PDB-6nz1: Crystal structure of computationally designed protein XXA_GVDQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nz1

タイトル

Crystal structure of computationally designed protein XXA_GVDQ

要素

Design construct XXA_GVDQ

キーワード

DE NOVO PROTEIN / homotrimer / helix

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wei, K.Y. / Bick, M.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124169	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM124149	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Computational design of closely related proteins that adopt two well-defined but structurally divergent folds.
著者: Wei, K.Y. / Moschidi, D. / Bick, M.J. / Nerli, S. / McShan, A.C. / Carter, L.P. / Huang, P.S. / Fletcher, D.A. / Sgourakis, N.G. / Boyken, S.E. / Baker, D.

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nz1.cif.gz	306.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nz1.ent.gz	256.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nz1_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nz1_full_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示
XML形式データ	6nz1_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	6nz1_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/6nz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/6nz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nx2C 6nxmC 6ny8C 6nyeC 6nyiC 6nykC 6nz3C 6o0cC 6o0iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nye-d 7jh5-2 6nyi-d 6vjo-1 7jh5-1 4ej1-2 6nyk-d 4eiz-2 6rx1-1 2aac-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Design construct XXA_GVDQ

B: Design construct XXA_GVDQ

C: Design construct XXA_GVDQ

D: Design construct XXA_GVDQ

E: Design construct XXA_GVDQ

F: Design construct XXA_GVDQ

67.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Design construct XXA_GVDQ

B: Design construct XXA_GVDQ

C: Design construct XXA_GVDQ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
33.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Design construct XXA_GVDQ

E: Design construct XXA_GVDQ

F: Design construct XXA_GVDQ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.647, 76.747, 91.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Design construct XXA_GVDQ 分子量: 11204.926 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.03 M of each divalent cation (magnesium chloride, calcium chloride), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1111 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1111 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→88.36 Å / Num. obs: 68147 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.174 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.74→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6108 / CC_1/2: 0.336 / % possible all: 89.18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Rosetta model

解像度: 1.9→88.356 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	1567	2.94 %
R_work	0.1847	51644	-
obs	0.1925	53261	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.77 Å² / B_iso mean: 31.5168 Å² / B_iso min: 15.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→88.356 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4299	0	0	257	4556
B_iso mean	-	-	-	33.13	-
残基数	-	-	-	-	569

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9007-1.962	0.3681	150	0.3343	4705	4855	97
1.962-2.0321	0.288	140	0.2959	4679	4819	97
2.0321-2.1135	0.3131	138	0.2687	4664	4802	97
2.1135-2.2097	0.2638	144	0.2467	4674	4818	97
2.2097-2.3262	0.2582	138	0.219	4654	4792	97
2.3262-2.4719	0.2617	144	0.1925	4673	4817	97
2.4719-2.6628	0.2126	144	0.1927	4708	4852	97
2.6628-2.9308	0.2318	137	0.1816	4679	4816	97
2.9308-3.3548	0.1882	138	0.1827	4705	4843	97
3.3548-4.2265	0.1716	144	0.1471	4726	4870	97
4.2265-57.9679	0.1986	146	0.1622	4777	4923	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0027	0.0008	-0.0001	0.0006	-0.0008	0.0015	-0.0006	0.0212	-0.0162	-0.0068	-0.0003	-0.0034	0.008	0.0039	0.0002	0.3426	0.001	-0.0295	0.4974	-0.0294	0.1377	38.444	25.956	37.028
2	0.0035	-0.0002	0.008	0.0392	-0.0034	0.0217	-0.0082	-0.0182	-0.0181	-0.0247	0.0184	0.0132	0.0044	-0.0096	0.0095	0.1196	0.0031	-0.0063	0.377	0.0042	0.0847	28.175	29.791	59.135
3	0.0001	-0.0002	-0.0006	0.0051	0.0116	0.026	0.0035	0.0198	0.003	0.0147	0.0005	0.006	-0.0039	-0.0094	0.0022	0.1166	-0.0036	-0.0024	0.3592	-0.0096	0.0845	29.27	39.543	77.899
4	0.0084	0.0023	0.005	0.0025	0.0005	0.0163	-0.0017	-0.01	0.0015	-0.0048	0.0086	0.0037	-0.0015	-0.0071	0.0074	0.1298	-0.0112	0.0002	0.4082	0.0208	0.1005	21.803	36.423	43.254
5	0.0087	-0.0051	-0.013	0.0191	0.0071	0.0197	0.0045	0.0039	0.0088	-0.0044	-0.0046	-0.0013	-0.0042	0.0023	-0.0405	0.1055	-0.002	0.0042	0.3928	0.0204	0.087	33.2	37.958	59.106
6	0.0013	0.0011	-0.0031	0.0015	-0.0033	0.0086	-0.0065	0.0125	0.0025	0.0026	0.0087	-0.0045	-0.0032	0.009	-0.0012	0.1045	-0.0007	-0.01	0.3055	0.0214	0.0765	44.137	28.227	76.921
7	0.0012	0.0028	0.0003	0.0074	0.001	0.0002	-0.0035	0.0018	0.0027	-0.0279	0.0066	-0.0026	-0.0075	0.0174	0.0008	0.1802	0.0011	-0.0127	0.3841	0.0084	0.0932	39.892	43.615	44.596
8	0.0111	-0.0009	-0.004	0.0266	0.0105	0.0065	-0.0059	0.0172	0.0025	-0.0236	0.0154	-0.0032	-0.0081	0.0084	0.0532	0.1212	-0.0158	0.003	0.4168	-0.0027	0.0925	37.499	29.776	57.664
9	0.0055	-0.004	-0.0009	0.0037	0.0007	0.0002	0.0029	-0.0023	0.0022	0.012	0.0088	0.0182	0.0058	-0.0109	0.0019	0.2536	-0.0226	0.0423	0.4234	0.0348	0.1651	24.747	21.002	78.86
10	0.0144	-0.0031	0.0091	0.0019	-0.0076	0.0329	-0.005	-0.0152	-0.0033	0.0134	0.0061	-0.0057	0.0065	0.0132	-0.0045	0.2399	-0.0062	-0.0252	0.3755	-0.03	0.0989	13.496	49.857	97.43
11	0.014	0.0028	-0.0011	0.0202	0.0053	0.0018	-0.0009	0.0085	0.0051	0.0041	0.0049	0.0016	-0.0013	-0.0172	0.0516	0.1079	0.0082	0.0049	0.3926	0.0048	0.0825	3.309	43.102	69.876
12	0.0219	-0.0063	0.0093	0.0061	0.0015	0.0191	-0.0043	0.0152	-0.0033	0.0039	0.0101	0.0065	-0.0005	-0.0123	0.0058	0.1304	-0.0088	0.0038	0.3394	0.0036	0.0821	-3.354	39.976	92.702
13	0.0179	0.0072	0.0088	0.0117	-0.001	0.017	0.0109	0.0061	0.0031	0.0004	-0.0201	-0.003	0.0021	0.0026	-0.0371	0.0946	-0.004	-0.0025	0.3688	0.0306	0.0839	7.717	38.515	76.904
14	0.0001	-0.0001	-0.0001	-0	-0	-0	0	-0.0096	0.0019	-0.0091	0.0055	-0.0071	-0.0048	0.0148	-0.0084	0.1325	0.0027	0.0165	0.3494	0.0426	0.0974	19.169	48.217	59.088
15	0.0137	0.0025	-0.0099	0.0327	0.0209	0.0233	-0.005	0.0019	0.0053	0.041	-0.0183	-0.0059	0.0144	-0.0045	-0.022	0.1877	0.0085	-0.012	0.4121	0.0056	0.1014	14.346	32.498	91.516
16	0.0133	0.0066	0.0026	0.01	0.0045	0.002	-0.0046	-0.0328	-0.0045	0.0427	0.011	-0.0049	0.0118	0.0096	0.02	0.1396	0.0087	-0.0014	0.3733	-0.0092	0.0837	12.343	46.499	78.194
17	0.0023	0.0002	0	0	0	0	0.0069	0.0066	0.0067	-0.0061	-0.001	0.012	-0.0049	-0.0047	-0	0.3047	0.0382	0.0024	0.4351	0.0756	0.2261	-0.15	55.379	56.634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:23 )	A	5 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 24:69 )	A	24 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 70:93 )	A	70 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 0:23 )	B	0 - 23
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 24:68 )	B	24 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 69:93 )	B	69 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 0:23 )	C	0 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 24:68 )	C	24 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 69:90 )	C	69 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 3:23 )	D	3 - 23
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 24:93 )	D	24 - 93
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN E AND RESID 0:23 )	E	0 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN E AND RESID 24:68 )	E	24 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN E AND RESID 69:93 )	E	69 - 93
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN F AND RESID -1:23 )	F	-1 - 23
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN F AND RESID 24:68 )	F	24 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN F AND RESID 69:90 )	F	69 - 90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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