ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | REFMAC | 5 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1bj3 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 375741.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.24397 | 462 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.18539 | - | - | - |
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obs | 0.18819 | 9372 | 94.8 % | - |
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all | - | 9372 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.4466 Å2 / ksol: 0.328191 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 13.57 Å2 | 0 Å2 | 5.36 Å2 |
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2- | - | -13.08 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.49 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.45 Å | 0.34 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.45 Å | 0.3 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2083 | 0 | 0 | 142 | 2225 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.014 | | X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d_na | | X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d_prot | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d_na | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d_prot | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.9 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg_na | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg_prot | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d_na | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d_prot | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d2.95 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d_na | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d_prot | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.66 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.83 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.69 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.69 | 2.5 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.428→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.276 | 25 | 5.6 % |
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Rwork | 0.206 | 443 | - |
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obs | - | 1254 | 88.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMWATER.TOP | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.187 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.012 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2 | | |
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