PDB-6nyo: Crystal structure of a human Cdc34-ubiquitin thioester mimetic

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nyo

タイトル

Crystal structure of a human Cdc34-ubiquitin thioester mimetic

要素

Ubiquitin
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R2

キーワード

LIGASE/TRANSFERASE / CONFORMATIONAL CHANGE / THIOESTER / ADENYLATION / THIOESTER TRANSFER / TRANSTHIOESTERIFICATION / ATP-BINDING / UBIQUITIN E2-BINDING / UBIQUITINATION / LIGASE / LIGASE-TRANSFERASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ribosomal large subunit export from nucleus / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Olsen, S.K. / Williams, K.M. / Atkison, J.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into E1 recognition and the ubiquitin-conjugating activity of the E2 enzyme Cdc34.
著者: Williams, K.M. / Qie, S. / Atkison, J.H. / Salazar-Arango, S. / Alan Diehl, J. / Olsen, S.K.

履歴

登録	2019年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nyo.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nyo.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6nyo_validation.pdf.gz	757.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nyo_full_validation.pdf.gz	757.8 KB	表示
XML形式データ	6nyo_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	6nyo_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nyaC 6nydC 4mdkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3knt-2 3ly2-5 7bqz-4 7bu9-3 4nw7-d 2qyl-d 1xmy-2 6hwo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (12) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R2

E: Ubiquitin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.585, 55.737, 119.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme R2 / Ubiquitin carrier protein R2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2- ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme R2 / Ubiquitin carrier protein R2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-CDC34B / Ubiquitin-protein ligase R2 分子量: 23166.207 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-202 / 変異: C93K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2R2, CDC34B, UBC3B / プラスミド: pET29NTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q712K3, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質	Ubiquitin 分子量: 10740.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P0CH08*PLUS

#1: タンパク質

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme R2 / Ubiquitin carrier protein R2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2- ...

分子量: 23166.207 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-202 / 変異: C93K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2R2, CDC34B, UBC3B / プラスミド: pET29NTEV / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q712K3, E2 ubiquitin-conjugating enzyme

#2: タンパク質

Ubiquitin

分子量: 10740.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P0CH08*PLUS

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非ポリマー , 4種, 324分子

#3: 化合物	ChemComp-U94 / 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid / CC-0651 分子量: 442.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁Cl₂NO₆
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.03 M potassium dihydrogen phosphate, 23% PEG 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 48439 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.67 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / R_merge(I) obs: 0.976 / CC_1/2: 0.582 / R_pim(I) all: 0.464

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MDK

4mdk

解像度: 1.502→41.784 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	2000	4.14 %
R_work	0.1748	-	-
obs	0.1759	48361	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.502→41.784 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2132	0	46	319	2497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	3055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.125	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5019-1.5395	0.2619	138	0.2579	3204	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5395-1.5811	0.2859	142	0.2408	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5811-1.6276	0.2307	139	0.2188	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6276-1.6802	0.2588	142	0.2156	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6802-1.7402	0.2286	143	0.1902	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7402-1.8099	0.2172	141	0.1867	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8099-1.8923	0.1735	141	0.1747	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8923-1.992	0.2084	143	0.1708	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.992-2.1168	0.1972	142	0.1693	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1168-2.2803	0.1956	142	0.1618	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2803-2.5097	0.2052	144	0.1694	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5097-2.8728	0.2164	145	0.1759	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8728-3.6191	0.1854	145	0.1702	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6191-41.8006	0.1869	153	0.1611	3522	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3103	-0.3466	-0.5011	2.0699	0.5746	1.4817	0.105	0.2424	0.0738	-0.3626	-0.3812	0.4935	-0.3385	-0.9676	-0.2239	0.1334	0.0331	-0.0264	0.2101	-0.0071	0.1678	73.1801	233.4834	258.6227
2	1.5165	-0.8595	-0.2588	0.9051	0.0056	0.7677	0.0535	0.0566	-0.134	-0.0353	-0.0717	0.098	0.0426	-0.0778	-0.0034	0.0913	-0.014	-0.0051	0.0781	-0.0025	0.105	86.5073	222.5284	260.7504
3	0.0425	0.0777	-0.005	0.0367	0.0147	0.0237	0.0393	0.2478	0.4806	0.0069	-0.1411	-0.224	-0.0215	0.4598	-0.0001	0.4567	-0.059	0.0246	0.5841	0.0438	0.8381	99.7932	242.6792	266.0045
4	0.7104	-0.583	-0.1425	0.3495	-0.4175	0.5215	0.2	0.2224	0.3957	0.0628	-0.184	-0.2559	-0.1578	0.1799	0.1394	0.1219	-0.0299	0.0117	0.1123	0.023	0.1594	95.3761	230.1236	258.443
5	0.6564	0.0669	-0.2768	0.8352	-0.7166	1.3873	0.1733	0.2169	-0.483	-0.3431	-0.2549	-0.3563	0.4703	0.8087	-0.1092	0.1749	0.0742	0.0569	0.3327	0.0186	0.2259	110.0262	212.6431	258.101
6	0.5298	-0.0417	0.0721	0.2591	-0.0873	1.0319	0.0816	0.1184	-0.4373	-0.0185	-0.0276	0.0628	0.5426	-0.002	0.0327	0.2589	-0.0056	-0.0393	0.1328	-0.0072	0.2397	92.7275	206.213	258.0892
7	0.7001	-0.4001	-0.0508	0.6978	-0.2901	0.2694	0.1178	0.3031	0.2147	-0.5161	0.0457	0.5885	0.5137	-0.1419	-0.0191	0.3171	-0.0574	-0.0476	0.3488	-0.0668	0.2924	84.2182	212.8818	245.3019
8	0.4603	0.1356	0.4124	0.8949	0.0364	0.3919	0.1073	-0.0222	0.2884	-0.3169	0.0677	-0.2635	-0.336	0.0027	0.0185	0.1657	0.0213	0.0031	0.1978	-0.0002	0.1338	91.4045	233.4707	237.3396
9	0.5986	-0.1263	-0.1863	0.3427	-0.0317	0.1896	0.1732	0.3649	0.4088	-0.2476	-0.0546	-0.2559	0.053	-0.0057	0.0034	0.2179	0.0267	0.0486	0.2313	0.0251	0.1789	97.1564	231.8173	232.5296
10	0.8978	-0.6642	0.1731	0.8669	0.3731	0.89	-0.2126	0.1829	0.4141	-0.193	0.2583	-0.1861	-0.2621	0.3689	0.0675	0.1558	-0.0278	-0.0041	0.1849	0.0494	0.1333	102.3204	236.1102	238.281
11	1.3333	-1.3708	-0.8641	2.1818	0.5621	0.7616	0.2071	-0.3343	0.3256	-0.0451	-0.1062	-0.6691	-0.2215	0.1573	0.1474	0.107	-0.0313	-0.009	0.1592	0.0598	0.0641	102.0877	234.1006	246.5293
12	0.136	0.2735	-0.2191	0.5756	-0.5449	0.5608	-0.1236	0.0376	-0.3045	-0.2186	-0.1329	-0.3102	0.3058	0.3013	-0.0345	0.1726	0.0365	0.0003	0.2322	0.0298	0.181	100.4193	223.0571	241.9065
13	0.076	0.061	-0.0367	0.1177	0.0199	0.0427	0.1963	0.3298	-0.2987	-0.3225	-0.1117	0.096	0.334	-0.1324	0	0.2687	0.0118	-0.0163	0.2098	-0.0085	0.1858	94.6549	222.4734	234.0104
14	0.207	-0.1421	0.1897	0.0991	-0.1357	0.1781	0.2282	-0.2436	-0.3251	-0.0404	-0.0505	-0.0734	0.1165	-0.134	0.011	0.1209	0.0043	-0.0162	0.2039	0.0031	0.1265	93.6224	231.1104	245.2463
15	0.1662	-0.5801	-0.0443	2.1173	0.0921	0.1176	0.0902	0.1544	0.0924	0.5763	-0.0698	-0.4046	-0.5114	0.8933	0.0301	0.1985	-0.0881	-0.0075	0.346	0.0428	0.2377	102.6118	232.7403	257.8111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 97 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 98 through 109 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 110 through 141 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 142 through 159 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 160 through 178 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 179 through 192 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid -1 through 11 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 12 through 22 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 23 through 34 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 35 through 44 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 45 through 56 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 57 through 65 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 66 through 71 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 72 through 76 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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