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- PDB-6v59: Crystal structure of the diheme peroxidase BthA Y463M variant fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v59
タイトルCrystal structure of the diheme peroxidase BthA Y463M variant from Burkholderia thailandensis E264
要素Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme / peroxidase / diheme / BthA
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase activity / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.593 Å
データ登録者Cohen, S.E. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)008334 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: A Stable Ferryl Porphyrin at the Active Site of Y463M BthA.
著者: Rizzolo, K. / Weitz, A.C. / Cohen, S.E. / Drennan, C.L. / Hendrich, M.P. / Elliott, S.J.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
B: Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,26122
ポリマ－102,6072
非ポリマー3,65320
水15,763875
1
A: Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,00410
ポリマ－51,3041
非ポリマー1,7019
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Di-haem cytochrome c peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,25612
ポリマ－51,3041
非ポリマー1,95311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.970, 87.605, 184.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Di-haem cytochrome c peroxidase family protein


分子量: 51303.688 Da / 分子数: 2 / 変異: Y463M / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 66 residues of the protein are a periplasmic localization sequence and were not included in the heterologous construct. However, all residues are still named according to NCBI ...詳細: The first 66 residues of the protein are a periplasmic localization sequence and were not included in the heterologous construct. However, all residues are still named according to NCBI convention. Therefore, what would be M397 is actually M463 in the pdb file. In addition, the first fifty-nine residues of the construct are not resolved in the crystal structure.
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア)
株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_II1092 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T6B0

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非ポリマー , 5種, 895分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.38 % / 解説: Red rod-like crystals
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 160 mM magnesium chloride, 18% PEG 4000, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.593→50 Å / Num. obs: 107369 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.593-1.665.60.482100700.8840.1990.5240.93394
1.66-1.7260.4105710.9230.1650.4340.95398.2
1.72-1.86.10.326105970.9470.1370.3550.98298.7
1.8-1.96.60.265106710.9670.1080.2870.97699.3
1.9-2.0270.209107590.9810.0830.2261.00799.5
2.02-2.176.60.166107630.9840.0680.180.99199.7
2.17-2.396.90.132108170.990.0530.1430.93699.6
2.39-2.746.90.106108850.9920.0420.1140.96599.9
2.74-3.457.30.081109190.9960.0310.0870.99799.5
3.45-48.2370.06113170.9960.0240.0640.87899.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.59 Å48.23 Å
Translation6.59 Å48.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NX0

6nx0


解像度: 1.593→48.23 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1774 5364 5 %
Rwork0.151 --
obs0.1523 107267 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.67 Å2 / Biso mean: 23.6069 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.593→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6345 0 458 875 7678
Biso mean--22.95 30.85 -
残基数----838
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5933-1.61140.26671510.239285883
1.6114-1.63040.25041690.2198320595
1.6304-1.65020.25051700.2133325296
1.6502-1.67110.24851740.1975330396
1.6711-1.69310.24511750.1929334799
1.6931-1.71630.22181800.1834340899
1.7163-1.74080.21461750.1744332699
1.7408-1.76680.23411800.17243414100
1.7668-1.79440.19861760.1642335398
1.7944-1.82390.18411780.1632337799
1.8239-1.85530.22961790.1585339299
1.8553-1.8890.19021780.1553389100
1.889-1.92540.19081790.1507341199
1.9254-1.96470.18931790.15313395100
1.9647-2.00740.17571810.1485343099
2.0074-2.05410.18561790.1513404100
2.0541-2.10550.17891800.14373420100
2.1055-2.16240.18311800.14123431100
2.1624-2.2260.17181790.1442338899
2.226-2.29790.18151820.14343461100
2.2979-2.380.15761820.13963447100
2.38-2.47530.20551800.13923428100
2.4753-2.58790.17161820.14353460100
2.5879-2.72440.17831820.14453463100
2.7244-2.8950.18331810.1476341899
2.895-3.11850.17611830.15053492100
3.1185-3.43230.16061840.14843484100
3.4323-3.92870.14741850.1323526100
3.9287-4.9490.13811850.1283352399
4.949-48.230.18141960.1779369899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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