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- PDB-6nvx: Crystal structure of penicillin G acylase from Bacillus sp. FJAT-27231 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nvx
タイトルCrystal structure of penicillin G acylase from Bacillus sp. FJAT-27231
要素(penicillin G acylase, ...) x 2
キーワードHYDROLASE / penicillin / acylase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 ...Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin G acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. FJAT-27231 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP1934 ドイツ
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures and protein engineering of three different penicillin G acylases from Gram-positive bacteria with different thermostability.
著者: Mayer, J. / Pippel, J. / Gunther, G. / Muller, C. / Lauermann, A. / Knuuti, T. / Blankenfeldt, W. / Jahn, D. / Biedendieck, R.
履歴
登録2019年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: penicillin G acylase, alpha-subunit
B: penicillin G acylase, beta-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,71912
ポリマ－86,6092
非ポリマー1,10910
水17,475970
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14520 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area29210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.366, 77.686, 210.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Penicillin G acylase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 penicillin G acylase, alpha-subunit


分子量: 24858.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. FJAT-27231 (バクテリア)
遺伝子: AC623_04440 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0K9H482
#2: タンパク質 penicillin G acylase, beta-subunit


分子量: 61751.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. FJAT-27231 (バクテリア)
遺伝子: AC623_04440 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0K9H482

-
非ポリマー , 4種, 980分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化温度: 309 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 85 mM HEPES (pH 7.5), 8.5% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→46.15 Å / Num. obs: 202143 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 2500361 / Scaling rejects: 82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.36-1.3810.91.66798650.5030.5211.749100
7.45-46.1512.60.03514220.9990.010.03699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_3386精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CP9

1cp9


解像度: 1.36→46.148 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1674 9839 4.87 %
Rwork0.1488 --
obs0.1497 202003 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.92 Å2 / Biso mean: 24.2142 Å2 / Biso min: 7.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→46.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5951 0 147 970 7068
Biso mean--59.28 36.23 -
残基数----730
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.36-1.37550.28763280.271962846612
1.3755-1.39160.2753300.253363486678
1.3916-1.40860.25413380.247163226660
1.4086-1.42650.27683310.238363326663
1.4265-1.44520.2613340.235363326666
1.4452-1.4650.26663050.22264096714
1.465-1.4860.22913400.212463166656
1.486-1.50810.21163190.198763476666
1.5081-1.53170.21673260.194463426668
1.5317-1.55680.20343080.18264336741
1.5568-1.58370.19643460.17462696615
1.5837-1.61250.18613320.165563696701
1.6125-1.64350.17873120.155963816693
1.6435-1.6770.17463330.158663226655
1.677-1.71350.18152920.154964096701
1.7135-1.75340.1853010.148564326733
1.7534-1.79720.1683380.146963706708
1.7972-1.84580.16163170.14663826699
1.8458-1.90010.16293600.144763686728
1.9001-1.96140.17453440.149263206664
1.9614-2.03150.15623050.13264606765
2.0315-2.11290.14593260.127264076733
2.1129-2.2090.13723210.126164476768
2.209-2.32550.16023170.133664136730
2.3255-2.47120.1473680.126764406808
2.4712-2.6620.13283310.121564436774
2.662-2.92980.14543180.124664996817
2.9298-3.35370.15273260.128165396865
3.3537-4.22480.14153250.123765876912
4.2248-46.17430.17483680.173468427210
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.594-2.1391.48482.7032-2.56242.8494-0.190.04280.74620.5453-0.2522-1.0285-0.56250.42120.38110.3163-0.0291-0.08770.16190.02950.312134.54243.081397.0367
23.0262-2.24571.58212.0407-1.95982.5995-0.132-0.02090.27070.25660.036-0.0967-0.22690.02120.06140.1358-0.012-0.01680.06410.00910.122930.202736.818997.249
31.5496-0.27690.13040.80270.72311.67330.00850.15290.1585-0.0776-0.0003-0.0884-0.14080.1421-0.03160.118-0.03690.00410.12040.05060.122134.504835.033282.2065
43.5440.39491.46140.51530.04912.69970.09330.7155-0.3875-0.060.1695-0.22060.26120.7659-0.13240.17460.0260.00630.425-0.07250.162640.183822.672565.675
51.8819-1.2145-0.05711.72151.15611.7932-0.00210.36240.208-0.1972-0.00540.0287-0.20950.01240.03370.1948-0.0294-0.00680.21260.08250.158624.906238.410666.5451
66.4278-0.46482.04042.20680.3123.1008-0.10270.17910.55470.0062-0.0442-0.0624-0.30460.15270.16990.1709-0.0508-0.01920.10880.08270.176133.187543.094780.5759
73.1410.62990.66543.39311.46823.0181-0.09680.1320.07130.0643-0.0366-0.21010.04980.3160.03940.1275-0.0373-0.00050.24730.07290.250.691631.720483.343
85.2804-0.3691-0.38031.11570.87510.7605-0.03390.53320.3494-0.172-0.0797-0.1414-0.20840.33710.18010.1797-0.0656-0.00820.28290.09760.164242.375437.272375.066
91.79320.67320.94061.83410.39560.7856-0.02690.1944-0.081-0.10810.062-0.1003-0.02680.0649-0.00090.1238-0.01740.01510.17170.0110.106826.877625.339172.0537
101.0269-1.5035-1.13968.43464.4293.13210.01590.13120.042-0.21670.0988-0.290.09120.1731-0.13070.1817-0.01130.00430.2205-0.02780.113721.16240.61858.8816
114.8948-0.2648-1.34757.32214.69667.1345-0.10660.4187-0.2146-0.3011-0.0960.22870.2504-0.13680.14530.1555-0.0213-0.00050.1767-0.02890.08512.8679-4.306561.1932
122.1352-0.5303-1.08053.51951.83842.70010.0310.2365-0.0484-0.0801-0.11640.2360.0757-0.35890.10990.0995-0.014-0.01840.14490.00710.10966.92436.703276.8014
137.1245-1.96383.53761.86950.85294.24730.24230.52970.1639-0.6655-0.27290.9047-0.2998-1.12050.11460.37790.05-0.0990.58380.02940.5987-6.05915.6380.4546
140.46930.1810.10780.4719-0.1280.8608-0.04890.17580.0353-0.1090.0483-0.00620.02570.0756-0.00660.0932-0.0089-0.00050.13130.02670.101422.441224.662272.5739
150.47040.0695-0.08650.39630.12941.1119-0.02250.15610.0543-0.10150.020.0891-0.0281-0.11920.00040.1002-0.0086-0.01970.15920.02340.12488.897216.65473.4292
160.5126-0.21550.07162.12350.17370.33910.0044-0.0188-0.11120.19670.0147-0.03930.1176-0.005-0.01920.1257-0.0026-0.00370.07780.01560.111719.0301-3.796994.3459
171.0129-0.62381.09851.7638-1.16922.63950.09210.1406-0.1483-0.2197-0.0513-0.09430.26980.1347-0.03620.15330.00790.01790.1223-0.04160.149621.2255-10.326777.3194
180.74320.50340.02022.3129-0.82690.87110.0270.0345-0.2074-0.0413-0.0807-0.36680.14430.12430.04880.12820.0338-0.00670.1304-0.01290.182136.65014.723589.1228
191.43260.38060.05650.7098-0.22780.54040.0211-0.02240.10250.0951-0.0052-0.0587-0.06260.0501-0.03090.09140.0021-0.01250.0720.01010.086930.030324.551198.0201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 13 )A2 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 25 )A14 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 53 )A26 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 74 )A54 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 89 )A75 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 90 through 112 )A90 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 113 through 125 )A113 - 125
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 126 through 133 )A126 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 134 through 152 )A134 - 152
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 153 through 168 )A153 - 168
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 169 through 180 )A169 - 180
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 181 through 193 )A181 - 193
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 194 through 204 )A194 - 204
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1 through 187 )B1 - 187
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 188 through 265 )B188 - 265
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 266 through 345 )B266 - 345
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 346 through 424 )B346 - 424
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 425 through 462 )B425 - 462
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 463 through 527 )B463 - 527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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