å2-0.1497 Å20.0083 Å2--0.2718 Å2
L0.3855 °20.1311 °20.3588 °2-0.7877 °20.3841 °2--1.7104 °2
S-0.0595 Å °0.0906 Å °0.0362 Å °-0.1122 Å °-0.0314 Å °0.0347 Å °-0.2521 Å °0.0703 Å °0.0884 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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