PDB-6oan: Structure of DBP in complex with human neutralizing antibody 053054

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oan

タイトル

Structure of DBP in complex with human neutralizing antibody 053054

要素

Antibody 053054 single chain variable fragment
Duffy binding surface protein region II

キーワード

CELL INVASION / Plasmodium / vivax / Duffy Binding Protein / DBP / PvDBP / antibody / neutralizing / inhibition / malaria / invasion / blocking / vaccine / structural vaccinology

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface receptor binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Urusova, D. / Tolia, N.H.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	Intramural Research Program	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R56 AI080792	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201400018C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI064478	米国

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for neutralization of Plasmodium vivax by naturally acquired human antibodies that target DBP.
著者: Urusova, D. / Carias, L. / Huang, Y. / Nicolete, V.C. / Popovici, J. / Roesch, C. / Salinas, N.D. / Witkowski, B. / Ferreira, M.U. / Adams, J.H. / Gross, M.L. / King, C.L. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2019年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oan.cif.gz	403.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oan.ent.gz	333 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oan_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oan_full_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示
XML形式データ	6oan_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	6oan_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oan	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oaoC 4nuvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v5p-1 6wa2-1 6wa2-2 6jc3-d 6fzu-d 5x2f-2 6v5n-2 4a22-2 5hr7-2 6p1l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Duffy binding surface protein region II

B: Antibody 053054 single chain variable fragment

C: Duffy binding surface protein region II

D: Antibody 053054 single chain variable fragment

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Duffy binding surface protein region II

B: Antibody 053054 single chain variable fragment

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Duffy binding surface protein region II

D: Antibody 053054 single chain variable fragment

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.480, 53.950, 142.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Duffy binding surface protein region II 分子量: 37451.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7T089, UniProt: P22290*PLUS
#2: 抗体	Antibody 053054 single chain variable fragment 分子量: 27911.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 25% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 28614 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.46
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 2705

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NUV

4nuv

解像度: 2.9→19.596 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	1394	4.88 %
R_work	0.2297	-	-
obs	0.2308	28572	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7717	0	10	6	7733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7913
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.542	10730
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.509	4713
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.0033	0.3877	139	0.3688	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0033-3.1231	0.3263	143	0.2986	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1231-3.2646	0.31	149	0.2822	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2646-3.4359	0.3048	134	0.2856	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4359-3.6499	0.2782	144	0.248	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6499-3.9296	0.2849	111	0.2371	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9296-4.3212	0.2246	141	0.2106	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3212-4.9377	0.2079	146	0.1918	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9377-6.1883	0.23	145	0.2094	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1883-19.5964	0.2283	142	0.2079	2846	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2499	-2.4854	1.5063	4.9524	-1.3203	4.8387	0.0968	-0.3132	-0.0741	-0.1131	-0.1021	-0.9485	0.2132	0.9511	0.0732	0.5125	0.0383	0.0495	0.8355	0.0827	0.5875	137.3482	-1.9883	74.992
2	5.5904	-0.0933	0.6076	5.8563	-1.034	4.3547	-0.0683	-0.7269	0.1149	0.4784	0.1533	-0.2123	0.0579	0.3881	-0.0844	0.5053	0.0826	-0.0513	0.82	0.1106	0.4759	129.5294	-2.4761	77.6861
3	1.2381	-0.698	-2.772	0.3729	1.3806	6.2859	-0.3698	0.5333	-0.789	-0.6091	0.1946	0.7869	-0.1072	-1.669	-0.2273	1.3681	0.0509	-0.338	1.2117	-0.0288	1.6813	122.2481	-15.08	63.068
4	3.1503	-0.124	0.5938	5.3661	-0.8551	4.0987	0.384	0.6203	-0.5502	-0.7789	0.0599	0.6308	1.0786	-0.5561	-0.3738	0.9949	0.0568	-0.2343	0.9086	0.0124	0.5906	138.3633	-20.172	81.7848
5	1.7427	0.3844	0.8773	4.9183	1.0466	5.6079	0.8719	-0.6628	0.1166	-0.6931	0.2296	-0.7382	0.3295	1.4657	-0.4378	1.0233	0.3267	-0.3093	1.1548	0.0375	0.7442	146.7282	-19.5811	90.3478
6	2.71	0.6763	-2.6956	3.3464	2.9738	6.9847	0.1775	-0.5215	-1.2174	-0.3122	0.1736	0.8561	1.2833	-0.7894	-0.1458	1.2845	-0.0063	-0.2816	0.9882	0.2074	0.9006	137.3888	-26.8218	90.7332
7	3.6951	-2.1806	-0.1424	6.2017	0.3139	6.201	0.0442	0.0956	0.5383	-0.2289	-0.1275	0.6314	-0.6459	-0.8719	0.0912	0.4228	0.0861	-0.0055	0.5434	-0.0286	0.5915	113.2491	17.7099	58.454
8	6.1865	-1.5841	-0.1877	4.0332	-1.1028	4.2529	0.1678	0.3663	-0.5485	-0.8274	-0.0899	-0.5444	0.4532	0.5661	0.1586	0.7442	-0.0246	0.0811	0.6702	0.0592	0.4335	125.5237	5.9153	43.5004
9	5.1172	-0.5789	0.4847	4.134	0.2112	6.1939	-0.0336	0.5084	-0.1578	-0.7123	-0.0484	0.3177	0.2853	-0.4385	-0.0039	0.5536	-0.0191	0.0089	0.4282	0.0356	0.4356	120.0882	1.6053	46.4716
10	4.8923	0.4148	-0.7235	1.8376	0.1908	7.2826	0.1868	0.2897	-0.0918	0.4245	0.5128	-0.3637	1.5272	-1.7624	-0.4011	0.8971	-0.082	-0.0297	1.8514	0.0819	1.1192	136.1623	-17.0943	131.5133
11	4.8694	1.15	1.3323	3.707	0.5213	5.6194	-0.2362	0.504	0.5925	-0.0815	-0.0519	0.4735	-0.4824	-0.5865	0.3371	0.5869	0.1464	-0.041	0.9219	0.0996	0.553	147.1743	-7.492	126.1972
12	2.8426	1.3163	0.5933	3.1668	-0.611	2.7561	-0.2607	0.1129	-0.2795	-0.3097	0.0633	-0.217	0.6321	0.3535	0.0927	0.9766	0.0825	-0.0513	1.0028	0.0758	0.717	145.7321	-22.0007	119.6011
13	1.3518	-1.8228	0.9258	3.8927	0.6077	4.2069	0.1447	0.4747	-0.6514	0.7301	0.3456	0.5335	0.3495	-1.4883	-0.1192	1.0365	-0.054	-0.2226	1.4102	0.1625	1.0287	129.8933	-18.8248	109.9404
14	3.1866	-2.7353	-1.4996	7.5806	-1.1305	1.7647	-0.0729	-0.2915	-0.7267	0.8131	0.082	-1.4128	0.1885	1.3132	0.2929	0.8376	0.1188	-0.2691	1.2591	0.1172	0.8468	146.409	-18.5249	104.7804
15	3.1087	3.0232	-1.6925	4.8818	-0.9347	1.1303	0.1644	0.1778	-0.3574	-1.0787	0.3307	-0.5465	0.2937	-0.488	-0.2133	1.3201	-0.1078	-0.3062	1.3485	0.0556	0.7351	132.4348	-28.3947	104.0842
16	6.6185	1.4566	1.7853	3.0141	2.4595	3.7671	-0.5407	0.5633	0.7336	-0.1815	0.5122	-0.1285	-0.6602	1.2355	0.0769	0.9167	-0.13	0	0.8042	0.148	0.8517	177.4733	5.2278	146.0371
17	4.1005	1.5232	3.0522	5.6896	0.2584	4.9678	-0.4699	0.4638	0.9469	0.175	0.0696	-0.0058	-1.3078	0.171	0.4082	0.794	0.0108	-0.0702	0.5068	0.1826	0.7322	168.9031	5.1166	147.8654
18	4.3214	2.1422	1.9652	3.6953	1.3828	4.4029	-0.2468	0.099	0.4241	0.2328	0.0784	0.0987	-0.3802	-0.2867	0.2507	0.5862	0.1898	-0.0253	0.4452	0.0907	0.5051	166.4381	-5.2521	150.1419
19	6.7936	2.4771	1.0237	3.5778	0.663	5.549	-0.1207	-0.0996	-0.4007	0.6202	0.0067	0.019	0.7905	0.0322	0.0492	0.7182	0.1626	0.131	0.3601	0.0056	0.4371	164.2108	-17.0779	153.9385
20	5.517	0.995	1.402	3.4685	0.8196	7.7118	0.0801	0.3222	-0.4853	0.1538	-0.0643	-0.1557	0.6043	0.3735	-0.0557	0.708	0.0974	0.1219	0.4809	0.0397	0.4992	164.467	-17.1732	151.3417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 216 through 290 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 291 through 368 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 369 through 378 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 379 through 432 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 433 through 462 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 463 through 501 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 119 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 120 through 174 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 175 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 216 through 225 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 226 through 368 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 369 through 432 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 433 through 462 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 463 through 481 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 482 through 501 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 6 through 37 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 38 through 105 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 106 through 153 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 154 through 192 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 193 through 253 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)