PDB-6nyd: Crystal Structure of S. cerevisiae Ubc3 (Cdc34)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nyd

タイトル

Crystal Structure of S. cerevisiae Ubc3 (Cdc34)

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa

キーワード

LIGASE/TRANSFERASE / CONFORMATIONAL CHANGE / THIOESTER / ADENYLATION / THIOESTER TRANSFER / TRANSTHIOESTERIFICATION / ATP-BINDING / UBIQUITIN E2-BINDING / UBIQUITINATION / LIGASE / LIGASE-TRANSFERASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitochondrial fusion / regulation of metabolic process / silent mating-type cassette heterochromatin formation / SCF ubiquitin ligase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Olsen, S.K. / Williams, K.M. / Atkison, J.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into E1 recognition and the ubiquitin-conjugating activity of the E2 enzyme Cdc34.
著者: Williams, K.M. / Qie, S. / Atkison, J.H. / Salazar-Arango, S. / Alan Diehl, J. / Olsen, S.K.

履歴

登録	2019年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nyd.cif.gz	121 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nyd.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nyaC 6nyoC 4mdkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4m1n-1 5o9j-1 4l83-d 3e3z-d 4xin-d 4ai5-2 6ndt-d 5v35-d 3mq2-1 6u04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (9) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa

ヘテロ分子

22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.084, 49.022, 103.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2-34 kDa / Cell division control protein 34 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 3 / E3 ubiquitin ligase complex ...Cell division control protein 34 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 3 / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit CDC34 / Ubiquitin carrier protein / Ubiquitin-protein ligase 分子量: 22427.152 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 3-195 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC34, DNA6, UBC3, YDR054C, D4211, YD9609.08C / プラスミド: PET29NTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P14682, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.06 M zinc acetate, 0.108mM sodium cacodylate, 14.4% PEG 8,000, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月28日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 25422 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / R_merge(I) obs: 1.151 / CC_1/2: 0.609 / R_pim(I) all: 0.511

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MDK

4mdk

解像度: 1.65→37.387 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	1999	7.88 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1731	25353	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→37.387 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1354	0	16	103	1473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.072	1978
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.221	901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	212
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.648-1.6892	0.3315	140	0.2906	1640	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6892-1.7349	0.2597	141	0.2484	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7349-1.7859	0.2714	140	0.2212	1634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7859-1.8436	0.2538	141	0.2114	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8436-1.9094	0.2196	142	0.1997	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9094-1.9859	0.2111	141	0.1808	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9859-2.0763	0.2146	141	0.1728	1646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0763-2.1857	0.185	142	0.1625	1674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1857-2.3226	0.1869	142	0.1568	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3226-2.5019	0.1958	143	0.1613	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5019-2.7536	0.2039	144	0.1666	1674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7536-3.1519	0.1977	145	0.1709	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1519-3.9704	0.1824	147	0.1547	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9704-37.3969	0.1972	150	0.1731	1754	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8802	-2.1779	-1.7077	6.7381	2.9135	3.9576	-0.0442	-0.2036	-0.4272	0.0136	-0.2833	0.2189	0.6059	-0.305	0.1604	0.2091	-0.0183	-0.016	0.3176	0.0457	0.2388	11.4364	-15.0201	-1.0817
2	5.2987	0.0787	2.4727	2.1193	2.2408	5.377	0.3304	0.2238	-0.4299	0.0291	0.1197	-0.5966	0.5372	0.4758	-0.2023	0.4081	0.0611	-0.0273	0.4863	-0.0381	0.4632	16.7942	-18.2288	-12.5315
3	3.271	0.8993	1.194	2.2199	0.299	7.0562	0.0315	0.3082	-0.1962	-0.2269	0.1235	-0.2812	0.6346	-0.0399	-0.1399	0.2823	-0.0308	0.0292	0.2496	0.0096	0.2966	11.5655	-15.0377	-21.7969
4	4.355	-1.4827	-1.4612	2.0337	1.0204	3.0843	0.1662	-0.5038	0.2209	0.1045	0.1217	-0.1365	-0.5517	0.0911	-0.1168	0.2065	-0.013	-0.0214	0.2618	0.0147	0.2924	7.9573	-7.175	-8.429
5	3.7162	0.1701	-0.3627	1.3952	-2.424	6.6116	0.2029	0.2496	0.5127	0.1235	-0.0374	-0.4756	-1.0134	0.2398	0.0357	0.3043	0.0282	0.0259	0.2375	0.0477	0.3644	9.4645	-4.33	-22.0443
6	4.4068	-2.2781	0.9519	1.2352	0.1379	7.6004	-0.167	0.0092	0.57	-0.1015	0.1792	-0.0105	-0.583	-0.589	-0.1394	0.3348	0.0181	-0.0259	0.2206	0.0212	0.3575	2.7263	-3.0104	-21.0386
7	9.5614	-5.1023	3.6067	6.7732	-5.0925	4.0745	0.0025	0.9066	0.4673	0.0241	0.0792	0.4744	-0.4622	-0.52	-0.1565	0.2602	0.034	0.0203	0.3857	0.0356	0.3541	-3.0258	-9.8348	-8.0642
8	2.1439	-1.2434	2.5668	2.9819	-3.4069	6.8617	-0.0049	0.0363	0.0913	-0.3737	-0.0468	0.0239	0.0816	-0.0681	-0.1497	0.3174	0.0139	-0.0314	0.1944	-0.0031	0.2756	-1.1175	-8.6704	-26.5384
9	3.9172	-3.495	4.7646	4.7569	-2.5127	8.4055	0.1365	1.1794	0.3067	-1.3257	-0.4231	-0.7818	0.1845	0.9218	0.2161	0.5456	-0.0338	0.1014	0.4219	0.0081	0.3846	11.13	-8.9479	-35.2112
10	6.6348	-5.2171	-2.0476	4.5773	-0.0286	6.4177	-0.8515	0.6692	-0.5017	0.7067	0.306	-1.1321	0.419	0.0044	0.2474	0.5511	0.1202	0.0505	0.7525	-0.1793	0.9223	22.153	-19.3868	-24.0609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 3 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 21 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 38 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 60 through 75 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 76 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 85 through 99 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 100 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 121 through 152 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 153 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 171 through 178 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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