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万見
- PDB-4n9d: Fragment-based Design of 3-Aminopyridine-derived Amides as Potent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n9d
タイトルFragment-based Design of 3-Aminopyridine-derived Amides as Potent Inhibitors of Human Nicotinamide Phosphoribosyltransferase (NAMPT)
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / Nicotinamide salvage / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / Nicotinamide salvage / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear speck / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2HJ / PHOSPHATE ION / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Dragovich, P.S. / Zhao, G. / Baumeister, T. / Bravo, B. / Giannetti, A.M. / Ho, Y. / Hua, R. / Li, G. / Liang, X. / O'Brien, T. ...Dragovich, P.S. / Zhao, G. / Baumeister, T. / Bravo, B. / Giannetti, A.M. / Ho, Y. / Hua, R. / Li, G. / Liang, X. / O'Brien, T. / Skelton, N.J. / Wang, C. / Zhao, Q. / Oh, A. / Wang, W. / Wang, Y. / Xiao, Y. / Yuen, P. / Zak, M. / Zheng, X.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Fragment-based design of 3-aminopyridine-derived amides as potent inhibitors of human nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT).
著者: Dragovich, P.S. / Zhao, G. / Baumeister, T. / Bravo, B. / Giannetti, A.M. / Ho, Y.C. / Hua, R. / Li, G. / Liang, X. / Ma, X. / O'Brien, T. / Oh, A. / Skelton, N.J. / Wang, C. / Wang, W. / ...著者: Dragovich, P.S. / Zhao, G. / Baumeister, T. / Bravo, B. / Giannetti, A.M. / Ho, Y.C. / Hua, R. / Li, G. / Liang, X. / Ma, X. / O'Brien, T. / Oh, A. / Skelton, N.J. / Wang, C. / Wang, W. / Wang, Y. / Xiao, Y. / Yuen, P.W. / Zak, M. / Zhao, Q. / Zheng, X.
履歴
登録2013年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,29412
ポリマ－113,8852
非ポリマー1,40910
水18,6821037
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10190 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area32850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.413, 106.337, 83.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 56942.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-2HJ / 4-({[(4-tert-butylphenyl)sulfonyl]amino}methyl)-N-(pyridin-3-yl)benzamide


分子量: 423.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O3S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1037 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: crystals were grown from 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM compound, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 114870 / Num. obs: 110046 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 73.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.701→34.839 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1833 5485 5.01 %5% random
Rwork0.1523 ---
obs0.1538 109525 95.76 %-
all-114870 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.576 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7928 Å2-0 Å20.2208 Å2
2---0.9072 Å2-0 Å2
3----1.8857 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→34.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7519 0 94 1037 8650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08410598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7112882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7008-1.72010.21061310.1812439X-RAY DIFFRACTION67
1.7201-1.74040.22081510.18642652X-RAY DIFFRACTION74
1.7404-1.76160.24231320.18362800X-RAY DIFFRACTION78
1.7616-1.78390.24961510.17563006X-RAY DIFFRACTION83
1.7839-1.80730.2221640.17513127X-RAY DIFFRACTION87
1.8073-1.83210.19982070.16423350X-RAY DIFFRACTION92
1.8321-1.85830.23651920.16783465X-RAY DIFFRACTION98
1.8583-1.8860.20052280.1623563X-RAY DIFFRACTION100
1.886-1.91550.21321930.15923576X-RAY DIFFRACTION99
1.9155-1.94690.21531870.15473624X-RAY DIFFRACTION99
1.9469-1.98050.18951820.14823600X-RAY DIFFRACTION100
1.9805-2.01650.18871840.1493608X-RAY DIFFRACTION100
2.0165-2.05520.17531910.14953596X-RAY DIFFRACTION100
2.0552-2.09720.18571780.16093626X-RAY DIFFRACTION100
2.0972-2.14280.19461930.15443624X-RAY DIFFRACTION100
2.1428-2.19260.17472020.15643569X-RAY DIFFRACTION100
2.1926-2.24740.18311860.15543642X-RAY DIFFRACTION100
2.2474-2.30820.19241730.15463638X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.37610.20251920.15173579X-RAY DIFFRACTION100
2.3761-2.45280.19281840.15193637X-RAY DIFFRACTION100
2.4528-2.54040.19762090.15283619X-RAY DIFFRACTION100
2.5404-2.64210.2041830.1513608X-RAY DIFFRACTION100
2.6421-2.76230.16091740.1523651X-RAY DIFFRACTION100
2.7623-2.90790.18092150.15823584X-RAY DIFFRACTION100
2.9079-3.08990.16691700.15513658X-RAY DIFFRACTION100
3.0899-3.32840.19291900.14883620X-RAY DIFFRACTION100
3.3284-3.6630.17651820.14623653X-RAY DIFFRACTION100
3.663-4.19220.13841830.12863666X-RAY DIFFRACTION100
4.1922-5.27880.13431970.13123624X-RAY DIFFRACTION100
5.2788-34.84670.20911810.17163636X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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