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- PDB-6oan: Structure of DBP in complex with human neutralizing antibody 053054 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oan | |||||||||||||||
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Title | Structure of DBP in complex with human neutralizing antibody 053054 | |||||||||||||||
![]() |
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![]() | CELL INVASION / Plasmodium / vivax / Duffy Binding Protein / DBP / PvDBP / antibody / neutralizing / inhibition / malaria / invasion / blocking / vaccine / structural vaccinology | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() host cell surface receptor binding / identical protein binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Urusova, D. / Tolia, N.H. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for neutralization of Plasmodium vivax by naturally acquired human antibodies that target DBP. Authors: Urusova, D. / Carias, L. / Huang, Y. / Nicolete, V.C. / Popovici, J. / Roesch, C. / Salinas, N.D. / Witkowski, B. / Ferreira, M.U. / Adams, J.H. / Gross, M.L. / King, C.L. / Tolia, N.H. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 333 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 481.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6oaoC ![]() 4nuvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37451.898 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 27911.723 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: evaporation / pH: 5.6 Details: 0.2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 25% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Aug 9, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→40 Å / Num. obs: 28614 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.46 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 2705 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4NUV Resolution: 2.9→19.596 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→19.596 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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