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- PDB-6nx0: Crystal structure of the diheme peroxidase BthA from Burkholderia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nx0
タイトルCrystal structure of the diheme peroxidase BthA from Burkholderia thailandensis E264
要素Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme / peroxidase / diheme
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / NITRATE ION / Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Cohen, S.E. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)008334 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A widely distributed diheme enzyme from Burkholderia that displays an atypically stable bis-Fe(IV) state.
著者: Rizzolo, K. / Cohen, S.E. / Weitz, A.C. / Lopez Munoz, M.M. / Hendrich, M.P. / Drennan, C.L. / Elliott, S.J.
履歴
登録2019年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,04611
ポリマ－51,3361
非ポリマー1,71010
水9,800544
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.210, 84.776, 95.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Di-haem cytochrome c peroxidase family protein


分子量: 51335.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)
株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_II1092 / プラスミド: pETSN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T6B0

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非ポリマー , 5種, 554分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 300 mM ammonium nitrate, 22% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 62412 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 468091
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.54-1.65.30.74561200.7050.3440.8240.93799
1.6-1.667.20.6261770.8530.2450.6680.94799.9
1.66-1.737.80.49361470.9050.1870.5280.96199.8
1.73-1.837.70.35961910.9460.1380.3850.96299.8
1.83-1.947.40.24461970.970.0950.2630.99899.8
1.94-2.098.20.17462130.9860.0650.1861.02100
2.09-2.37.90.12362370.9910.0460.1321.01199.6
2.3-2.637.80.08762540.9950.0330.0931.01499.8
2.63-3.3280.06563100.9980.0240.0690.94299.4
3.32-507.70.04765660.9980.0180.050.80799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3l4m

3l4m


解像度: 1.54→47.916 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1796 3118 5 %
Rwork0.1503 --
obs0.1518 62344 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66 Å2 / Biso mean: 19.569 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→47.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3149 0 186 544 3879
Biso mean--15.48 28.55 -
残基数----413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5389-1.5630.26591370.24112593273097
1.563-1.58860.26041370.2272618275599
1.5886-1.6160.22951400.205626652805100
1.616-1.64540.25081420.195726732815100
1.6454-1.6770.25271400.188626772817100
1.677-1.71120.23671410.18226642805100
1.7112-1.74850.22941380.17992646278499
1.7485-1.78910.18611420.167626942836100
1.7891-1.83390.18511410.160626752816100
1.8339-1.88350.19121410.154526792820100
1.8835-1.93890.17541400.151426662806100
1.9389-2.00150.18951410.154126832824100
2.0015-2.0730.16181420.144326862828100
2.073-2.1560.15631430.140727122855100
2.156-2.25410.16361410.13872671281299
2.2541-2.3730.171410.135226982839100
2.373-2.52160.16311420.131626982840100
2.5216-2.71630.15351440.13727232867100
2.7163-2.98960.16161440.140327322876100
2.9896-3.42210.19171430.13722723286699
3.4221-4.31110.15721460.126827812927100
4.3111-47.93870.17821520.16292869302199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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