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- PDB-6nn7: The structure of human liver pyruvate kinase, hLPYK-GGG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nn7
タイトルThe structure of human liver pyruvate kinase, hLPYK-GGG
要素Pyruvate kinase PKLR
キーワードTRANSFERASE / pyruvate kinase / allosteric / glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / response to metal ion / monosaccharide binding / Glycolysis / response to ATP ...pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / response to metal ion / monosaccharide binding / Glycolysis / response to ATP / potassium ion binding / Regulation of gene expression in beta cells / response to glucose / response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / response to nutrient / glycolytic process / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / response to hypoxia / phosphorylation / magnesium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Pyruvate kinase PKLR
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者McFarlane, J.S. / Ronnebaum, T.A. / Meneely, K.M. / Fenton, A.W. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM115340 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM127655 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1403293 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)T32GM08545 米国
American Heart AssociationPRE33960374 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Changes in the allosteric site of human liver pyruvate kinase upon activator binding include the breakage of an intersubunit cation-pi bond.
著者: McFarlane, J.S. / Ronnebaum, T.A. / Meneely, K.M. / Chilton, A. / Fenton, A.W. / Lamb, A.L.
履歴
登録2019年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKLR
B: Pyruvate kinase PKLR
C: Pyruvate kinase PKLR
E: Pyruvate kinase PKLR
D: Pyruvate kinase PKLR
F: Pyruvate kinase PKLR
G: Pyruvate kinase PKLR
H: Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,21941
ポリマ－467,4968
非ポリマー2,72333
水6,882382
1
A: Pyruvate kinase PKLR
B: Pyruvate kinase PKLR
C: Pyruvate kinase PKLR
D: Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,42424
ポリマ－233,7484
非ポリマー1,67620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21940 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area69700 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate kinase PKLR
F: Pyruvate kinase PKLR
G: Pyruvate kinase PKLR
H: Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,79517
ポリマ－233,7484
非ポリマー1,04713
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19980 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area65550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.365, 106.205, 151.711
Angle α, β, γ (deg.)76.44, 80.06, 71.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase PKLR / Pyruvate kinase 1 / Pyruvate kinase isozymes L/R / R-type/L-type pyruvate kinase / Red cell/liver ...Pyruvate kinase 1 / Pyruvate kinase isozymes L/R / R-type/L-type pyruvate kinase / Red cell/liver pyruvate kinase


分子量: 58437.020 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 34-574 / 変異: Del529, S531G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKLR, PK1, PKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
解説: Crystals grew as rectangular prisms within two days and reached full size within two weeks.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M ammonium citrate, pH 6.0, 24% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→39.06 Å / Num. obs: 175876 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4IP7

4ip7


解像度: 2.32→39.06 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 2000 1.14 %
Rwork0.1913 --
obs0.192 175816 89.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→39.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28447 0 178 382 29007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01229023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25239210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.05617728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085113
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.319-2.3770.30461300.248511360X-RAY DIFFRACTION82
2.377-2.44130.29141460.233312699X-RAY DIFFRACTION91
2.4413-2.51310.33161450.225612513X-RAY DIFFRACTION90
2.5131-2.59420.30281430.216712441X-RAY DIFFRACTION89
2.5942-2.68690.28641400.218112110X-RAY DIFFRACTION87
2.6869-2.79440.26381340.211911670X-RAY DIFFRACTION84
2.7944-2.92160.29441480.209312874X-RAY DIFFRACTION93
2.9216-3.07550.28121460.20912727X-RAY DIFFRACTION92
3.0755-3.26810.25641460.208612682X-RAY DIFFRACTION91
3.2681-3.52030.24851400.195712242X-RAY DIFFRACTION88
3.5203-3.87430.27451430.183312428X-RAY DIFFRACTION90
3.8743-4.43430.23421510.159112985X-RAY DIFFRACTION93
4.4343-5.58410.1821400.16312219X-RAY DIFFRACTION88
5.5841-39.06760.23521480.188712866X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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