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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nyk | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of computationally designed protein XAX_GGDQ | |||||||||
要素 | Design construct XAX_GGDQ | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / homotrimer / helix | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wei, K.Y. / Bick, M.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Computational design of closely related proteins that adopt two well-defined but structurally divergent folds. 著者: Wei, K.Y. / Moschidi, D. / Bick, M.J. / Nerli, S. / McShan, A.C. / Carter, L.P. / Huang, P.S. / Fletcher, D.A. / Sgourakis, N.G. / Boyken, S.E. / Baker, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nyk.cif.gz | 90.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nyk.ent.gz | 69.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nyk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nyk_validation.pdf.gz | 442.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nyk_full_validation.pdf.gz | 444 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nyk_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nyk_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11161.817 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.08 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.0 M lithium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1111 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1111 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48.35 Å / Num. obs: 8627 / % possible obs: 98.18 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 4.228 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 821 / CC1/2: 0.187 / Rrim(I) all: 4.6 / Rsym value: 1.788 / % possible all: 97.16 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→48.35 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 41.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 226.43 Å2 / Biso mean: 85.8214 Å2 / Biso min: 42.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→48.35 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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