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Yorodumi- PDB-2g50: The location of the allosteric amino acid binding site of muscle ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2g50 | |||||||||
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Title | The location of the allosteric amino acid binding site of muscle pyruvate kinase. | |||||||||
Components | Pyruvate kinase isozymes M1/M2 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / allostery / pyruvate kinase / glycolysis / kinase / phosphoryl transfer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Oryctolagus cuniculus (rabbit) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Holyoak, T. / Williams, R. / Fenton, A.W. | |||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2006 Title: Differentiating a Ligand's Chemical Requirements for Allosteric Interactions from Those for Protein Binding. Phenylalanine Inhibition of Pyruvate Kinase. Authors: Williams, R. / Holyoak, T. / McDonald, G. / Gui, C. / Fenton, A.W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2g50.cif.gz | 934.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2g50.ent.gz | 761 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2g50.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g50 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 57970.789 Da / Num. of mol.: 8 / Source method: isolated from a natural source / Details: muscle isozyme / Source: (natural) Oryctolagus cuniculus (rabbit) / References: UniProt: P11974, pyruvate kinase |
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-Non-polymers , 9 types, 4896 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-ALA / #6: Chemical | ChemComp-PYR / #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Chemical | ChemComp-ETE / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 60 mM Succinate (pH 5.5), 5.8 mM sodium pyruvate, 2.4 mM MnCl2, 450 mM KCl, and a range of 18 to 20% PEG 8000, 150 mM Alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Aug 25, 2005 Details: Double crystal channel cut, Si(111), 1m long Rh coated toroidal mirror for vertical and horizontal focusing |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→100 Å / Num. all: 508417 / Num. obs: 508417 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.71 Å / % possible obs: 60.3 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 33142 / Χ2: 0.941 / % possible all: 55.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: IF3W Resolution: 1.65→76.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.528 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.493 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.195 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→76.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.654→1.697 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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