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万見
- PDB-3g2g: S437Y Mutant of human muscle pyruvate kinase, isoform M2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g2g
タイトルS437Y Mutant of human muscle pyruvate kinase, isoform M2
要素Pyruvate kinase isozymes M1/M2
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium (SGC) / single nucleotide polymorphism / SNP / mutation / Acetylation / Allosteric enzyme / Alternative splicing / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / MHC class II protein complex binding / extracellular vesicle / protein tyrosine kinase activity / : / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / histone H3T11 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cilium / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hong, B. / Dimov, S. / Allali-Hassani, A. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, c. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Hong, B. / Dimov, S. / Allali-Hassani, A. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, c. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Vedadi, M. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: S437Y Mutant of human muscle pyruvate kinase, isoform M2
著者: Allali-Hassani, A. / Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, c. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Vedadi, M.
履歴
登録2009年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,19748
ポリマ－232,9484
非ポリマー1,24944
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17660 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area67050 Å2
手法PISA
2
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,95423
ポリマ－116,4742
非ポリマー48021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area34640 Å2
手法PISA
3
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,24325
ポリマ－116,4742
非ポリマー76923
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area36460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.546, 137.885, 155.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Pyruvate kinase 2/3 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / ...Pyruvate kinase muscle isozyme / Pyruvate kinase 2/3 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / THBP1


分子量: 58237.086 Da / 分子数: 4 / 変異: S437Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM2, PK2, PK3, PKM / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 31 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG-1500, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→22 Å / Num. obs: 153815 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.547 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.0770.999151171.46399.1
2.07-2.1570.721151551.52499.3
2.15-2.257.10.53152011.5699.4
2.25-2.377.20.387152291.58299.6
2.37-2.527.30.289153371.58899.8
2.52-2.717.30.206153551.699.9
2.71-2.997.30.128153681.621100
2.99-3.427.40.072155061.603100
3.42-4.37.40.041155321.552100
4.3-227.30.029160151.374100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1zjh

1zjh


解像度: 2→21.957 Å / FOM work R set: 0.799
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 4033 1.37 %thin shells (sftools)
Rwork0.227 ---
obs0.227 152544 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.545 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.75 Å2 / Biso mean: 33.44 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.061 Å2-0 Å20 Å2
2---2.016 Å20 Å2
3---5.076 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→21.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14604 0 96 465 15165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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