#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)
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集合体
登録構造単位
A: UvrABC system protein B B: UvrABC system protein B C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3') D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3') E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3') F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3') ヘテロ分子
A: UvrABC system protein B C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3') D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3') ヘテロ分子
B: UvrABC system protein B E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3') F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3') ヘテロ分子
モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.81→132.62 Å / Num. obs: 45596 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度: 2.81→2.91 Å / Num. unique obs: 4507
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0151
精密化
PDB_EXTRACT
3.22
データ抽出
XDS
データ削減
REFMAC
精密化
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→132.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 18.389 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.385 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY